1994年分稅製改革的同時，也將省和省以下的各級稅務部門一分為二為國稅局和地稅局，這既是中央為因應分稅製財政改革的組織措施，也是在充分認識到了以往的機構設置不能維護和保證中央利益的情況下，不得不忍受有可能增大稅收成本的陣痛而采取的斷然措施。
機構分設，特別是國稅機構實行稅務總局“四垂直”管理，從機製上保證了中央稅收。但並不能徹底消弭中央和地方利益的博弈，隻不過這種博弈因應形勢的改變，表現為新的形式。在國稅方麵，由於收入的百分之七十五歸中央，百分之二十五歸地方，國稅收入增長的大頭歸中央，因此地方政府對國稅超收不再作積極要求，反而更多的是要求國稅不要超收，其不言自明的算盤就是，即便有稅也不要收，以免使地方利益受損。國稅由此遭遇了另一種尷尬，但身處地方，仍然有很多地方受到製約，不能不有所約束。在地稅方麵，由於收入全部歸地方，按說與中央利益不再有矛盾，但是由於稅收立法權在中央，地方政府根據經濟形勢，出於調節的目的，對稅法往往采取了實用主義的立場，即經濟情況好的地方，仍然以有稅不收或少收的方式，藏富於企業或作為招商引資的手段，出現了“寅糧卯吃”的情況。這就使全國的稅法執行情況不一，有可能導致“馬太效應”，富的更富，窮的更窮。據《中國稅務》2004年10期《減免稅政策大摸底》文章披露：在各地開發區減免稅政策清理中，國家稅務總局督察組對山東等11個省（市）開發區共清理出地方黨政機關製定的違規涉稅文件99份。這些變形的政策增強了地方政府招商引資的吸引力，卻損害了國家利益。在開發區減免稅清查行動中，全國共查出各種違法減免稅金額48087萬元，涉及有問題的納稅戶達到1376戶。而經濟情況差的地方，為了滿足地方財政需要，則是無視稅法，有稅要收，沒有稅也要預收，甚至到其他地方引稅、買稅。對於地方政府的這些違反稅法的做法，各地稅務局不論國稅、地稅一般是很難抵製的，有的則是積極配合的。
隻要存在中央和地方兩種利益，就必然會有兩種力量的博弈。稅務局夾在其中，必須作出屁股坐在哪一方的抉擇。當機構、人事、經費等權力掌握在中央時，他必然站在中央一麵，但由於黨的關係在地方，還由於很多問題都要靠地方解決，稅務局即使是國稅局也不願得罪地方。在不影響完成上級考核計劃的情況下，在一些局部的個案的處理上，大多會傾向地方，並可能從專業角度為地方政府出主意，以使方法更妥帖、更隱蔽，這是一種現實，也是一種中庸的因應之道。很難作出道德的評價。
稅收潛規則的第三種表現就是利用行政權力為部門集體謀福利。
正規則，稅務部門是政府行政機構，擁有法律賦予的執法權。稅務部門的人頭費用和行政經費，國稅局由國家稅務總局自上而下按標準撥付；地稅局由省級地稅局垂直撥付。同為行政部門、執法部門，稅務局應該同所有政府序列的部門一樣，享有標準大致相同的經費和福利。
然而，現實卻不如設計理念和規定那樣整齊劃一。自上世紀80年代改革開放以來，許多部門的管理執法業務大增，人員也不斷增加，這樣辦公經費以及辦公設施也就需要相應增加或開始建設。但由於各級財政普遍困窘，撥款不足，麵對需求，從中央到地方政府就開了一個口子，允許各部門通過收費彌補經費不足。這個口子一開，就如打開了潘多拉魔盒，各部門都把收費項目抓得很緊，以便多提成。這些收費項目都是和各單位的業務管理聯係著的，因此很容易造成尋租和以權謀私。
人都是經濟人，有著將個人利益不斷最大化的追求；但法人單位有沒有自身的利益追求呢？理論上和製度規定上不應該有，但實際是存在的。作為一個部門，一方麵它和其他部門有著縱橫比較，不光是工作成績，也包括辦公經費、辦公條件和集體福利；另一方麵，它還有著為工作人員謀福利的職責。謀福利就必須比別人高出一些，若等同，下麵的人就不認可法人代表的努力。法人代表麵對著這種比較和利益追求不能無動於衷，盡管他的職務由上級任命，但民意基礎也很重要。因此，他必然有著擴大福利的衝動。但擴大福利談何容易，你不是生產、經營單位，錢從何來？最現實、最便捷也最可行的辦法就是利用管理權力為單位謀福利。為單位謀福利，容易得到群眾的擁護，不會有大的風險，上級即便追查，隻要沒有裝入個人腰包，錢主要用於彌補辦公經費不足和集體福利，也容易解釋和得到理解、寬容。
出於這種目的，許多地方借加強稅收管理，設置了一些收費項目，諸如押金、保證金等。有的則利用減免稅權力和納稅戶做交易，我給你減免多少稅款，你則自願給我的辦公樓建設或某某項目讚助多少。這種交易都是私下操作，雙方各得其所，很難暴露。1995年至1997年黑龍江省大慶市國稅局主要領導就先後以建辦公樓、購買辦公家具和電腦等名義先後四次向大慶油田管理局索要讚助4178萬元，這筆錢被用於建辦公樓、購買職工住宅和投資等。相應的，大慶石油管理局四年欠繳國稅達1.9億元，滯納金4.7億元。大慶聯誼公司7000餘萬元欠稅得以緩繳，滯納金免繳。大慶市國稅局局長那鳳岐除過因此涉嫌單位受賄以外，還涉嫌個人受賄上百萬元。
上個世紀90年代初期，各地都開展了稅務中介——谘詢代理工作，辦起了各種代理事務所。這些事務所領導大多由稅務局任命，依托稅務局開展業務，並給稅務局提成，實際成了許多基層稅務局預算外收入的來源。這種現象的危害性無須多說，納稅人反映強烈，嚴重影響稅務部門聲譽和依法治稅，並可能因此導致一些幹部違法亂紀。從1999年起，國家稅務總局就下發文件要求各級稅務局和谘詢代理所脫鉤，這項工作於第二年結束。但到2004年還有一些地方明脫暗不脫。直到當年湖北省廣水市谘詢代理與稅務局掛鉤，以減免稅款形式收取代理費的問題被《焦點訪談》曝光以後，才引起了高度重視，並開始了又一輪治理整頓。
以行政權力為部門謀利益，為集體謀福利，並不是稅務部門一家存在，實際是一種普遍現象，這種問題像臭豆腐聞著臭吃著香，社會上老百姓非常反感，但在這個係統內部由於大家利益均沾，所以很少有人提意見，更遑論舉報。相反，敢於這樣做的領導往往在單位很有人氣，被認為有魄力、有開拓精神、關心群眾利益等等。
以上隻是列舉稅收潛規則之犖犖大端者，不是揭醜（潛規則並非負規則，對其評價不宜一概而論，需要具體問題具體分析），隻為直麵。隻講“鶯歌燕舞”，一個社會是無法前進的；小至一個行業，同樣如此。
如前所述，潛規則是中國傳統文化的一種獨特現象，雖然不見於正史、官方文件，卻如大海平靜表麵下洶湧的湍流，與大河融為一體。潛規則當然不會被正統承認，但既然是一種規則，它必然有其存在的理由，並且因為攸關當事人的利益，不能不遵守；但懾於正統的威嚴與道統，它又登不得大雅之堂，隻能意會而不能言傳。由此也形成了中國傳統文化的一種獨特景觀，這就是知行脫節，言行不一。