由於蔡元培和北大的曆史關係，他對恢複北京大學的名稱是持積極態度的。1928年6月初，蔡元培以大學院名義向國民黨政府提議恢複北京大學名稱，呈稱：“北京大學在教育經過中有悠久之曆史，上年北京教育部並入師範、農、工、醫、法、政、藝術等科及女子師範大學、女子大學，名曰京師大學。現在國府定都南京，北方京師之名，絕對不能沿用。擬請明令改京師大學為北京大學，並懇任命校長，以重責成。其內部組織，統由新校長擬具辦法，呈由職院核定，借謀整頓，而促進行”。據當時報紙報道，當國民黨政府常委會開會討論時，曾同意蔡元培關於恢複北大名稱的提議，並議定由蔡兼任校長。但由於國民黨內部派係傾軋，李石曾一派為圖北方教育大權，極力排擠蔡元培一派（北大）；蔣介石集團由於畏懼北大的民主傳統，對蔡存有疑忌，左袒李一派，因而及至國民黨政府委員會正式討論時，通過了李一派提出的將京師大學校易名為中華大學的提案，仍由蔡元培兼任校長。蔡元培對此是不満的，表示不願就中華大學校長職。在蔡的固辭下，6月19日，改由李石曾、李書華為中華大學正副校長。六月中旬，蔡元培以大學院院長名義，派高魯、李書華、肖子昇等人接收北平各國立學校。消息傳來，北大學生大嘩，認為這種改組無異於京師大學校，表示堅決反對。8月16日，南京政府迫於輿論的壓力，又將中華大學改稱為北平大學，通過了《北平大學區組織大綱》，實行北平大學區製。大學院在討論這個問題時，由於大學區製在浙江等地實行已出現許多問題，因而蔡元培不同意再行設立北平大學區，後因李石曾的堅持，遂被通過。李石曾並正式被任命為北平大學校長，從而奪得了北方教育大權。按照組織大綱規定，將原北京國立九校和天津國立北洋大學合並成立國立北平大學，下分設各科學院；裁撒河北省教育庁，而以河北省教育行政劃歸北平大學管理；設立大學委員會北平分會為北平大學最高評議機關。按照組織大綱的規定，北京大學文科與河北大學的文科合井，稱作北平大學文學院，北大理科単獨改為北平大學理學院，北大法科與法政大學合並稱北平大學法學院。原北大第三院校址用作辦文、理兩個預科。由張鳳舉、經利彬、謝瀛洲分別擔任文、理、法三院院長。這種體製和原來的京師大學校相似，仍然無視北大師生的複校要求。這個改組措施遭到北大師生的強烈反對。
大學區製實行以來，由於國民黨內部派係爭鬥，黨閥擅權，因而流弊叢生，引起各方的不滿。例如，江蘇省的中央大學區製實行未及一年，大學區內的中等學校聯合會即以“經費分配之不公”、“行政效率之減低”、“釀成學閥把持之勢力”等弊病，多次要求南京政府改弦更張，變更大學區製的辦法。而北平大學區製實行後，同樣受到北大、北師大、女師大、法大等校學生的反對，其中尤以北大最為激烈。
大學區製實行的結果，和蔡元培的預想完全相反。這並不全是大學區製本身的利弊問題，而根本的原因，是國民黨反動統治的腐朽性造成的。由於大學區製受到各方麵的反對，蔡元培於1928年8月請辭去大學院院長等本兼各職，攜眷離開南京，到上海定居。10月，南京政府準其辭職，任蔣夢麟為院長。不久將大學院改為教育部，但大學區製仍繼續實行。
這時，北大師生的複校運動又有了新的發展，許多學生宿舎都貼著“恢複北大”的大標語，學生們按照民主選舉的辦法，組織了恢複北大委員會，領導複校工作。他們在11月初發表的宣言中表示：“現我校同學，皆義憤填膺，準備為擁護北京大學作一切之犧牲，絕對否認北平大學關於北京大學之一切命令，倘有人不顧一切，悍然前來，則枝節橫生，負責有人”。學生中還先後建立了“複校團”、“救校敢死隊”、“武力護校團”等護校組織。他們多次阻止了國民黨政府派員接收學校的企圖。11月29日，北京大學學生曾為此舉行了一次遊行示威。當他們來到懷仁堂西門的北平大學校長辦事處，要求負責人出見被拒絕後，群情激憤，學生搗毀了辦事處，砸碎了“北平大學辦事處”和“北平大學委員會”兩個牌子。接著學生隊伍又到李石曾等人的住宅示威。
北平國民黨當局在蔣介石的授意下，公然要以武力壓迫北大師生就範。這時北大學生抵製大學區製的運動，已經發展成為反對國民黨反動當局迫害的鬥爭。
12月1日清晨，反動政府出動數百名武裝警察護送接收人員，乘汽車分赴北河沿、沙灘和景山東街北大各院，準備武裝接收。這時在睡夢中的學生被驚醒後，立即行動起來，準備分區抵杭。前來準備接收的李石曾竟然威嚇學生：“（一）本大學奉國府令組織，如違抗即反國反黨；（二）保存北京大學舊名有封建腐化之嫌；（三）護校重在精神，不在一字之差；（四）接收後立即開課，各生以前軌外運動概不追問。”但學生們不怕威脅，不受欺騙，據理力爭，最後把武裝警察全部趕出學校。