洪武十三年（1380），塗節自首上告胡惟庸謀反。明太祖隨即下令逮捕胡惟庸、陳寧和塗節等人，並以“擅權枉法”罪處死。胡惟庸被殺後，此案並未了結，他的罪名還在不斷升級。開始隻是說胡惟庸“擅權植黨”，後來，又加上了“通倭”、“通虜”和“謀反”等罪名，並不斷牽連、擴大。有人告發胡惟庸私通倭寇，陰謀裏應外合，反叛朝廷。該案的同謀犯越查越多，牽涉的麵也愈來愈廣，株連蔓引，持續了數年也未能了結。洪武二十三年（1390），朱元璋再興大獄，作《昭示奸黨錄》布告天下，乘機又殺了幾十家的權臣勳貴。此次，李善長、陸仲亨、唐勝宗、費聚、趙庸、鄭遇春、黃彬、陸聚、金朝興、葉升、毛麒、李伯升和丁玉等人，都因與胡惟庸勾結而被處死。其中位居“勳臣第一”的太師韓國公李善長，在洪武十三年胡惟庸案爆發時因是元勳皇親，原來已免於追究。但十年以後，有人以李善長的侄子係胡惟庸的侄女婿，兩家往來密切，而告發李善長與胡惟庸共同謀反，朱元璋順水推舟，假托星變，須殺大臣應災為由，將李善長一家七十餘口一律處斬。此時，李善長已是77歲的老人了！
李善長被殺後，明太祖親筆條列李善長罪行，並附加案犯供詞，作《昭示奸黨錄》布告天下。
胡黨之案和太祖殺戮功臣，在朝野引起了強烈反響，不少人認為李善長一案純屬冤案。李善長死後的第二年，工部郎中王國用就曾上書為之辯冤，認為李善長“謀反”的罪名難以成立。上書文章寫得相當精彩，有理有據，出自才子解縉之手。解縉他指出，李善長與朱元璋同心協力，出生入死開國平天下，功居勳臣第一，生得封公，死得封王。他的兒子李祺被朱元璋招為駙馬，眾多的親戚也紛紛拜官封爵。作為一位人臣，他已安享了萬全富貴，其榮譽已臻於極致，絕不會冒險謀反以圖僥幸。再者說來，倘若有人說他要圖謀不軌，自立為帝，這一罪名或許還能成立；但現在竟說他要襄助胡惟庸謀反，則大謬不然。李善長與胡惟庸隻是侄兒、侄女輩的親家，而與朱元璋卻是嫡親的兒女親家。不僅兩家的親疏不可同日而語，而且，即使李善長幫助胡惟庸謀反成功，他至多也不過仍是個“勳臣第一”罷了，其地位絕對不會比他在朱元璋手下來得更高。王國用的話句句在理，連朱元璋也被駁得啞口無言。其實，朱元璋並不是不清楚這一點。他隻是利用胡惟庸案大作文章，給自己殺戮功臣製造借口。他以鎮壓奸黨為名，趁機對那些心懷怨恨、驕橫跋扈的文武官員加以整肅，凡是被羅織為胡黨罪犯的，大多被抄家滅族。整個胡案曆時約10年，共殺了3萬多人，被稱為“胡獄”。平心而論，胡惟庸的被殺，完全是咎由自取，但受胡惟庸牽連被殺的大批功臣則完全是無辜的。“胡獄”實際上成為朱元璋整肅功臣的借口，凡是他認為心懷怨恨的、行為跋扈的大臣，都被加上“胡黨”的罪名，處死抄家。