原來，北大文科學長陳獨秀曾大力提倡新文學，整頓中國文學門（即學係），因而引起舊派教員的不滿；1917年秋成立中國史學門時，他們多改歸這新學門，想把這裏作為他們舊派的陣地。但蔡元培、陳獨秀同樣重視史學的改革，五四運動後在中國史學門增設西洋史各課，改稱史學係，由原來一國的史學變為世界的史學。蔡元培還將史學係同政治、經濟、法律等係一起編入同一學組，表示史學和社會科學的密切關係。為了革新中國舊史學，這時將原為選修課的社會學、經濟學、政治學等社會科學課程，改為必修科，作為史學的基本知識課，並且聘請西洋史教授翻譯歐美新史學及唯物史觀方麵書籍。1920年李大釗任史學係教授後，曾先後講授過《唯物史觀》、《史學思想史》等重要課程。這些措施改變了過去史學門隻重史料的偏向，開始重視以科學的方法從事曆史的研究。這時的史學界正如李大釗所說，“晚近以來，高等教育機關裏的史學教授，幾無人不被唯物史觀的影響，而熱心創造一種社會的新生”。
此外，蔡元培還主張史學必須以科學的依據為基礎，要學習歐美新史學的優點。他後來曾說中國的曆史人文之學，發達在自然科學未發達之前；西洋的曆史人文之學，則發達在自然科學既發達之後。所以他們現在的古學，有其他科學可資憑藉；我們前代的古學，沒有其他科學可資憑藉。這件事實固可表顯我們的前賢創造古學之才長；然亦正指示我們現在從事此項工作者所憑藉之不如人。我們若不擴充我們的憑藉，因以擴充或變易我們的立點和方法，哪裏能夠使我們的學問隨著時代進步呢？他認為治史學者不僅要重視考古工作，而且和地質學也有密切關係。在他的倡導下，1923年北大考古學會成立，先後進行過多次考古調査和發掘工作，如河南新鄭、孟津兩縣出土的周代銅器，洛陽北邙山出土文物，北京宮山明代古跡和甘肅敦煌古跡調查等，這對建立科學的史學和豐富學生的史學知識是很有意義的。
蔡元培在關於融合中西文化的主張中，還提出要開設中外文化相比較的課程。他說治一國文學者恒不肯兼涉他國，不知文學之進步，亦有資於比較。這時國文係除開設本國文學、文學史課程外，還開設了外國文學著作選讀、外國文學史等課程，以資比較。又如，他認為，“北大舊日的法科，本最離奇，因本國尚無成文之公私法，仍講外國法，分為三組：一曰德日法，習德文日文的聽講；二曰英美法，習英文的聽講；三曰法國法，習法文的聽講。我深不以為然，主張授比較法。”蔡元培是我國較早提出比較學問題的，這對於培養學生分析能力和開擴知識領域是有好處的。
除了在課程建設上注意吸收國外的先進科學文化外，蔡元培還重視直接邀請外國著名學者來校講學。如現代唯心主義哲學家杜威經胡適等邀請來華後，蔡元培曾出麵與杜威任職的哥倫比亞大學商議，留他在北大講授一年哲學。蔡元培對杜威是推崇的，但他並不讚同實用主義教育觀點。如他在學與術的關係上重學理的研究，在科學研究上，他認為並不是所有項目都能立即得到應用，更難短期就有明顯的效果，但並不能因此而貶低這些科學研究的意義。這些觀點有助於抵製實用主義思想對教育、學術領域的影響。
1921年蔡元培到歐洲考察教育時，曾親自分別訪問了居裏夫人和愛因斯坦，邀請他們來華講學。1922年秋愛因斯坦到日本訪問時，表示願順道來華講學，蔡元培即去電表示歡迎，並商妥了待遇條件。但因中國方麵要用各團體名義聯合發出正式邀請信，往返征求意見延宕了時間，愛因斯坦則因在日本等了五個星期尚未接到中國來信，誤以為未能踐約而延長了在日訪問時間，致使來華講學計劃未能實現。後來他接到蔡元培來信，方知是誤解，當即寫信給蔡元培說明原委，表示：“雖然極願意且有從前鄭重的約言，而我現在不能到中國來，這於我是一種莫大的苦痛。”並說先生能夠想見，倘使我現在能到北京，我的興趣將如何之大。如今我切實希望，這種因誤解而發生的延誤，將來再有彌補的機會。當時北大為愛因斯坦訪華講學作準備，專門舉行了愛因斯坦學說公開講演，校內還組織了相對論學說研究會。
蔡元培也很重視派遣教員、學生出國留學，直接學習外國文化科學知識，以便回國後開設新課，充實課程建設。
在上述關於融彙中西文化的主張和做法中，蔡元培對繼承傳統文化和廣泛學習外國這樣兩個關係學術發展的重大問題，都提出了許多很好的見解，特別是他提出對中西文化都要吸收、消化、創新，以求得發展與進步的思想，對我們今天也仍然是富有啟迪的。
（《北京日報》，1988-01-11）