其次，“兼容並包”的辦學思想，也是和蔡元培一向反對專己守殘，注重培養學生獨立研究能力的主張相聯係的。封建政治和文化專製的製度，造成了抱殘守缺、武斷盲從、迷信教條、守一排他的惡劣學風。蔡元培對這種窒息人才的舊學風深惡痛絕，認為是數千年學術專製之積習，封建科舉製度的產物。他積極提倡新教育，反對封建舊教育對受教者的壓製和摧殘，主張“教育者，與其守成法，毋寧尚自然；與其求劃一，毋寧展個性”。他從這一教育思想出發，在大學教育中也注意發揮學生的主動性和積極性，養成新的治學方法。他反對“守一先生之言，而排斥其他”的治學方法，有兩方麵的含意：一是反對文理兩科自我封閉，彼此輕視。他認為這和近代科學相互聯係的事實不相符合，主張要溝通文、理兩科，習文者須兼習理科的基礎知識，習理者要兼修文科的基礎知識，使學生具備比較全麵寬厚的基礎知識。一是反對不同學派之間的宗派習氣，門戶之見，彼此排斥封閉。他認為對治學者來說，“最忌的是知道了一派的學說，就奉為金科玉律，以為什麼學問都可以照他的說法去解決，其餘的學說都可置之不顧了”。這種“常好以見聞所及，持一孔之見”，“守一先生之言而排斥其他”的治學方法，也是一種專己守殘，這就無從並采比較，因而不能推進學術的發展。蔡元培堅持采取“兼容並包”的方針，讓不同學派並存，各種學術觀點自由討論，使學生能夠廣泛接觸教員中不同學派的觀點，資以比較、鑒別、吸取，分出正誤優劣，而不囿於一己之見，一家之說。這種“令學生有自由選擇餘地”，有助於培養學生獨立研究的能力，使他們有可能從不同學派的比較中引出新義，提出自己的創見。
再其次，“兼容並包”的辦學思想，也反映了蔡元培珍惜人才、不求全責備的人才觀。他深知在當時的中國，人才匱乏，是處於“青黃不接的時代，很難得品學兼備的人才”，要求“學生對於教職員不宜求全責備，隻要教職員係誠心為學生好，學生總宜原諒他們”。他還針對舊派勢力對北大教員的攻擊，指出：“人才至為難得，若求全責備，則學校殆難成立。”對人不求全責備，是深知人才的特點，避其所短，揚其所長，這就是知人然後方能善任的道理。金無足赤，人無完人，嚴以律己，寬以待人，這是蔡元培知人善任的高明之處。他從這一正確的人才觀出發，采取用人唯才的態度，既不拘一格廣泛延攬人才，又堅持選擇教員的標準。他提出：“延聘教員，不但是求有學問的，還要求於學問上很有研究的興趣，並能引起學生的研究興趣的。不但世界的科學取最新的學說，就是我們本國固有的材料，也要用新方法來整理它。”這是比較全麵地闡述了他對選擇教員要以“學詣為主”的標準。對於那些學術水平低下、不適合在大學任教的，則不論中外教員，蔡元培都一律按聘約合同予以解聘。他曾經頂住外國公使館的壓力，堅持解聘了幾個不稱職的外籍教員，表現了堅強的原則性，維護了民族尊嚴。由於蔡元培大力延聘積學而熱心的教員，這時的北大不僅羅致了許多學術界知名度很高的專家學者，而且還引進了一些青年新秀。留美學生胡適曾在《新青年》上發表《文學改良芻議》一文，隨後又寫了一篇《諸子不出於王官論》的翻案文章，受到蔡元培的賞識，聘為文科教授；沒有大學學曆的青年梁漱溟，寫了一篇推崇佛學的《究元決疑論》的文章，蔡認為不失為“一家之言”，破格聘為北大教員。這種不拘一格網羅眾家，使教師陣容得到了很大加強，這對於改變學校麵貌和人才的培育具有重要意義。
綜上可知，“兼容並包”作為一種辦學思想和辦學方針，是適應了發展新教育和發展學術的客觀要求，因而它的進步作用是顯明的。
但是，僅僅指出這一方麵是不夠的，還必須同時強調，蔡元培在提出和實施他的“兼容並包”辦學方計時，並非對新舊文化采取不偏不倚的客觀主義態度，而是有所抑揚的。也就是說，這種“兼容並包”並非無原則、無目的，任憑新舊良莠混雜，而是以扶植新派人物，促進新思想傳播，適應革新需要為基本出發點的。應該指出，蔡元培主持北大進行革新之際，正是中國新民主主義的政治和文化的發端時期，這時他的革命民主主義思想也有了進一步的發展。他支持日益興盛的新文化運動，提倡白話文，讚成文學革命，反對封建複古主義的舊思想，倡導以民主和科學為內容的新思潮。他對北大的整頓是以文科為重點，因為文科集中了北大的守舊勢力，這樣文科學長人選就成為一個重要問題。經友人推薦，又翻閱了陳獨秀主編的《新青年》，他十分讚同對陳獨秀“確可為青年的指導者”的評價，遂決定邀請他主持文科。隨後，又引進了大量新派人物，形成了以陳獨秀、李大釗等《新青年》編者為核心的革新營壘。蔡元培反對壓製新思潮，認為“要舍湮法用導法，讓他自由發展，定是有利無害的”。他積極支持和扶植新派，成為這支新文化大軍不可少的竭誠的保護者。五四前夕，當軍閥政府對蔡元培施加政治壓力和恐嚇時，曾有人勸他辭退陳獨秀，約束胡適，以緩和空氣；蔡元培毅然回答：“北京大學一切的事，都在我蔡元培一人身上，與這些人毫無相幹。”隨後又公開為新派的“過激之論”辯護。這些都鮮明地表現了蔡元培的政治立場和“兼容並包”方針的基本傾向。誠然，蔡元培是以提倡“思想自由”而著稱的，他尊重講學自由和正當學術研究的自由，對舊派教員的學術性活動同樣給予支持，但絕不允許假借學術名義和大學講壇進行反動政治宣傳。當時北大教員中，辜鴻銘是一個帝製複辟論者，但精通英、德等國語言；劉師培是籌安會罪人之一，而對國學研究有素。蔡元培認為他們所授課程與政治無涉，應用其學術專長。他曾對學生說我希望你們學辜先生的英文和劉先生的國學，並不要你們也去擁護複辟或君主立憲。“可見，他對政治和學術的界限作了劃分的標準是明確的。正因為如此，”兼容並包的辦學方針起到了對北大這個新文化運動策源地的催生作用。
由於蔡元培的悉心倡導和經營，這時的北大一掃過去腐敗的校風，造成了濃厚的學術研究空氣。校內社團有如夜空繁星，各種刊物宛似雨後春筍，眾家學說競相爭長，新思想新思潮應運而生。鸞飛魚躍，生動活潑。這種學術思想自由的原則，使北大成為全國新文化運動的中心，開創了學術民主思想自由的一代新風。應該特別指出，這種思想自由、百家爭鳴的新局麵，不僅有利於新文化新思潮的發展，而且又在客觀上為馬克思主義的傳播開辟了道路。在李大釗任北大圖書部主任期間，就從國外購進了許多馬克思主義的著作和有關社會主義的文獻。從1918年冬起，北大就出現了研究馬克思主義的團體。1921年著名的北大馬克思學說研究會公開成立時，就得到了蔡元培的支持。可以說，北京大學成為中國最早傳播馬克思主義的地方，五四時期在這裏成長出一枇中國早期共產主義者，確是得助於蔡元培“兼容並包”的辦學方針，雖然，促進馬克思主義在中國傳播並非蔡元培的本意，但他在客觀上的助成之功實不可沒。
在封建文化占據時代舞台的時候，蔡元培提倡“兼容並包”，引進西方資產階級新學，並且給馬克思主義的研究以一席之地，這在中國近代曆史發展的過程中起了積極的作用，是應當給予充分肯定的。
三
蔡元培的“兼容並包”，就文化思想方麵而言，是包含容納古今中外的文化學術思想的。他從反對專己守殘之陋見出發，主張對東西文化要兼收並蓄，擇善而從，融彙貫通。
在近代的中國，隨著西學東漸曾引起了巨大的衝擊波。圍繞著如何對待西方文明，學習外國的問題，在政治和思想領域中的鬥爭是十分激烈的，存在著兩種錯誤傾向。一種是妄自尊大，抱殘守缺，主張閉關鎖國；另一種則是妄自菲薄，崇洋媚外，鼓吹全盤歐化。這雖然表現為完全相反的兩個極端，但對我們國家和民族的危害則是共同的。蔡元培作為一位革新者，曾實際考察和研究過西方資本主義國家的政治製度、文化教育和科學技術的發展，承認“彼俗化之美，仍由於教育普及、科學發達、法律完備，人人於因果律知之甚明”。他正視我國近代落伍的現實，同時相信這隻是暫時的，中國有能力迎頭趕上西方先進國家。基於這種認識，在學術上，他既不讚同故步自封的國粹派，也反對消亡本民族特性的全盤歐化論，主張把繼承古代文化遺產同廣泛學習外國緊密結合起來，通過吸收、消化、創新，求得我國學術的新發展。
蔡元培對東西文化取兼收並蓄、融彙貫通的主張，不僅對我國學術的發展，而且對學術課程的建設，都有積極的意義。在這方麵，他有許多深刻的、精到的見解和做法，是值得我們研究和借鑒的。
其一，積極主張吸收外國先進的科學文化，提出大學教學內容要對“世界的科學取最新的成就”。他把善於繼承前人成果，學習先進文化，視為人類進化和社會進步的重要原因。他認為各民族間互相師法才能有進步和發展，在世界曆史上，一個民族文化的進步，都包含對其他民族文化的吸收和消化。“人類之消化作用，不惟在物質界，亦在精神界。一人然，民族亦然。”他舉例說，希臘民族吸收埃及、腓尼基諸國的文明而消化之，創造了燦爛的古希臘文明；高盧日耳曼諸民族吸收了希臘、羅馬和阿拉伯之文化，才有了今日歐洲各國的文明。中國自漢至宋吸收了印度文明，在哲學、文學及美術方麵，“得此而放一異彩”。而自元以來的六百多年間，與歐洲文明雖有接觸，然未嚐有大量的吸收，隻是墨守前人已有的成就，有如冬蟄之動物“日趣羸瘠”。他批判了那種單純指摘別人缺點而拒絕學習的妄自尊大態度，“……社會上一部分之黑暗，何國蔑有？不可以觀察未周而為懸斷也。”他在談到繪畫美術時，特別提到彼此要善於學習對方的優點和長處，他說今世為東西文化融和時代，西洋之所長，吾國自當采用。抑有人謂西洋昔時已采用中國畫法者，……彼西方美術家能采用我人之長，我人獨不能采用西人之長乎？為了使我國學術盡快趕上西方先進國家，他主張廣泛地學習外國的先進文化和先進經驗，他說：“吾人為集思廣益起見，對於各友邦之文化，無不歡迎。以國體相同，而對於共和先進國之文化，尤所歡迎；以思想之自由，文學美術之優秀，彼此互相接近，而對於共和先進國中之法蘭西，更絕對的歡迎。”蔡元培從上述思想出發，在北大廣泛容納西方的新文化新思潮，允許不同學派的觀點自由討論，使學生通過廣泛接觸加以比較、吸收和創新。同時，他還把對東西文化兼收並蓄的主張，作為學校課程改革和建設的一個重要指導思想。他在北大“於英語外，兼提倡法、德、俄、意等國語，及世界語；於舊文學外，兼提倡本國近世文學，及世界新文學”；他力矯偏重英語的舊習，增設法、德、俄諸國文學係，即世界語亦列為選科。理科的一些課程教材亦多采用各國的科學新成果，如物理係三、四年級的《近代物理》課，內容大部選自居裏夫人在巴黎大學講授的最新材料。1921年蔡元培赴歐美考察期間，還親自邀請居裏夫人和愛因斯坦到北大講學（後因故未能實現）等等。
其二，認為對外國文化思想應擇善而從，重在消化，反對簡單模仿和全盤歐化的錯誤傾向。蔡元培重視學習外國的同時，還十分強調學習時應取的態度和目的。任何民族的文化都有精華和糟粕兩個部分，取其精華，棄其糟粕，即學習要擇善而從，取分析的態度，為我所需，為我所用。他曾引孔子的話說‘三人行，必有我師焉，擇其善者而從之，其不善者而改之’。這就是不守舊，不盲從的態度。現在最要緊的工作，就是擇善。這反映了他對待文化，包括古代文化和外國文化的正確態度。同時，他還特別強調吸收外國文化應重在消化，吸收是消化的預備，而隻有消化才會有益。“消化者，吸收外界適當之食料而製煉之，使物化為本身之分子，以助其發達。”因而消化是以“我”為主體，對於歐美各國的學術文化必擇其可以消化者而始吸收之，切忌“渾淪而吞之，致釀成消化不良之疾。他認為單純模仿、照搬照抄，隻是一種稚拙的舉動；而全盤歐化，則是消亡自己民族的特性，同化於他人，是完全錯誤的。他以高度的愛國主義思想和民族責任感，殷切勉勵我國留學生應具堅強毅力，發憤圖強，”能保我性，則所得於外國之思想、言論、學術，吸收而消化之，盡為‘我’之一部，而不為其所同化。而切勿誌行薄弱，棄損其我同化於外人。他語重心長地說：“吾國學生遊學他國者，不患其科學程度之不若人，患其模仿太過而消亡其特性如若這樣，則”留德者為國內增加幾輩德人，留法者、留英者，為國內增加幾輩英人法人。他呼籲我國留學生，必須以‘我’食而化之，而毋為彼所同化這些針眨時弊的金石之言，擲地有聲，在今天看來也仍不失其價值。