國民黨武力接收失敗後，南京政府仍繼續進行政治威脅，要北大學生不要為共產黨所利用，並恫嚇說：“倘或執迷不悟，即當依法製裁”。北平大學當局也以要由北平政治分會直接接收相威脅。國民黨當局對北大實行政治壓迫的同時，還采取了經濟扼殺的手段。南京教育部竟對北大停撥經費，停供煤火，不發薪資，使北大教職工陷於半饑餓狀態。特別是校內一百五十多位工友，內饑外寒，更是困難。他們曾成立“北大校役索薪團”，向反動當局開展了索薪鬥爭。北大師生頂著各種壓力，堅持複校鬥爭。
在爭取複校期間，學校的教學活動完全停頓了，學生組織的複校委員會成為唯一主持校務的機關。他們在進行護校鬥爭的同時，還積極聯絡教職員籌備開學事宜，和教職員一起組織學業維持會，定期約請學者作學術講演。在他們的努力下，學生於10月20日自動開學，並著手恢複被劉哲摧殘的各係學會。最先恢複的有史學會，隨後地質學會、化學會、教育學會等也相繼恢複。在學生自動開學期間，這些學會起了團結同學、共同研究和管理本學係事務的作用。
這次北大學生的夏校運動，延續了九個多月時間。它是在反對奉係軍閥和國民黨新軍閥高壓政策的鬥爭中發展起來的。北京大學自五四以來，由於它在爭取民主鬥爭中所起的作用，在國內有著較大的影響。因而，廣大師生為恢複北大名稱而進行的鬥爭，實質上是維護五四以來北大的民主傳統，反對反動勢力的一次鬥爭。
蔡元培對恢複北大名稱是支持的，但對北大學生的複校鬥爭，開始是不夠理解的。1犯8年12月8日，蔡元培曾和蔣夢麟以私人名義致電北大同學，勸阻學生停止複校活動，接受大學區製。這時由於他政治立場的變化，在電文中竟稱學生舉動“有違常軌”，“起無謂之風波”。甚至把這次事件看作是受共產黨的操縱，告誡學生“勿令空穴來風”等等。學生們並沒有聽從他們的勸告，仍繼續堅持複校鬥爭。後來，北大學生派出代表南下交渉，並向蔡元培等人說明複校運動的真相。這時蔡元培對北大同學要求保持學校曆史特點的願望，表示理解和讚同，並同意從中斡旋。1929年初，經蔡元培等人出麵調停，南京教育部作了一定讓步，同意學校名稱為國立北平大學北大學院，包括第一院（文學院）、第二院（理學院）、第三院（社會科學院）。對國外仍譯用國立北京大學。並達成協議在北大三院門口，分別在左邊懸掛原北大第一、二、三院的牌子，右邊懸掛“文學院”、“理學院”、“社會科學院”的牌子。以陳大齊為院長。至此，北大在被迫停課九個多月之後，於1929年3月11日重新開學。
但北大學生對這個妥協的解決辦法仍表示不滿，且北平大學區成立以來，其他學校如原師大、法大、工大的學生都不斷起來反對，平津教育陷入了混亂狀態。北大學生仍繼續爭取北京大學完全獨立。1929年6月17日，南京政府被迫決定停止施行大學區製。7月5日，教育部正式命令北平、浙江兩個大學區製限於本年暑期內停止，中央大學區限於本年年底停止。而北大學生則已於6月22日自行宣布恢複北京大學校名，並通電全國宣布獨立。8月6日，國民黨政府始正式決定將北大學院改為國立北京大學。曆時半年多的北大學院從此結束。
北京大學恢複後，學校評議會和全校師生誠懇表示歡迎蔡元培回校主持校務。他們一麵向南京政府提出任命蔡元培為北大校長的要求，一麵派出教職員代表王烈、劉複和學生代表餘錫嘏、陳澤恩等四人南下，與京滬同學代表共同到滬敦勸和迎接蔡元培回校。8月29日，南京政府同意蔡元培辭去監察院院長的職務，9月13日，發表任命蔡元培為北京大學校長。這時蔡元培也同意了北大師生的要求，唯提出須九個月後方能到校視事，在此期間由陳大齊暫行代理。他在分別致北大教職員和學生的信中表示：
深感諸先生維護北大愛重鄙人之盛意，元培之愛護北大，決不敢後於諸先生，既承敦促，敢不勉強。唯考察校中狀況及環境關係，若非有半年以上之準備而率然回校任事，則非無益於北大，而適以害之。元培謹與諸先生約，九個月以後若非有特殊阻力，元培決當回校，隨諸先生之後，努力於北大之發展，不敢自棄。
後來由於種種原因，蔡元培一直沒能踐約成行。1930年後，南京政府規定今後大學校長不再遙領的辦法，於是蔡元培又於這一年九月辭去了北大校長名義。這時，劉複又奉命南下敦勸，最後提出請蔡元培出任北大名譽校長或研究院院長，以便保持同北大的關係。蔡元培表示名譽校長職銜已明令取消不便恢複，但可就北大研究院院長職務。後來這個計劃也沒有實現。從此結束了他同北京大學的直接關係。
§§第十一章 結束語