分稅製對稅種的劃分也沒有充分考慮稅種的性質，特別是其對促進效率與公平的不同作用，而是從保證中央收入占財政的比重出發，將跟效率正相關的流轉稅的大頭上劃中央，例如增值稅的75%，消費稅的100%，關稅的100%，隻將營業稅全額留給地方；卻將能夠起收入調節作用的個人所得稅留給地方。企業所得稅最初是按企業隸屬關係劃分中央稅與地方稅，2002年以後才按比例劃分。這種設計，對地方政府為地方經濟提供公共服務有負麵影響。地方政府出於自身利益短期考慮，對發展第二產業三心二意，卻將主要精力用在能帶來全額稅源的第三產業方麵。1994年以後，各地房地產市場的畸形繁榮不能說與這種導向機製無關。
分稅製雖然初步確定了地方稅體係，但地方政府卻隻有對某些稅種的免征權，或對某些稅種的稅率和稅額幅度的有限裁量權，對地方稅體係的立法沒有任何權力。同時，地方政府也沒有借債和擔保的權力。在地方一級，財稅體製的計劃經濟體製痕跡還很重。地方政府在體製內幾乎沒有多少回轉餘地，要解決財政困難，隻能在體製外尋找出路，而這往往是不規範的，很容易出問題的。由此看來，分稅製改革盡管成績是主要的，但存在的問題也不容忽視。上述問題正是深化財稅體製改革的重點。
首先，要按照十七大報告“推進基本公共服務均等化的目標，健全中央和地方財力與事權相匹配的體製，在保持現行財政體係框架總體穩定的基礎上，積極探索政府間支出責任界定，為建立事權與財力相匹配的財政體製奠定基礎”。中央政府的職能應是國防、外交、國家安全、基礎科學研究等和全國性的基礎建設、公益建設、義務教育、社會保障、環保等，再就是對貧困地區的轉移支付等。也就是說穩定的職能、收入再分配（公平）的職能由中央政府履行，由此產生的相應的事權和財政支出權限應劃歸中央政府。對央企應由中央政府作為出資人監管並將上繳紅利納入預算。地方政府的職能是地方行政管理、公共設施和城市設施建設、地區經濟發展、本地文教事業和地方政府上下級轉移支付等支出。發展經濟、資源配置的職能主要應由地方政府履行，與資源配置相關的事權和財權應劃歸地方政府。
其次，在上述基礎上，應將具有調節收入、保障公平職能的稅種劃為中央收入，比如企業所得稅、個人所得稅、消費稅、關稅、遺產稅與贈與稅、社會保障費（稅），而將主要參與第一次分配的流轉類稅種劃分給省（市）級政府，如增值稅、營業稅、城市維護建設稅、資源稅等；再將財產類稅種，如城市土地使用稅、耕地占用稅、土地增值稅、房產稅、車船稅等劃歸縣（區）級政府；印花稅在現階段應該全額歸中央。這樣，在稅收上就能夠體現，由效率產生的稅種歸省一級，以調動其發展、服務經濟的積極性；由不可轉移的財產資源等產生的稅收歸縣（區）級政府，以調動縣（區）政府改善人居環境、保護資源的積極性；而將以調節收入為主要目的的稅種劃歸中央，則有利於中央進行宏觀經濟調控和轉移支付，以保障公平。如此分稅，如中央收入達不到職能所需要的收入，可對流轉稅總額與省（市）一級政府劃分比例，既可統一，亦可區分東、中、西部，確定不同比例，但總的原則，應讓地方占比例的51%以上，以確保效率。
第三，建立地方稅體係，賦予地方政府一定的稅收立法權。十七大報告中說：“要完善地方稅體係……增強稅收收入在地方財政收入中的地位。開征物業稅，充實基層財力；調整資源稅，增加地方稅收。”現行地方稅要通過深化財稅體製改革後進一步明確，並用法律和製度固定。從財政聯邦主義實踐看，中央政府在掌握了主體稅種的立法權以後，都賦予地方政府甚至市（縣）一級政府一定的稅收立法權和管理權。根據我國實際，應將那些稅源較普遍、稅基不易產生地區間轉移以及維護地方基礎設施的稅種的基本法律、法規的立法權劃歸中央，而實施細則的製定和頒布權、稅法的解釋權、稅目稅率的調整權、稅收減免權等大部分劃歸地方。同時，將某些地方性意義極強的稅種的立法權及相應權限全部劃歸地方。
如此，個人認為，我國財稅體製就有可能在效率與公平的結合上找出一個最佳的均衡點來，改變“兩難”困境，進而走出一條具有中國特色的既能促進生產力發展，又能使全民享受均等化的公共服務，整體福利不斷提升的道路來。
參考文獻
王樺宇：《製度變遷與稅收法治——法理語境下的中美稅製比較》，www。51zy。cn
朱雲飛：《我國財政體製的改革與發展》，價值中國網
楊軍：《分稅製走到十字路口》，《南風窗》2007年年終特刊