其次，蔡元培認為對外國文化思想應擇善而從，重在消化，反對簡單模仿和全盤歐化的錯誤傾向。
他在重視學習外國的同時，還十分強調學習時應取的態度和目的。任何民族的文化都有精華和糟粕兩個部分，學習要擇善而從，取分析的態度，為我所需，為我所用。他曾引孔子的話說‘三人行，必有我師焉，擇其善者而從之，其不善者而改之’。這就是不守舊、不盲從的態度。現在最要緊的工作，就是擇善。這反映了蔡元培對待文化，包括古代文化和外國文化的正確態度。同時，他還特別強調吸收外國文化應重在消化，吸收是消化的預備，而隻有消化才會有益。“消化者，吸收外界適當之食料而製煉之，使物化為本身之分子，以助其發達。”因而消化是以“我”為主體，對於歐美各國的學術文化，“必擇其可以消化者而始吸收之”，切忌“渾淪而吞之，致釀成消化不良之疾”。他認為單純模仿、照搬照抄，隻是一種稚拙的舉動；而全盤歐化，則是消亡自己民族的特性，同化於他人，是完全錯誤的。他以高度的愛國主義思想和民族責任感，殷切勉勵我國留學生應具堅強毅力，發憤圖強，“能保我性，則所得於外國之思想、言論、學術吸收而消化之，盡可為‘我’之一部，而不為其所同化”。而切勿誌行薄弱，“棄損其我同化於外人”。他語重心長地說：“吾國學生遊學他國者，不患其科學程度之不若人，患其模仿太過而消亡其特性。”如若這樣，則“留德者為國內增加幾輩德人，留法者留英者，為國內增加幾輩英人法人。”這些針砭時弊的金石之言，在今天看來也仍不失其價值。
當時這種簡單模仿和盲目崇拜外國的傾向，在北大也有嚴重反映。
嚴複擔任北大校長期間，在全校積極推廣外語會話，在本科和預科課堂上除一些國學課程外，都用英語講授。課外活動如開會、講演、討論，也多用外語。預科教務會議全講英語，一些不懂英文的教授有苦難言。這種狀況，雖然對推廣外語學習收到了一定的效果，但也助長了盲目崇洋和輕視祖國文化的傾向。特別是當時北大教授中崇拜西方資產階級文化的留學生較多，他們當中有些人幾乎不用漢語講話，甚至有的教中國曆史時也要講幾句英語以顯示其有學問。對此，許多人表示不滿，連一些外國教員也不以為然，“歎為非興國之征”。蔡元培長校後，既重視和推廣外語教學，又極力矯正這種不良風氣。他規定開教務會議一律改用中文。開始時，一個外國教授起而反對，說：“我們不懂中國話。”蔡元培從容回答：“假如我在貴國大學教書，是不是因為我是中國人，開會時你們就都說中國話？”使對方無言以對。從這時起，他明確要求除外國語文課外，其他課程必須使用祖國語言。對《大學理科月刊》刊登的論文，則規定除有關專有名詞外，也一律要用中文書寫。這些措施受到了進步輿論的讚許。
蔡元培在課程建設上注意吸收歐美各國學術文化的成就，同時又強調結合本國的實際，保存和發揚自己的“特性”。如中國文學係除增加世界文學外，又於中國文學中增加了詞曲、小說和小說史方麵的課程，並發起征集民間歌謠，供大學生和研究生研究。理科方麵，“於數理化等學科外，兼征集全國生物標本”，亦是一例。
蔡元培到北大後為籌辦生物學係，曾與法國巴斯德生物學院協商設立分院（後沒有實現），但他沒有單純依賴外國，而是努力發展我國自己的生物學。1918年他聘請著名植物學家鍾觀光（1868—1940）為北大理預科教授。鍾觀光不顧自己年事已高，先後深入十幾個省調查我國植物分布情況，曆時五載，搜集和積累了許多珍貴植物標本與資料，對我國早期植物分類學的發展，作出了重大貢獻。1924年，他創建了北大植物標本室，先後整理出植物標本八千多種，為教學提供了較好的條件。1925年北大生物學係正式成立。這個事實反映了蔡元培提倡吸收歐美國家先進文化的根本是著眼於發展祖國的科學事業。
再次，蔡元培認為吸收外國文化，不僅要吸收外國文化的成果，更重要的是要掌握先進的科學方法，並運用這種科學方法來整理中國的舊有文化，以創造新義，求得更進一步的發展。
蔡元培很重視在吸收、消化基礎上的創新，對外來文化是這樣，對傳統文化亦如此。他曾指出：“研究也者，非徒輸入歐化，而必於歐化之中為更進之發明；非徒保存國粹，而必以科學方法，揭國粹之真相。”這種主張反對了故步自封的保守思想，打破了清末以來束縛我國科學文化發展的所謂“中學為體，西學為用”的謬見，比較正確地指明了對傳統文化和外國文化應取的態度。這對於學術研究和學校的課程改革具有指導的意義，當時北大史學係的革新即是一例。