蔡元培為了羅致新派人物，還注意從青年新進和國外留學生中物色人才。如胡適原是第二批庚子賠款的留美學生，他在留學期間常向國內《新青年》投稿，1917年1月他在《新青年》發表了《文學改良芻議》一文，提出了對文學改良的八點主張；4月又發表了《諸子不出於王官論》的翻案文章。蔡元培對這個留美青年十分欣賞；而這時陳獨秀也向他作了推薦，遂決定邀請他來北大任教。1917年7月胡適回國，9月就正式被聘為北大文科教授，講授中國哲學史。胡適在新文化運動中，在反封建文化的鬥爭中，他的文學主張和他的政治主張一樣，都具有明顯的改良主義色彩。但他積極提倡白話文，後來還作白話文學史以證明白話文的價值，對當時的文學革命運動起了積極的作用。
在一定意義上說，蔡元培的思想自由、兼容並包方針，助成了北京大學成為新文化運動的搖籃，五四運動的發源地。
蔡元培雖然致力於引進新派人物，但他反對那種罷黜百家、獨尊一己的文化專製主義。他曾用“萬物並育而不相害；道並行而不相悖”的觀點，來解釋他的思想自由、兼收並蓄的主張。他在北大實行學術自由、百家爭鳴，允許不同學派自由發展，發揮各方麵人才的專長；對於那些政治思想頑固守舊的人，則認為隻要所授課程與政治無涉，同樣應該用其學術專長。如辜鴻銘是辛亥革命後到北大任教的，他反對民主共和，持帝製複辟論，繼續頭束發辮，身穿棗紅馬褂。1917年張勳複辟時，他曾被列名於外務部。但他精通英、德等國語言，在文科講授西洋文學，後又主講文科研究所的《英詩》。蔡元培認為他所授英國文學與政治無涉，而繼續延聘。劉師培曾背叛過同盟會，袁世凱複辟帝製時又成為發起籌安會的“六君子”之一，遭到人民群眾的唾罵。袁死後，他潦倒天津。蔡元培則取其國學所長，聘為文科教授，講授中古文學史課程。對於舊派學者，蔡元培同樣是注意物色和延攬人才。例如梁漱溟當時是一位年僅24歲的青年，中學畢業後自修哲學。1916年他在《東方雜誌》發表了一篇《究元決疑論》的文章，探究宇宙與人生的本源問題。中心是批評古今中外的各家學說，惟獨推崇佛學。蔡元培看到後，認為也是“一家之言”，經與陳獨秀商議，決定破格請他到北大講授印度哲學。梁漱溟這時以“研究東方學”為名，在校內帶頭維護孔教。他到校第一天就問蔡元培對孔子持什麼態度，他公開表示自己對孔子“不僅不反對而已，我此來除去替釋迦孔子去發揮夕卜，更不作旁的事”。後來他在北大發起成立了孔子研究會，參加創辦《國故》月刊社，成為北大舊派中的一個活躍人物。
蔡元培在延聘教員的工作中，注意學力，不重資曆，能夠不拘一格選拔人才，從而使這一時期北大的教師隊伍相當“年輕化”。據1918年初的統計，全校共有教授90人，其中35歲以下者共43人，最年輕的文科教授徐寶璜為25歲，其他如胡適、劉半農等也都是二十七八歲的青年。蔡元培出任校長時也隻有50歲。北大教師隊伍的年輕化給學校帶來了朝氣，推動了學校的革新。
三
蔡元培在北大還十分重視學製與課程的改革和建設。1917年10月，教育部召集在京各高等學校代表會議，修改大學規程時，蔡元培提出廢除年級製，采用選科製議案，與會代表通過決定，先由北大試行。蔡元培提倡選科製，是和他主張發展個性的新教育觀相一致的。他認為，“教育者，與其守成法，毋寧尚自然；與其求劃一，毋寧展個性。”按照原來的舊學製，各係所開設的課程，對本係學生均為必修科，且不能兼習他係課程。蔡元培認為這種年級製的流弊是使銳進者無可見長，而留級者又因幾門不及格須全部重學，失去興味。實行選科製，學生除了本係規定的必修科外，還有在總學時中占一定比例的輔助學科作為選修課程，供自由選擇；選修科還可選習相關學係開設的課程》這樣可以發揮學生之所長，能研究他們所向往的學科。學生修滿學校規定的學分即可結業。實行這種學製，可以增長學生的學習興趣，發揮學生的專長，有利於培養專門人才。當然，選科製如果缺乏必要的指導，也會有弊病。如有的學生從興趣出發，旁聽的課程過多，有的專攻冷門，忽視對基本理論、基本知識的掌握。蔡元培強調選科製隻能在高等學校實行，且規定各係教授會負責編印課程指導書和分學年課程表；學校還專門成立由教授組成的新生指導委員會，作為新生入學選課事宜的顧問。蔡元培不但認為普通教育不宜采用選科製，而且也反對中學實行文理分科製，認為這樣不僅對造就理、工科人才不利，而且培養出來的文、法，商諸科學生，也由於“科學知識太缺乏，仍為變相的舉子，而不適於科學萬能之新時代。”這個意見在今天仍然值得重視。
自1919年起，北大在將學門改為學係的同時，正式實行選科製。從1922年起，全國其他高等學校也都先後采用選科製。
在課程內容上，辛亥革命後北大曾進行過某些資產階級民主性質的改革，增加了資產階級新學的課程，但很不徹底。這時北大的教學思想仍很陳舊保守，課程設置也很落後。蔡元培任校長後，在課程改革和建設上的一個重要指導思想，就是反對專己守殘之陋見，主張對中西文化要兼收並蓄，擇善而從，融彙貫通。他在這方麵有一些很好的見解和做法：比如，他積極主張吸收外國先進的科學文化，提出大學教學內容要對“世界的科學取最新的學說”。他請國內第一個介紹愛因斯坦相對論的夏元琛（浮筠）作理科學長，理科一些課程教材亦多采用各國的科學新成果，如物理係三、四年級的《近代物理》課，內容大部選自居裏夫人在巴黎大學講授的最新材料。又如，他主張對外國學術文化應重在消化，反對簡單模仿和全盤歐化的錯誤傾向。認為消化應以“我”為主體，對歐美各國的學術文化，“必擇其可以消化者而始吸收之”，切忌“渾淪而吞之”。他曾語重心長地說吾國學生留學他國者，不患其科學程度之不若人，患其模仿太過而消亡其特性。告誡留學生“不可捐棄其‘我’而同化於外人，否則，”留德者，為國內增加幾輩德人，留法者，留英者，為國內增加幾輩英人法人。這在半殖民地的舊中國，確是針砭時弊的金石之言。蔡元培重視學生的外語課程，於英語外，兼提倡法、德、俄、意等國語，北大並成為我國提倡世界語較早的一個學校。但他反對這時北大嚴重存在的盲目崇拜外國的傾向。嚴複主持校政時曾全全校積極推廣外語會話，在課堂上除一些國學課程外，都用英語講授。課外活動，如開會、講演、討論也多用外語。預科教務會議全講英語，一些不懂英文的教授有苦難言。這雖對學習外語收到一定效果，但也助長了盲目崇洋和輕視祖國文化的傾向。蔡元培極力矯正這種不良風氣，規定開會一律講國語。他還明確要求除外國語文課外，其他課程必須使用祖國語言講授。蔡元培在課程建設上既注意吸收歐美各國的學術文化成就，同時又強調保存和發揚自己的“特性。像中國文學係除增加世界文學外，又於中國文學中增加了詞曲、小說和小說史方麵的課程，並發起征集民間歌謠，供大學生和研究生研究。再如，他認為吸收外國文化，不僅要吸收其成果，更重要的是要掌握先進的科學方法，並運用這種科學方法來整理中國的舊有文化，以創造新義，求得更進一步的發展。這種主張反對了故步自封的保守思想，打破了清末以來束縛我國科學文化發展的所謂”中學為體，西學為用的謬見，對於改革學校課程也有重要意義。1917年秋北大成立了中國史學門，蔡元培很重視對史學的改革，他在五四後增設了西洋史各課，改稱史學係，由原來一國的史學變為世界的史學。他還將史學係和政治、經濟、法律等係編為一個學組，表示史學和社會科學的密切關係。為了改革中國舊史學，又將原來選修課的社會學、經濟學、政治學等課程，改為必修科，作為史學的基本知識課，並且聘請西洋史教授翻譯歐美新史學及唯物史觀等書。1920年李大釗任史學係教授後，曾先後講授過《唯物史觀》、《史學思想史》等課程。這些在很大程度上改變了過去史學門隻重史料的偏向，開始重視以科學的方法從事曆史的研究。
蔡元培在關於融合中西文化的主張中，還提出要開設中外文化相比較的課程。他說治一國文學者恒不肯兼涉他國，不知文學之進步，亦有資於比較。這時國文係除開設本國文學、文學史（包括小說史、詞史、戲曲史等）課程外，還開設了外國文學著作選讀、外國文學史等課程，以資比較。又如，他認為：“北大舊日的法科，本最離奇，因本國尚無成文之公私法，乃講外國法，分為三組：一曰德日法，習德文日文的聽講；二曰英美法，習英文的聽講；三曰法國法，習法文的聽講。我深不以為然，主張授比較法”。他是我國較早提出比較學的，這對於培養學生分析能力和開擴知識領域是有積極意義的。
在課程設置上，蔡元培還十分重視基礎知識和基本理論的教育。他在解釋學術這一名詞時，認為學為學理，術為應用，而文、理兩科都屬於學的範圍。這裏所說的學理，就是指理論的學習和研究。他對於中小學基礎教育（即普通教育）和大學專業教育（即職業教育），都很重視基礎知識和基本理論的教育。他認為基礎教育有如房屋的地基，專業教育有如地麵上的樓台亭閣；未有地基不牢而能建起高屋的。他不讚同中學實行選科製和文理分科製，就是重視基礎知識教育的表現。在大學的專業教育中，他同樣重視基本理論和基礎知識的學習，強調學生必須具備比較全麵的知識。因而，加強學理的研究是他在北大進行課程改革和建設的一個重要原則。
這一時期的北大由於集中了許多學有專長的知名教授，使課程設置遠較過去充實，並且提高了學術水平。在文、法科開設的課程中，如李大釗的《唯物史觀》、《史學思想史》，魯迅的《中國小說史》，錢玄同的《文字學》（聲韻），劉複的《語音學》，吳虞的《文學名著選》，劉師培的《中國古代文學史》，黃節、沈尹默的《詩》，馬敘倫的《莊子哲學》，胡適的《中國哲學史》，陳啟修的《現代政治》，陳大齊的《認識論》，陶孟和的《教育社會學》，馬衡的《金石學》，周覽的《國際法》，馬寅初的《貨幣》、《銀行》等，都具有較高的水平，受到學生的歡迎。理科各係的基礎理論和專業課程也比過去大為加強。例如，地質學係由於薈集了許多地質學、古生物學方麵的知名學者，是北大理科和國內同專業中教授較多的一個係，課程內容比較豐富。其中如李四光的《岩石學》、《高等岩石學》、《地質測量及地質構造學》；何傑的《地質學概論》、《經濟地質學》、《采礦工程學》、《鋼鐵專論》；王烈的《礦物學》、《普通地質學》；葛利普的《高等地質學》、《高等古生物學》等，都具有較高的水平。這一時期還開設了一些關於中國地質、礦產和古生物的課程，如翁文灝的《中國地質》、何傑的《中國礦產專論》和葛利普的《中國古生物學》等。課程的充實和加強，使學生的學業水平有了明顯的提高。據物理係教授李書華後來稱這時北大理預科物理課程與美國大學本科一年級課程相當，物理係本科畢業生水平比美國大學本科畢業（得B。Sc學位，以物理為主科）水平為高，比美國得碩士學位水平的為低。