五位親王被廢，刺到了燕王的痛處，兔死狐悲，他覺得馬上就要輪到自己了。果然不出燕王所料，朝廷很快就派人員前來視察。燕王佯裝精神失常，披發走呼街頭，言語顛倒，奪人酒食，有時甚至奄臥溝畔，鼻涕滿臉。來人入府探視，燕王則盛夏置爐，身披皮衣，抱臂抖顫，連喊太冷。
燕王府中卻是熱火朝天，燕王最得力的謀士道衍率衛士日夜在王府後苑操練，並在府中深挖地穴，建造重屋，圍以高牆厚壁，派工匠夜以繼日地趕造軍器。為防軍機泄露，還特意蓄養大群鵝鴨，以叫噪之聲掩蓋兵工生產的響聲。
建文帝似乎對燕王的病起了惻隱之心，對燕王始終下不了決心，這使他在策略上對燕藩讓了一大步，從以後的曆史來看，這一讓步使建文帝在與燕王的鬥爭始終沒有爭取到主動。他有他的理由：“我即位不久，已接連削奪藩王，如今若再削燕王，該如何向天下臣民解釋呢？而且燕王足智多謀，長於用兵。如今雖稱有病，恐怕仍難以對付。”
皇帝的婦人之仁導致建文帝隻對燕王采取了一些軟性對付措施。他派謝貴、張信掌北平都指揮使司事，秘密偵察燕王動靜。接著，都督宋忠調邊軍屯駐北平，永清左衛調駐彰德，永清右衛調駐德州，形成對北平的包圍。在臨清和山海關兩地，朝廷軍隊還進行了軍事演習。
他還答應放回了朱棣留在南京的三位公子。明太祖周年祭，燕王曾派三個兒子朱高熾、朱高煦、朱高燧到南京參加典禮，後未返回北平。考慮到兒子的安危，燕王不敢輕舉妄動。他寫信給建文帝，以自己生病為由，請求放還兒子。建文帝的智囊之一黃子澄認為放還燕王三子，可以消除燕王的疑心，而後出其不意一舉擒之。燕王沒想到兒子能如此順利地返回北平，喜出望外，激動之餘，大呼“天助我也”。他最後的顧慮也消失了。
燕王府磨刀霍霍的傳言終於得到了證實。兵部尚書齊泰乘燕府護衛百戶鄧庸赴京辦事之機，將其逮捕審訊，嚴刑之下，鄧庸供出了燕府舉兵的內幕。
建文帝這下坐不住了，叔侄親情頓時被拋到九霄雲外。他連夜密令北平都指揮使張信等逮捕朱棣。關鍵時刻，張信卻背叛了朝廷。
張信與燕王私交極深，他親去王府求見，沒想到去了三次也沒能進去，急中生智，便改裝易服乘婦人車混了進去。燕王見了張信，開始還裝病，對張信胡說八道。張信不客氣地說：“殿下不必如此，有事盡可告臣。聖旨已下，命使拿你，還是早作準備吧。”燕王這才一躍而起，連連向張信作揖：“恩張恩張，生我護我，全在足下。”兩個人這才推心置腹密談起來，決定殺掉來使，興兵起事。
在不知張信叛變的情況下，奉命逮捕朱棣的謝貴等人被騙入燕王府，身首兩處。南京布在北平的心腹之患被清除了。經過一夜激戰，朱棣完全控製了北平的局勢。
在形勢嚴峻的情況下，朱棣采取先發製人的手段，於建文元年（1399）的七月，起兵反抗朝廷。