蔡元培還認為，對外國文化思想應擇善而從，重在消化，反對簡單模仿和全盤歐化的傾向。他在重視學習外國的同時，還十分重視學習時應取的態度和目的。任何民族的文化都有精華和糟粕兩個部分。取其精華，棄其糟粕，即學習要擇善而從，取分析的態度，為我所需，為我所用。
他曾引孔子的話說‘三人行，必有我師焉，擇其善者而從之，其不善者而改之。’這就是不守舊、不盲從的態度。現在最要緊的工作，就是擇善。這反映了他對待文化，包括古代文化和外國文化的正確態度。同時，他還特別強調吸收外國文化應重在消化，吸收是消化的預備，而隻有消化才會有益。“消化者，吸收外界適當之食料而製煉之，使物化為本身之分子，以助其發達。”因而在他看來，消化應是以“我”為主體，對於歐美各國的學術文化，“必擇其可以消化者而始吸收之”，切忌“渾滄而吞之，致釀成消化不良之疾”。他認為簡單模仿、照搬照抄，隻是一種稚拙的舉動；而全盤歐化，則是消亡自己民族的特性、同化於他人，是完全錯誤的。他以高度的愛國主義思想和民族責任感，勉勵我國留學生應具堅強毅力，發奮圖強，“能保我性，則所得於外國之思想、言論、學術，吸收而消化之，盡為‘我’之一部，而不為其所同化”。而切勿誌行薄弱，“棄損其我同化於外人”。他語重心長地說吾國學生遊學他國者，不患其科學程度之不若人，患其模仿太過而消亡其特性，如若這樣，則留德者為國內增加幾輩德人，留法者、留英者，為國內增加幾輩英人法人。這些針貶時弊的金石之言，擲地有聲，在今天也仍未失其思想價值和警世作用。
蔡元培還認為吸收外國文化，不僅要吸收外國文化的成果，更重要的是要掌握先進的科學方法，並運用這種科學方法來整理中國的舊有文化，以創造新義，求得更進一步的發展。他舊學深沉，重視豐富的文化遺產，曾提出“我們一方麵注意西方文明的輸入，一方麵也應注意我們文明輸出”。但他不固守成法，而重視創新。他說販運傳譯，固然是文化的助力，但真正文化是要自己創造的。又說：“研究者也，非徒輸入歐化，而必於歐化之中為更進之發明；非徒保存國粹，而必以科學方法，揭國粹之真相。”他認為“歐化優點即在事事以科學為基礎”。這裏所說的科學主要是指科學的方法。他主張中國不但在“發明的科學”（指自然科學）方麵應采用“西洋方法來試驗”，而且“就是中國固有的學問”，即傳統文化方麵，也要用科學的方法來整理他。他在闡述人類文化曆史演進的規律時曾說：綜觀曆史，凡不同的文化互相接觸，必能產生一種新文化。這種借鑒與創新的統一，表現了蔡元培進步的中西文化觀，這對於學術研究和學校課程改革具有重要的指導意義。
綜上所述，蔡元培這種借鑒與創新相統一的中西文化觀，是適應近代中國發展的需要，反映了新的時代精神。五四新文化運動，生動活潑，在反封建的號角下，傳播新文化新思想，建立了不朽功勖。但其間存在的“好就絕對的好，壞就絕對的壞”的片麵性、絕對化的思維方法，以其有著深刻的社會根源，使它不僅對中國思想界產生惡劣影響，而且也困擾了爾後誕生的中國共產黨。中共黨內長期受到教條主義的幹擾，就是這種思想方法在黨內的表現。因而如何對待馬克思主義，即要把馬克思主義中國化的問題，就成為關係黨的興衰成敗的思想路線問題。從這樣的曆史角度來看，僅就文化的發展而言，蔡元培文化觀的進步性和時代精神就更加顯示出來了。這作為一個重要的因素，經過蔡元培革新的北京大學，所以能成為新文化運動的中心、五四運動的發源地，以至馬克思主義在中國傳播的最初基地，就不是曆史的偶然了。
我們的時代大大向前發展了，今天的中國已處在自覺對外開放，全麵實現社會主義現代化的曆史新時期，但在學習外國和文化發展方麵，麵臨的問題卻與曆史有某種近似之處。在北大即將走向新的百年輝煌的時候，蔡元培的上述思想也仍是常青的智慧之樹，對於今天的文化學術繁榮和發展仍不失其智者的眼光，是值得重視的。
（《北京大學學報》，1998〈2〉）