天朝政權倒台，國內其他地方的起義烈火仍在燃燒，山東、河南、湖北的撚軍還保持著一定的實力。相較而言，山東撚軍的勢力為強。參讚大臣僧格林沁統領的清軍，屢為撚軍所敗，戡亂的重點又移到山東戰場上來了。
同治四年（1865）正月，長淮大地不停的刮風下雨，滿目蕭然。馮誌沂想閉門謝客，靜靜地休息幾天，但是躲不開堆案的官書，索性晝夜不停的披覽。看到案上朋友送的紹興老酒，這才想起多時沒飲酒了，實在忙得顧不上享此口福。他寫下一首七律《書感》，道盡了忍辱負重，不得消閑的書劍生涯：
四海遺黎久厭兵，
群才猶自慕長纓。
杜陵自欲依嚴武，
黃祖何嚐藉禰衡。
袞袞旌麾皆燕頷，
勞勞書劍漫雞鳴。
毛錐棄卻原閑事，
與王前孰重輕？
三月，都中舊友劉子重從長沙辦運圖書歸京，取道廬州看望馮誌沂。他迎入官署，熱情地置酒饌招待。隻因身體健康欠佳，角飲已不勝酒力，贈詩表達了自己的歉意：
偶逢北客似鄉人，況是苔岑臭味親。
角飲先逃慚病劣，贈行無物奈官貧。
世情剩覺青山好，岐路相看白發新。
此去交遊如問訊，緇衣非複帝京塵。
——《送子重入都》
送別友人時，身無長物，隻把重刻的《微尚齋詩集》、《兩吳甥別傳》、《張太恭人墓表行略》共十冊，托請帶回京師，分贈諸友。
這個時期，山東境內的撚軍有“蔓延”的趨勢，曾國藩自攻下金陵後，在皖南祁門大營休息療養一段時間，即去了金陵的總督府。其間，給朝廷上奏了幾例保薦官員的提案和皖南的肅清之案，都被吏部駁回，而且措辭嚴厲，他敏銳地感到朝廷對自己開始冷淡和疏遠了，心境相當不快。
五月五日，上諭飛快傳至，促令曾國藩督師赴山東與僧格林沁所部南北合擊撚軍。正準備提軍北上時，檄報僧帥戰歿於陣，當下使他倒吸了一口冷氣。
五月上旬，豫皖邊界重新集結起來的撚軍，瞅準皖北防守兵力單薄的弱點，迅速竄入，安徽布政使英翰駐紮於雉河集的兵營被包圍，清將易開俊在蒙城兩麵受敵，糧道阻斷。雉河集即今渦陽縣所在地，地當雉河入渦河之口。
又據前哨探報，撚軍另有一股渡過渦河，兵逼壽州。黑雲壓城，軍情緊急，巡撫喬鬆年督師移駐壽州南關外，命令馮誌沂和知州施照負責守城。
施照有應急能力，傳令鄉勇抓緊時間往城內調運糧食，堆積矢石，打造器械。備戰就緒後，施照請求馮道台上城指揮，馮誌沂坦然說：軍事我不甚懂，以前看過兵書，終覺紙上得來，實用價值不大，咱們守城，不必以我為上官就唯命是從，布防處置之事依你為主，我登城隻看看八公山色就可以了。說罷，上了城，叫衛兵搬來燒酒一壇，磨墨一盂，置紙筆、書籍於臨時搭設的案板上，正襟危坐在城樓內。左右擔心地問：大人，登城守禦，刀槍格鬥，準備文具管啥用？他說：我不熟悉軍旅事，整天待在城樓上幹什麼？不如讀書寫字為好。屬下又問：賊兵來了怎麼辦？他斬釘截鐵的回答：賊兵撲至，即便不讀書，不寫字，不飲酒又能怎樣，既為守土吏，誓與城共存亡！我絕不做晏端書式的官，其人守揚州，賊至城下，嚇得像離弦箭似的逃跑了。接著他給左右講述了晏端書臨陣脫逃的故事。
晏端書回籍辦團練，據守揚州，看到賊兵淹至，殺聲震天，驚慌的和衛兵說：我尿憋得不行了，哪有廁所？衛兵指了指城旮旯。晏說：我不習慣在那裏解溲，且說且急步下了城樓，竟不知躲到什麼地方。
壽州城位於淮河與肥水交彙處，既而，電閃雷鳴，滂沱大雨數晝夜不停，致使河水暴漲。壽州城很快成了水中孤島，城牆依地形高低土築而成，略高處不足三板，洪水滔滔湧來，渡舟可達堞牆。
馮誌沂與施照日夜為堅守計，往往巡察完畢，兩人都成了落湯雞，回到城樓內，他脫掉濕淋淋的外衣，便取酒酣飲，或揮筆疾書數紙，和施照調侃曰：這叫書劍兩無閑。
洪水泛濫，也給撚軍造成極大的困難，既無舟船可用，更缺糧糗供食，不能持久，隻得撤退。
馮誌沂在城樓上，望見撚軍撤走，掩飾不住內心的激動，大笑道：真乃一水賢於十萬師，天助我也！連日飽看八公山色，殊不惡也。