每個版本的報告都被打印成冊，放在公共圖書館、超市、郵局，供公眾取閱並提反饋意見。之後是為期一天的聽證會和為期一個月的公眾再評議。
1990年，“大隧道”公布的長達500頁的《環境影響最終評估報告增補本》共吸引了175條口頭評議和99條書麵評議。參與評議的團體五花八門，“麻省之友”、“美國機動車聯合會”、“中央幹線地區商務委員會”、“火腿山公民俱樂部”、“波士頓建築師協會”、“自行車不自燃騎行俱樂部”，這些團體代表了不同利益的階層和集體。它們中資金充裕的團體雇用建築師，就他們不滿足的出入口和通風建築提出替代性方案，財力不雄厚的團體則到公共圖書館翻閱幾十年的市政檔案，為自己的主張尋找論據。
有讚成的當然也有反對的。“與其把‘綠色怪物’送入地下，還不如把波士頓墊高便宜。”“大隧道”的反對者、州議員巴尼·弗蘭克說了這麼一句尖刻的俏皮話。
“論證這樣一項工程的可能性就像論證一場戰爭的可能性。”波士頓的地方官員說。
然而，工程的策劃者塞爾沃斯堅持認為，公眾參與是公共工程的本質。為了防止公眾參與的成果因市及州行政長官的換屆化為泡影，塞爾沃斯把最有建設性的幾條建議寫進工程規劃裏，因為規劃書是受法律保護的。
1991年，“大隧道”工程在經過近10年醞釀、近10年設計以後終於開工，可是公眾參與並沒有停下來，事實上一直到2006年主體工程基本完工，仍有少量收尾工程在繼續的情況下，公眾參與和激烈的爭論一直貫穿始終。其中最典型的莫過於查爾斯河橋梁及其出入口的設計方案。這個設計方案先後修改過26稿，第26稿公布時被起名為Z方案（這樣命名，是因為規劃方希望這是最後一個方案）。當時規劃方有意沒有發布便於公眾理解的三維模型圖，因為當時遲遲不能定案，這座橋的工期已經受到影響，如若不能按期完工，已經對高額投資不滿的聯邦政府將有可能削減對“大隧道”的財政支持。
在工程即將動工之際，規劃方案的三維模型圖方才公之於眾；誰料，反對的聲音如潮水般湧來。Z方案由於反對派的意見沉入水底，其代價是工程延期和預算攀升。直到1994年，當終於找到各方均能滿意的方案時，因延誤工期帶來的損失已達2300萬美元。
麵對投資如此巨大的公共工程，政治人物的耐心遠遠不及規劃師。幾乎每一屆波士頓或馬薩諸塞州的行政長官換屆都會帶來對“大隧道”的質疑、審視，從而造成工程的停頓；當然，也使工程有了修改缺陷的機會。
“如果你想保留‘公眾參與’這個環節，就肯定要花時間花錢。對查爾斯河上的這座橋來說，花費是值得的。因為我們得到的是一座美麗的城市地標式的橋梁，而不是一個幾十年的遺憾。”2006年尾，時任馬薩諸塞州公路管理局主席的馬修·阿莫瑞樂在接受采訪時對《南方周末》記者說。
任何事情都是有代價的。不留或減少遺憾的代價是“大隧道”工程的嚴重超預算。2002年美國規劃師協會發表研究報告，稱：大型公共基礎設施十有八九超過預算，平均而言，超額28%；但“大隧道”超過預算300%。“‘大隧道’是一個第三世界工程，因為這麼離譜的超預算隻能出現在第三世界。”
對於超預算的原因，馬修·阿莫瑞樂給了一個或許太過輕鬆的解釋：“‘大隧道’時間跨度很長，當初做預算的時候沒有把通貨膨脹的因素考慮進去。”事實上，評論者認為，工程嚴重超預算至少有三方麵的原因：技術挑戰帶來的費用攀升；“公眾參與”帶來的決策過程緩慢；行政當局對於工程的監管不力。其中，“公眾參與”環節的花費占整個工程造價的四分之一——37.5億美元；因聽取公眾意見，緩解工程帶來的多種不良影響而新增項目的費用，是30億美元；其他公眾參與花費還包括：舉辦聽證會、開展調查等。
其實，公眾參與不僅表現在對地下工程的設計方案中，而且也體現在地表工程的設計中。“綠色怪物”被拆除後，7.8公裏的工程沿線被分為23個小塊。每一塊在規劃中的用途都被放在波士頓的門戶網站上公之於眾。為了拓寬公眾的眼界，馬薩諸塞州理工學院城市規劃係和波士頓電視台組成報道小組，到巴塞羅那、舊金山、曼徹斯特等瀕水城市采集成功的城市規劃案例，將之介紹給公眾。阿莫瑞樂曾數度參加波士頓英語學校等組織的“社區創意對話”，聽取社區居民的建議。“在東波士頓有一座廢棄的火車機車修理廠，有些地產商想把它改建為畫廊，但居民們更願意拿它來做社區活動中心。我們聽從了居民的意見。”阿莫瑞樂說，類似的建議他們共采納了幾百條，其中不乏在部分路段增加通向“大隧道”的出入口這樣以百萬美元為單位、提高工程造價的建議。