滎陽大會按李自成提出的戰略方針確定了作戰計劃，組成五路大軍，分頭出擊。其中由高迎祥、李自成、張獻忠率領的一路軍隊，以明朝的中都鳳陽為主攻方向，突破明軍的東部防線，攻下鳳陽，焚毀明朝皇帝的祖墳，給明朝統治者以沉重的打擊。崇禎皇帝聽說祖墳被毀，急得在北京穿著孝服哭祭，並殺掉鳳陽巡撫楊一鵬出氣。農民軍這次有組織的分兵作戰，變消極防禦為主動進攻，打破了明朝軍隊的“圍剿”。
崇禎九年（1636），高迎祥在戰鬥中被俘，於北京壯烈犧牲。李自成被部眾共推為闖王，成為起義軍的領袖。
崇禎十年（1637），新任兵部尚書楊嗣昌（楊鶴之子）提出了一係列對付起義軍的新措施：第一，確定四正六隅十麵網的圍剿計劃。第二，增兵十二萬。第三，增餉二百八十萬。第四，起用熊文燦擔任總理一職。崇禎帝批準了楊嗣昌的建議。這使起義軍麵臨的壓力空前增強，義軍有的被打敗，有的發生動搖，向敵軍投降。李自成等部在洪承疇的鎮壓下，李自成起義隊伍進軍路線圖被迫流動於陝西、四川，甚至曾由臨洮、鞏昌西出長城，入西羌界，隊伍漸小。崇禎十一年（1638）十月，李自成在潼關之南原遭到洪承疇和陝西巡撫孫傳庭的優勢兵力的合擊，妻女俱失，惟與劉宗敏等十八騎逃出，他們翻山越嶺，克服了重重困難，到了陝西東南的商洛山區，隱蔽起來。明軍占領了潼關，派出大批偵騎，搜捕李自成，搜了幾個月，毫無信息。後來聽有人傳說，李自成在戰鬥中受了重傷，已經死去，明軍才放鬆了搜捕。在河南、湖廣等地活動的張獻忠部起義軍，為了保存力量，待機而動，於崇禎十一年春向明總理熊文燦偽降。張獻忠不改變農民軍的編製，不服從明朝的軍事調遣，把部卒駐紮在湖北穀城，練兵集糧，以圖東山再起。此外，起義將領羅汝才也在崇禎十一年十一月向明朝偽降。熊文燦接受其降，並“奏授”遊擊。但羅汝才不肯受官，與所部駐於鄖縣，暗中與屯駐穀城的張獻忠互通聲氣，待時機而動。轟轟烈烈的農民起義一時聲息全無，似乎完全被鎮壓下去了，但事實絕非如此。麵對惡劣的鬥爭形勢，李自成並不灰心喪氣，他以劉邦百戰百敗而得天下的事例來鼓舞部下的士氣。在商洛山中，他一邊總結起義以來成敗的經驗教訓，一邊聚集散失的舊部，整頓人馬，準備迎接新的戰鬥。