錦衣衛內部的一個重要機構稱鎮撫司，掌管緝捕、審訊和一般行政事務。後又分南、北鎮撫司，以南鎮撫司管理本衛的行政事務，而緝捕、審訊專歸北鎮撫司。錦衣衛的長官為衛指揮使，由皇帝委派親信的勳戚或都督一級的將官充任。皇帝直接控製和指揮這個特務機構，它和朝廷的府、部、院都沒有任何隸屬關係。因為它是奉皇帝的詔令而抓人辦案的，所以當時人們稱由其所辦的這種案件為“詔獄”。錦衣衛設立後，朱元璋就把一切重大案件都交給它處理。
朱元璋在處罰官員時使用了一種叫“廷杖”的刑罰。廷杖本無法律規定，隻要官員違忤旨意，惹得朱元璋不高興，一聲令下，便拖將下去，鞭打杖責一番。不少官員被活活打死在鞭杖之下，連朱元璋的親侄兒，曾在南昌保衛戰中為他堅守孤城，苦戰85天的朱文正，也以“親近儒生，胸懷怨望”的罪名被活活鞭死。
廷杖行刑的地點是在午門前的禦路東側。行刑時，眾官員陪到午門外西墀下，左邊是太監，右邊是錦衣衛官校，下列旗校數十人，都是臂戴袖套，手執木棍。監杖的司禮太監宣讀完命令後，旗校就用麻布兜將犯人的肩脊以下部分束起來，用繩子綁住兩腳，四麵牽曳，犯人俯臥，讓大腿受杖。這時，左右厲聲高喝：“擱棍”，就有一人執棍擱於犯人的大腿，喝聲“打”，就開始用刑。每打五棍，就換一個人上去打。如果要置犯人於死地，監杖人就喝令“著實打”，或“用心打”，於是，受杖人便無生還。也有說，錦衣旗校行刑時，隻要看監杖的司禮太監的兩隻靴尖，便知犯人可活，或者當死。如果兩隻靴尖向外成八字形，那麼他們不會將人打死；如果靴尖向內一收，犯人就別想活命了。刑場上，旗校的喊喝如虎狼咆哮，而犯人的呼號撕心裂肺，聞者股栗。正德（1506-1521）以前，凡受杖刑的不必剝去衣褲。正德初年宦官劉瑾專權時，把犯人的衣褲剝去受刑，此後，被杖死的就更多。正德十四年（1519），群臣勸諫武宗皇帝不要到江南遊玩，惹得武宗大發雷霆，把勸阻的大臣146人統統拉下去打大板，當場打死了11人。嘉靖三年（1524），世宗皇帝也因議論追尊他父親的帝號問題，對敢於忤逆旨意的群臣大動肝火，廷杖了134人，當場打死了16人。這兩起是明史上最大的廷杖案件。
洪武二十年（1387），胡惟庸案已基本完結，朱元璋也發現錦衣衛官校恃仗特權，非法淩虐，就決定罷撤錦衣衛，下令焚毀刑具，把錦衣衛監獄中的所有犯人統交刑部審處，並頒詔朝內外，今後一切案件全歸三法司處理。但是，時隔不久，明成祖朱棣奪得帝位後，為了鎮壓建文帝的臣下，又恢複錦衣衛。錦衣衛木印以後的皇帝代代相襲，這個軍事特務機構就一直維持到明王朝滅亡。
明成祖朱棣在位期間，錦衣衛內部發生很大的變化。其變化主要反映在鎮撫司權力的膨脹上。鎮撫司本是錦衣衛下屬機構，朱棣即位後，增設北鎮撫司，“專理詔獄”，至成化十四年（1478），在紀綱事件之後，朱棣特別規定：“增鑄北司印信，一切刑獄毋關白本衛。”也就是說，北鎮撫司有權獨立處置刑獄之事，不必通過錦衣衛長官的定奪。北司作為錦衣衛使屬下的小官，自然不敢專斷案件，因此朱棣又特許北司可直接請示皇帝，而且錦衣衛使不得幹預，這樣就必然造成了“鎮撫職卑而權益重”的現象。朱棣的手段是相當高明的，從此，擁有特權的鎮撫司便成為錦衣衛使的製約者與監督人，而錦衣衛使須時時處處提防鎮撫司，自然不敢任意專斷妄為了。因此，“詔獄”即也就是鎮撫司獄了。朱元璋在晚年鑒於錦衣衛的“非法淩虐”，曾盡焚錦衣衛刑具。至朱棣登基後，不僅恢複錦衣衛的特權，誅除異己，而且鎮撫司監獄也成為殘酷摧殘臣民的人間地獄。