蔡元培一生重視教育，尤其重視大學教育。他在出任北京大學校長期間，施展了改革我國大學教育的抱負。他提倡“思想自由，兼容並包”，為新文化、新思想的傳播開拓道路。他聘請各派學者，實行學術民主，自由爭辯，對促進思想解放、百家爭鳴起了重要作用。他勇於破除舊觀念，倡導德、智、體、美諸育全麵發展，為培育人才作出了重要貢獻。蔡元培在北京大學的改革工作，是他一生從事文化教育事業的最重要實踐，取得了重大成就，不僅在當時產生了深刻影響，而且在今天也仍是有意義的。
一
辛亥革命後，清末建立的京師大學堂改稱北京大學，並曾進行過一些初步的改革。但由於官僚積習很深，改革極不徹底，校政仍相當腐敗。不少人以大學“為升官發財之階梯”，對研究學問沒有興趣。他們對專任的教學認真的教員不歡迎，甚至反對；而對由政府官吏兼任教員的，雖時時請假，亦十分歡迎，以為可作自己將來仕途的靠山。教員中也有不少是不學無術的。課堂講授陳陳相因，敷衍塞責。這時的北大缺乏學術研究的空氣，封建複古主義的陳腐思想泛濫。
1916年9月，蔡元培從國外接到北京政府教育總長範源廉的電報，促其歸國就任北京大學校長。他回到上海後，不少友人勸他莫進北大這個是非之地，弄得不好反而壞了自己的名聲。汪精衛、吳稚暉、馬君武等都持反對態度。但是，他也得到了一些友人的讚助，特別是得到孫中山的支持。孫中山很重視開辟北方地區的革命工作，對蔡元培也十分了解和信任，認為蔡元培去北京主持高等教育，有利於向北方傳播革命思想。蔡元培同意出任北大校長，也是出於他的教育救國思想，他在給汪精衛的信中說吾人苟切實從教育著手，未嚐不可使吾國轉危為安。他抱定了整頓和改革的決心，於1917年1月4日就任北大校長職務。
蔡元培是一位既具有革新精神又有民主作風的人，他的到任，給暮氣很深的北大帶來了新的氣息。他到校的第一天，校役們也列隊在門口向他行禮表示歡迎，他即脫下禮帽向他們鞠躬還禮。當時北大校長是由大總統任命的特任官，從不理睬校役。蔡元培的這個行動使歡迎的師生和校役們都感到驚訝和新鮮。此後，他每次出入校門，校警向他行禮，他都脫帽點頭。他還宣布，學生要稱工人為“工友”，不準再叫“聽差”。蔡元培和師生之間的關係也十分密切、融洽。從前有事和校長接洽，須寫呈文，校長批複之後，張貼在告示牌上。蔡元培厭惡這種衙門作風，他到校後立即出布告此後學生對校長應用公函，不得再用呈文。學生對學校有改進建議時，他就把提議送校刊登載，擇其可行者付諸實行。他和學生之間還常有文字交往，研討學術，為學生的著述和發行的刊物題辭寫序。
蔡元培是近代中國學習西方教育的資產階級先進代表。他曾多次到歐美各國留學、考察，著重研究西方資產階級國家的政治製度和文化教育製度。他受到西方資產階級的哲學思想影響，在政治製度上，他讚成議會製和內閣製，反對專製獨裁；在學校體製上，他反對校長權力過分集中，成為國內提倡教授治校最早的人。1912年由蔡元培主持起草頒行的《大學令》中，就規定了大學要建立評議會、教授會的組織，並對它的權限作了相應的規定。他長校後銳意改革，首先按照教授治校和歐美各國資產階級民主製的原則，革新學校領導體製。
1917年，蔡元培主持設立了評議會，作為學校的最高立法機構和權力機構。校長和各科學長為當然評議員，並按文、理、法、工各科的本科和預科分別推舉兩名教授代表為評議員。1919年後改為每五名教授選一人的辦法，一年改選一次。評議會製定和審核學校的各種章程、條令，凡大學立法均須經評議會通過；決定學科的廢立；審核教師的學銜和學生的成績；提出學校的預決算費用，擁有很大的權力。評議會主要由教授組成，實際上是一個教授會，是教授治校的重要體現。評議會民主討論的氣氛十分突出，李書華教授後來回憶這一時期評議會工作情景時說：“我曾被選作過評議員，目睹開會時對於各種議案的爭辯，有時極為激烈”。由於蔡元培革命民主主義立場的影響，新派人物在評議會中占有相當數量，因此這一時期北大評議會在政治上曾起過較好的進步作用。它曾多次發表反對北洋軍閥政府的宣言，支持過學生的愛國運動，並曾幾次宣布和北京政府教育部脫離關係。
1917年12月，蔡元培還根據評議會通過的教授會組織法，分別按學門主持成立了教授會。沈尹默、胡適、顧孟餘、馬寅初、俞同奎等都分別擔任過這一時期國文、英文、德文、經濟、化學等門教授會主任。教授會負責規劃本係的教學工作，如課程的設置，教科書的采擇，教授法的改進，學生選科的指導和學生成績的考核等。
蔡元培對校政改革的設想，是要按學校的行政、教務和事務方麵分別設立各種相關的委員會，由有關教授分別領導，統一管理，做到“學校的內部，組織完備，無論何人來任校長，都不能任意辦事”。開始他是采取加強各科學長的職責，由學長分別負責領導各科的行政和教務。五四運動後，除原有評議會司立法外，還建立行政會議及各行政委員會司行政；設教務處、各學係教授會、預科委員會和研究所等司教務；設總務處司事務。這就基本上確立和健全了教授治校的領導體製。蔡元培在工作中作風民主，凡事都讓大家盡量發表意見。對各方麵的人員一經任定，就信任他們，把全部工作交給他們負責，不多去幹涉。所以能人盡其才，使他們能夠施展自己的本領。這種教授治校的原則，在當時處在封建軍閥統治的曆史條件下，是具有進步意義的，對學校的建設也起了積極的作用。顧孟餘對這種領導方法曾稱讚道先生長北大數年，以政治環境關係，在校之時少，而離校之時多。離校之時，校務不但不陷停頓，且能依計劃以進行者，則以先生已樹立評議會及各種委員會等之製度，決定政策，以分工方法，處理各種興革事宜。然而非校長之清公雅量，則此製度不克成立；非師生絕對信賴校長，此製度不易推行也。蔡元培對這種分工協力的民主治校也很滿意。1920年10月他赴歐考察教育，與學生話別時說：我這次出去，若是於本校不免發生困難，我一定不去。但是現在校中組織很周密；職員辦事很能和衷，職員與學生間，也都是開誠布公。我沒有什麼不放心的事了。這就是他所期望的不因校長的去留，而影響校務的進行。
在健全學校領導體製的同時，蔡元培還對北大學科的設置進行了改革。他從大學是研究高深學問的宗旨出發，十分推重理論科學的獨特作用。因而他致力於把北大辦成文理科的綜合性大學，成為研究學理的中心。北大原先是文、理、法、商、工五科並立，沒有重點。蔡元培大力擴充文、理兩科，文科原來僅有國文、哲學、英國文學三學門，後又陸續增設了中國史學、法國文學、德國文學和俄國文學，理科則除原有的數學、物理、化學三門外，1917年增設了地質學門。廢止商、工兩科。法科原計劃與法專合並組成法科大學，後因法科方麵反對沒有實現。蔡元培還主張要融通文、理兩科的界限，使學生能兼習對方學科中的某些門；認為按文、理科分門辦法，易造成兩者之間的界限，也往往出現使習文者輕理、學理者輕文的傾向。1919年起采取了分係製，廢去文、理、法科之名稱，改門為係。全校共設十四個係。原來分屬於文、理、法三科的各學係，分別稱為第一、二、三院。院隻是各學係所在地區的名稱，不再是一級機構。經過改革，北大成了一所以文、理科為主的綜合性大學。
蔡元培委身教育事業後，就積極倡言平民教育，主張讓更多的人有受教育的機會。他反對那種把大學看作“隻有大學生同教員可以進去，旁人都是不能進去的”觀念和做法。他長校後對北大原來的招生製度進行了改革，堅持以考生學業成績的優劣作為錄取學生的標準，而不看資格和出身，這就使那些出身貧寒、學業優秀的有為青年有機會進入北大學習。同時，他還主張學校的學術活動和課堂的教學活動，都可以向社會公開，學校要招收一定數量的旁聽生、選科生，使更多的人能受到高等教育。由於這一製度的實行，京津以至遠近省份的知識青年來北大聽講學習的很多，他們環繞在沙灘、北河沿一帶居住，利用北大的課堂、圖書館進行攻讀，並且參加學校的社團活動。除了正式辦了手續的旁聽生外，還有一些是沒有辦手續的。他們當中有中小學教師、政府公務員、報社編者和失業失學青年，他們或是慕名而來聽某教授的課，或長期和本科生一起聽講。這些旁聽生中後來有不少人都成為革命者或在學術上有造詣的人才。此外，在蔡元培的積極倡議和讚助下，北大還在1918年4月開辦了校役夜班，全校230多名工友也都得到了業餘讀書的機會。一些學生也創辦了平民夜校，開展平民教育。
1920年春，蔡元培在北大開始招收女生入學，開創了我國國立大學教育中男女同校之先河。大學實行男女同校是對舊禮教的一次大衝擊，它勢必引起封建衛道者的恐懼和仇恨。教育部曾給北大公函指責，大總統徐世昌也為此對北大進行所謂“告誡”。這時控製北京政府的直奉兩係軍閥，對蔡元培極為不滿，男女同校問題也竟然成為他們對他進行迫害的一個口實。但是，男女同校一經北大首倡，逐漸釀成潮流，全國各地學校紛起仿效。這是任何反動勢力所阻擋不了的。從這裏可以看出，在二十年代初期，蔡元培在北大實行男女同校革新的重大意義。
經過蔡元培革故鼎新的整頓，北大進一步發展成為一所名實相副的近代大學。
二
廣延積學與熱心的教員，是蔡元培革新北大，造成良好學術風氣的一項重要措施。他認為，“大學者，‘囊括大典，網羅眾家’之學府也。”主張大學應是包容不同學派，廣收各種人才並發揮其所長。即在教員選擇上，采取兼容並包的方針。這個方針是和他所遵循的思想自由原則分不開的。他反對宗派習氣，門戶之見，主張“無論為何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達到自然淘汰之運命者，雖彼此相反，而悉聽其自由發展。”這就是他所說的：“此思想自由之通則，而大學之所以為大也。”他還認為，不同學派的並存，各種學術觀點的自由討論，使學生能夠較廣泛接觸教員中不同學派的觀點，不囿於一己之見，一家之說。“令學生有自由選擇的餘地。”這樣有助於培養學生獨立研究的能力，使他們有可能從不同學派的比較中引出新義，提出自己的創見。同時，采取這一方針，也反映了蔡元培珍惜人才、知人善任的民主作風。他深知在當時的中國，人才匱乏，難得品學兼備的人才。他針對林紓為代表的舊勢力對北大教員的攻擊，指出：“人才至為難得，若求全責備，則學校殆難成立”。金無足赤，人無完人，嚴以律己，寬以待人，這是蔡元培知人善任的高明之處。
蔡元培采兼容並包方針，不拘一格廣泛延攬人才。同時，他對教員的選擇，又堅持了很高的標準。他要求：“延聘教員，不但是求有學問的，還要求於學問上很有研究的興趣，並能引起學生的研究興趣的。不但世界的科學取最新的學說，就是我們本國固有的材料，也要用新方法來整理它。”他還組織了一個聘任委員會，協助校長聘任教員。委員以教授為限。凡新聘或延聘教授都要經過委員會的審查與投票決定。審核是很嚴格的。1918年校評議會通過的《教員延聘施行細則》，規定第一年為初聘，有效期為一學年，具試用性質；至第二年六月致送續聘書，這才長期有效。過期未送續聘書者，即作為解約。由於重視延聘選拔有真才實學的各方麵人才，使北大的教員隊伍發生了很大變化。文科方麵，集中了許多新文化運動的著名代表人物，如陳獨秀、李大釗、魯迅、胡適、錢玄同、劉半農、沈尹默等；同時也有舊學深沉的黃侃、劉師培、黃節、陳介石、陳漢章等人。此外，文科的馬敘倫、陳垣、馬裕藻、朱希祖、崔適，法科的馬寅初、陶孟和、周覽、陳啟修等人也都是國內聞名的專家學者。理科方麵，知名教授如李四光、夏元琛、顏任光、何傑、俞同奎、翁文灝、鍾觀光、李書華，外籍教授葛利普等。這一時期的北京大學，實可謂人才薈萃，學術空氣濃厚，盛極一時。
對於那些學術水平低下，不適合在大學任教的，不論中外教員，蔡元培都一律按聘約合同予以解聘。一個被辭退的英國教員，竟要英國公使找蔡元培談判，要求續聘。蔡元培拒絕了。另一個被辭退的法國教員竟向法庭控告，因有聘約為據，對方的無理要求沒能得逞。蔡元培為了祖國的教育事業，敢於頂住帝國主義分子的壓力，表現了他革新的決心和勇氣，顯示了中國人民的氣概。
蔡元培實行思想自由、兼容並包、允許和鼓勵不同學派發展的方針的基本傾向，是為了打破當時嚴重存在的封建文化專製主義的桎梏，為資產階級新文化的發展爭得地盤。所以他在北大大力反對“數千年學術專製之積習”，“一道同風之舊見”，大量引進和扶植新派人物，積極支持新文化新思潮。他在北大是從整頓文科入手的。因為文科教員中，頑固守舊人物不少，原來崇尚宋儒理學的桐城派占據優勢，亟需延聘具有革新思想的人物來主持和充實文科。對於文科學長一職，沈尹默、湯爾和等人向他推薦《新青年》主編陳獨秀，他翻閱了《新青年》雜誌，十分讚同對陳獨秀“確可為青年的指導者”的評價；而他自己對陳獨秀（當時叫陳由己）早年發行白話報，鼓吹民主思想，也懷有“一種不忘的印象”。因而在他到校後的第十天，即1917年1月13日，就聘請陳獨秀主持文科。這時陳獨秀才36歲，他和蔡元培一道，推動了北大文科的改革。《新青年》雜誌原是由陳獨秀一個人負責編輯的，編輯部隨他遷京後於1918年1月改組擴大。經由蔡元培先後引進或延續聘請來到北大的新派教員，如李大釗、魯迅、胡適、錢玄同、劉半農、沈尹默、高一涵等，都參加了編輯工作。這樣，就迅速地在校內形成了一個以《新青年》編者為核心的革新營壘。他們以《新青年》為陣地，積極鼓吹新思潮。如李大釗就是在十月革命後成為北大、也是全國第一個接受和傳播馬克思主義的共產主義知識分子。他是1918年1月由蔡元培聘請為北大圖書部主任，1920年又兼任史學、經濟等係教授。北大圖書館於1918年10月遷入沙灘紅樓一層新址，李大釗在這裏開辟了二十一個書庫和六個大閱覽室，並從國內外購進大量傳播新文化新思想的書籍和一批有關社會主義的文獻，使它成為宣傳新文化和傳播馬克思主義的重要陣地。許多進步學生經常在這裏聚會，向李大釗請教問題。1918年8月，毛澤東同誌第一次到北京後，就曾在北大圖書館任助理員半年，並在這裏開始接觸馬克思主義。李大釗還先後在史學、政治等係開設了《唯物史觀》、《史學思想史》等課程，以及《工人的國際運動與社會主義的將來》、《馬克思的曆史哲學》、《社會主義下的經濟組織》等講座；有的講演如《馬克思的經濟學說》等，曾由學生記錄並在《北大日刊》上登載。這是我國大學第一次開設馬克思主義理論課，它影響並推動了一批先進知識分子走上信仰馬克思主義的道路。從這裏也可以看出蔡元培引進和扶植新派人物的深遠意義。