天啟年間，鑒於遼東戰事吃緊，明廷任命熊廷弼為遼東經略。熊廷弼不畏艱險，撫恤遼民，調兵遣將，興修城堡，整頓軍紀，使“守備大固”，遼東轉危為安，但因遭權要排擠，罷任聽勘，由袁應泰繼任。袁雖精敏強毅，善於治政，但不諳兵法，完全是個外行，到任沒多久，便失掉遼陽、沈陽等七十餘城，明廷大震。熹宗無奈，起用熊廷弼為經略，但又擢王化貞為遼東巡撫。熊廷弼力挽狂瀾，調兵募兵，召集殘兵，加以訓練，趕運糧草槍炮軍械，到當年（1621，天啟元年，後金天命六年）十二月，已集聚大兵十四萬，形勢迅速好轉。可是明帝卻輕信驕傲、怯戰、不會用兵的王化貞，冷落熊廷弼。王主速戰輕進，熊主固守持久戰，雙方爭論激烈。明帝以大兵十三萬委王化貞，熊隻領兵一萬，成了一個虛有其名的經略。努爾哈赤知“經撫不合”，於天啟二年大舉進攻廣寧，王化貞狼狽逃竄，熊廷弼隨之入關，後金軍大勝，攻克廣寧、錦州等四十餘城。廣寧失守後，遼東的形勢更加緊張。當時正值天啟初年東林黨人得勢時期，內閣首輔是葉向高，而王化貞則是他的得意門生。東林黨人出於朋黨考慮，對之事事加以袒護。而熊廷弼則因早年隸屬於東林黨的政敵之一——楚黨，並在禦史任內曾經排斥過東林黨人，故而深受東林黨人的嫉恨，故二人之間的矛盾很大，王化貞處處與熊廷弼作對。遼東戰敗後，明廷把熊、王二人逮捕並追究責任。東林黨人偏袒王化貞，不顧熊、王二人責任的輕重，力主一並處死。特別是鄒元標、魏大中等人，對於熊廷弼更是恨之入骨，必欲置之死地而後快。熊廷弼無奈之餘，隻得乞救於與東林黨對立的閹黨。他托了內閣中書汪文言，答應給魏忠賢四萬兩銀子，其後卻籌不出，又得罪了閹黨。努爾哈赤而東林黨人看到熊廷弼為閹黨所嫉恨，馬上又改變初衷，上疏申救其冤。這又讓閹黨以為熊廷弼與東林黨人早有瓜葛，於是更加緊了對他的迫害。閹黨誣陷熊廷弼賄賂東林黨人，犯了失守封疆的大罪。天啟五年（1625），熊廷弼終於被殺，頭顱被傳送到九邊示眾。對此，後人吟詠道：“長城自壞不知惜，九邊傳首血凝碧。”其實，類似於此因黨爭而受禍的邊防將領，又何止熊廷弼一人！
明兵部尚書兼東閣大學士孫承宗是功高權重的資深朝臣，他素來與首輔葉向高等人關係密切。他見遼事危急，自請督師，以原官督山海關、薊、遼、天津等處軍務，築城堡，汰冗兵，練士卒，繕甲仗，買馬匹，軍備大整，成效顯著。魏忠賢因孫承宗功高望重，欲拉為己黨。承宗嫉惡如仇，拒不應命，並欲麵奏熹宗，劾除忠賢。魏忠賢因此恨之入骨。魏忠賢對其擁兵關外深懷憂忌，遂想方設法陷害他，不久，孫承宗也就成了黨爭的犧牲品。天啟五年（1625）十月，閹黨借柳河明軍小敗，極力參劾孫承宗，孫承宗被迫去職歸裏。
抗金名將袁崇煥威振遼東，令金兵聞風喪膽，為大明王朝立下赫赫戰功，本應重賞，不料卻遭到魏忠賢排斥，指使其黨徒進行彈劾，袁崇煥隻好上疏乞休，於天啟七年罷歸。後來，明廷雖然被迫起用袁崇煥，但由於魏忠賢餘黨進讒言陷害，加上崇禎帝中了皇太極的反間計，致使袁崇煥於崇禎三年（1630）被殺。袁崇煥袁崇煥之死，可以說也與明廷內部的樹朋結黨有關。“自崇煥死，邊事益無人，明亡征絕矣”。
在內有農民大起義、外有金兵入侵的嚴峻形勢下，崇禎帝和大臣們不思整頓朝政，解決危機，反倒斤斤計較黨派利害得失，陷入無休無止的內部鬥爭中。特別是從抗金的軍事形勢來看，自遼、沈、廣寧失守到熊廷弼、袁崇煥諸人被殺，可以說完全是當時政治腐敗的結果，著名的將領熊廷弼等人成了東林黨人和閹黨相互攻擊的犧牲品。風雨飄搖中的大明王朝，自毀長城，其遭受滅亡的厄運將不久矣。從這個意義上說，朋黨混爭加速了明王朝的滅亡。