第二階段，從太原失陷到1938年4月晉東南根據地粉碎日軍九路圍攻，主要是獨立自主地分兵深入敵後，依傍山地建立根據地，開辟了敵後戰場。11月8日太原失陷後，華北正規戰已告結束，以共產黨為主體的遊擊戰進入主要地位。11月中旬，八路軍總部按照中央的指示，決定分兵深入晉東北、晉西北、晉東南、晉西南等地，廣泛發動抗日遊擊戰爭。115師聶榮臻部於11月7日成立了晉察冀軍區司令部，在以五台山為中心的晉察冀三省邊陲地區開辟了敵後第一塊根據地。12月晉察冀軍民粉碎了日軍2萬多人的圍攻，使根據地經受住了考驗，1938年1月在阜平建立了晉察冀邊區臨時行政委員會。120師在敵後以雲中山和呂梁山為中心開展活動，創建了晉西北抗日根據地，給同蒲路兩側敵人以嚴重威脅，129師以太行山為中心創建了晉東南抗日根據地，1938年2、3月間連續取得長生口、神頭、響堂鋪等戰鬥的勝利後，4月間又粉碎了日軍的九路圍攻。至此，八路軍在敵後建立了三大戰略支點，戰略轉變初步實現。
第三階段，從1938年4月至10月武漢失守前後，主要是以山地根據地為依托向平原地區擴展，迅速擴大解放區戰場。4月21日毛澤東、張聞天、劉少奇對129師作了關於平原遊擊戰的指示，提出“堅持平原地區的遊擊戰爭也是可能的。”“黨與八路軍部隊在河北、山東平原地區，應堅決采取盡量廣大發展遊擊戰爭的方針。”5月4日，毛澤東在給項英的電報中以河北、山東為例，又一次指出：“在一定條件下，平原也是能發展遊擊戰爭的。”這時日軍正集中兵力在徐州、武漢外圍作戰，華北空虛，為發展敵後遊擊戰爭提供了有利時機。遵照中央關於開展平原遊擊戰的指示，八路軍迅速分兵，晉察冀軍區派出支隊向平北、平西、冀東平原挺進，冀中平原遊擊根據地也得到了鞏固；晉東南129師分兵進入冀南、冀西、豫北、冀魯邊平原地區，使晉南根據地擴展為晉冀魯豫根據地；晉西北120師一部分向綏遠方向活動，開辟了大青山根據地，後來與晉西北聯成一體，成為晉綏根據地。同時115師和129師的兩個支隊深入冀魯邊地區，開辟了冀魯邊抗日根據地；新四軍江南、江北部隊也分別向蘇南、皖中敵後挺進，初步打開華中抗日根據地的局麵。
經過上述三個階段，全麵實現了中央關於戰略轉變的部署，即完成了由國內正規戰爭到抗日遊擊戰爭的轉變。到1938年底，八路軍新四軍創建了晉察冀、晉冀魯豫、晉綏、山東、華中等幾塊大根據地，麵積達二百萬平方公裏，人口達5千萬以上，八路軍發展到15萬多人，新四軍發展到25，000多人，初步顯示了抗日遊擊戰爭的偉大威力，為堅持抗戰和進一步發展打下了良好基礎。
二是相持階段到來後解放區戰場的戰略地位逐漸突出，成為堅持抗戰的重要支柱。日軍占領武漢後，已有總兵力達100萬的24個師團投入中國戰場，其國內僅剩下一個師團，已無力繼續舉行大規模的軍事進攻。日本陸軍省和參謀本部製定的《昭和13（1938）年秋季以後對華處理辦法》規定：“以攻占漢口、廣東作為行使武力的一個時期，”“目前最重要的是在其內部進行基本工作——陝複治安。”這就確定了不準備擴大占領區，而以主要力量對付解放區的方針。1939年4月敵華北方麵軍製定的《治安肅正綱要》，規定治安肅正的根本任務是肅清占領區的抗日武裝，“徹底扼殺遊擊戰爭”，並確定治安肅正作戰從1939年1月至1940年3月分三期進行。而1940年華北方麵軍治安肅正計劃則更加明確地規定，其作戰的重點“放在剿滅共產黨軍隊方麵”。這一時期敵一再強調“中國共產黨及中共軍隊是今後華北治安之癌”。1939年10月，日軍在華北兵力增至18個師團，約占侵華日軍的一半；新四軍活動的江南地區，日軍也增加了兩個師團的兵力。這表明日軍作戰的重點已開始轉移到解放區戰場。
隨著敵在其後方兵力的增強，日軍對抗日根據地的“掃蕩”日益頻繁，規模也愈來愈大，因而反“掃蕩”就成為堅持敵後抗戰的主要作戰形式。據統計，在1938年7月至1940年7月兩年間，日軍對華北敵後根據地千人以上的“掃蕩”就達109次，萬人以上的有10次，其中最大的一次出動了6萬兵力。同時，1939年和1940年，敵在華北還修複和新建鐵路2347公裏，公路15600公裏，新建碉堡、據點2749個，通過這些“線”和“點”，對根據地實行“囚籠”政策。但是，由於敵人兵力不足，配備分散，加之在作戰指導上仍然以正規戰對付抗日遊擊戰，這就使其仍隻能控製一些主要城鎮和交通要道。因而；這一時期敵後鬥爭雖然十分殘酷，但仍是抗日遊擊戰爭大發展的有利時機。1938年6月至1941年5月，僅華北敵後軍民對敵大小戰鬥就達20106次，共斃傷日偽軍126000多人。由於我們在敵後的軍事鬥爭采取了主力軍、地方軍和民兵自衛隊三結合的人民戰爭體製，這樣既能充分發揮遊擊戰高度機動靈活的特點，取得積小勝為大勝的戰果，又能相機適當地集中兵力，進行有利條件下的運動戰，以較大地殺傷敵人擴大影響。這一時期八路軍作戰從總體上說是以遊擊戰為主，但運動戰也提到了一定的地位，如1939年4月120師和冀中軍民的齊會殲滅戰，4月120師和晉察冀軍區的上下細腰間戰鬥，8月山東軍民的梁山殲滅戰，9月120師進行的陳莊戰鬥，11月晉察冀軍區的淶源戰役，1940年6月晉西北軍民的米峪鎮戰鬥等。這些戰鬥每次殲敵都在五六百人乃至千人以上，並擊斃敵旅團長水原少將、阿部中將等重要將領。特別是1940年8月至12月進行的、曆時三個半月的“百團大戰”，共作戰1826次，斃傷日軍20465人，偽軍5155人，拔除敵人據點2993個，破壞鐵路940多裏，公路3000多裏，繳獲了大量武器、彈藥和物資。百團大戰使日軍在華北陷入困難的境地，對於打破敵對根據地的分割封鎖，鼓舞全國人民爭取抗戰勝利的信心，以及穩定全國的戰局起了重要作用。反“掃蕩”鬥爭的勝利，為抗日根據地的生存和發展創造了條件，也使人民抗戰力量在戰鬥中獲得了發展。至1940年底，人民軍隊從抗戰初的45000多人發展到近50萬人，其中八路軍已有150個團40萬人，新四軍52個團10萬人左右；共建成十五塊敵後根據地，遍布於華北、華中、華南敵占區，根據地人口約一億。廣大敵後戰場的開辟和抗日遊擊戰爭的廣泛開展，有力地配合並支持了國民黨正麵戰場，支持了全國的長期抗戰。
（二）1941年和1942年，是堅持敵後抗戰的嚴重困難時期。
這時敵後抗戰的形勢是，“三年以來，敵人在占領區的統治已經較為穩定，偽軍偽政權相當普遍地建立起來，加以交通運輸線、軍事據點及封鎖線的築成，都使敵軍的地位較過去增強了，軍事上處於更為有利地位。敵人依托其已經增強的地位，……以圖徹底摧毀我根據地，消滅我軍，掌握整個敵後地區。所以今天敵後形勢，已進入敵我雙方依托相當鞏固的陣地，進行持久爭奪戰的局麵”。1941年1月16日，日軍大本營陸軍部在《對華長期作戰指導計劃》中明確規定，今後“作戰以維持治安、肅正占領地區為主要目的”。並總結過去單純軍事“掃蕩”失敗的教訓，更加強調實施“三分軍事，七分政治”的方針。7月敵華北方麵軍提出的《肅正建設三年計劃》，把整個華北劃分為“治安區”（即占領區），“準治安區”（即敵我爭奪之遊擊區）和“非治安區”（即解放區），分別進行更加徹底和殘酷的進攻，使占領區完全殖民地化。為了集中力量圍剿解放區，2月間敵決定從駐守武漢地區的第11軍中抽調一個師團，從駐守上海地區的第13軍中抽調一個師團，加強華北方麵軍。從1941年3月至1942年10月，日軍在華北連續進行五次大規模的“治安強化運動”，並在華中地區推行“清鄉運動”。從1941年開始，日軍動用大量兵力對根據地進行了空前殘酷的掃蕩，在抗戰的第四、第五兩年中，敵對華北解放區千人以上的“掃蕩”達174次，較前兩年增強三分之二，並且在戰術手段上也有了新的變化，即由過去的“短促‘掃蕩’進到長期‘掃蕩’，由分散‘掃蕩’進到了集中優勢兵力的‘掃蕩’，由線式‘掃蕩’進到縱深‘掃蕩’，由分區圍攻進到分區‘清剿’，由長驅直入進到步步為營，由分進合擊進到鐵壁合圍，由無組織的燒殺掠奪，進到有組織的三光政策”。同時，日軍還通過在根據地周圍加修碉堡、據點，構築封鎖線，並逐漸推進的辦法，實行所謂“蠶食”政策。在這兩年，敵在華北又新建和修複鐵路752公裏，公路發展到37351公裏，封鎖溝牆增至11230公裏，新增據點7801個。據記載，“敵所築的碉堡，林立於敵後，在平原地區，遠的是二三十裏一個，近的是五裏一個，至於在鐵路及大河沿線以及重要地區，例如冀中大清河以北的平津保三角地區內，津南樂陵、濱縣一帶地區，魯西梁山泊地區等，都是每隔二裏一個碉堡，步槍火力可以互相聯係”。這種較為緩進的、隱蔽的“蠶食”辦法，曾使根據地一度遭到嚴重損失。
敵人空前殘酷的“掃蕩”，是造成敵後解放區嚴重困難局麵的主要原因。同時，國民黨的反共政策也加重了敵後抗戰的困難。特別是1941年以後曲線救國“論甚囂塵上，一些國民黨軍就是在這個罪惡的旗號下叛國投敵的。蘇魯戰區遊擊縱隊副總指揮李長江、第30師師長公秉藩、山東省政府主席、第39集團軍副總司令孫良誠等都在這個時期投敵。1943年四五月間，新編第五軍軍長孫殿英和河北省政府主席、冀察戰區副司令長官兼第24集團軍總司令龐炳勳聯袂投敵，並聯名通電全國叛國投敵，使這種投敵醜劇達到頂點。這些部隊都變成了偽軍，加入了敵對解放區進行大”掃蕩的行列。
在這兩年中，解放區麵積比原來大為縮小了，華北的冀中、冀南、清河、冀魯邊等區幾乎全部變為遊擊區和敵占區，人口由一億降到五千萬，八路軍由40萬減到30萬，新四軍由13萬減到11萬。由於敵人的破壞、封鎖和華北地區嚴重的自然災害，解放區在財政經濟上的困難也達到了極點。
“艱難困苦，玉汝於成”。這一時期敵後抗戰麵臨著嚴峻的考驗。中共中央為堅持抗戰、克服困難、爭取勝利，提出了著名的十大政策。這些政策著重解決了以下四個方麵的關鍵問題：
其一，加強對敵鬥爭，轉變鬥爭方法。黨中央規定了在新形勢下對敵鬥爭的戰略戰術，加強了黨的一元化領導，實行精兵簡政，以群眾性的分散的遊擊戰爭來對付敵人空前的“掃蕩”。1941年11月7日，中央軍委作出《關於抗日根據地軍事建設的指示》，強調在新形勢下“軍事建設的中心注意力應放在地方軍及人民武裝的擴大和鞏固上”。規定主力軍與地方軍的比例，一般以山嶽根據地二比一、平原根據地一比一為原則。八路軍撤銷了縱隊指揮機構，加強軍區和軍分區建設，並將大部主力旅與軍分區合並，使主力兵團地方化，地方兵團群眾化，進一步健全了主力軍、地方軍和民兵三結合的人民戰爭體製，以便於執行分散兵力打遊擊戰爭的任務。這樣，除保留必要的野戰部隊執行機動作戰任務外，充分發揮地方武裝和民兵的作用，發揮群眾的創造力，以伏擊、襲擊、地雷戰、地道戰、麻雀戰等，消耗打擊敵人。後來又堅決實施“敵進我進”的方針，向“敵後的敵後”進軍，開展敵占區的遊擊戰爭。1942年由129師首創的武裝工作隊，深入敵占區開展工作，把公開鬥爭和秘密鬥爭、武裝鬥爭和政治鬥爭結合起來；在敵占區開展政治攻勢，實施除奸政策、瓦解偽軍政策、廣泛的統一戰線政策、革命的兩麵政策，等等。武工隊的組織及其活動是抗日遊擊戰爭的新發展，它卓有成效地打破了敵人的“蠶食”政策，在敵占區裏又建立起許多小塊遊擊區和遊擊根據地。由於黨適時地采取了新的組織形式、鬥爭形式和工作方法，真正實現了軍民一體、軍政一體，使敵後抗戰出現了全民一致對敵、生動活潑、豐富多彩的人民戰爭局麵。
其二，加強根據地的建設，鞏固敵後遊擊戰爭的戰略基地。建設鞏固的根據地對堅持敵後遊擊戰爭具有決定性的意義。根據地建設的根本目的，是鞏固內部的團結，調動全體抗日軍民對敵鬥爭的積極性。為此，當時采取了許多有效的措施，主要是：（1）健全和鞏固三三製民主政權的建設，深入貫徹減租減息和交租交息的土地政策，勞資兩利的勞動政策，以及合理負擔的稅收政策，等等，合理地照顧了各抗日階級、黨派的政治經濟利益，調動了各階層群眾，特別是廣大農民的抗日積極性。（2）實行精兵簡政，減輕人民的負擔。當時根據地在敵人的頻繁進攻和野蠻破壞下，區域日益縮小，人口大量減少，而國民黨又從1940年11月起對我軍停發經費。在這種情勢下，根據地客觀經濟條件已無法負擔在抗日戰爭中發展起來的龐大的軍政機關和大量脫產人員。為了解決財政經濟的嚴重困難，黨一方麵強調生產節約，一方麵實行精兵簡政，大量減少脫產人員，適應根據地的經濟能力。1942年12月，中共中央號召精兵簡政，要求脫產人員不能超過各地總人口的百分之三，其中軍隊二，地方一。精兵簡政不僅減輕了人民負擔，而且也提高了軍政機關和主力部隊的質量。（3）深入開展擁政愛民、擁軍優屬工作，進一步改進軍民、軍政之間的關係。