1月30日，彭允彝正式到部就任教育總長。他一上台，就下令整頓學風，嚴禁學生進步活動。這時北大等校學生紛紛出動到街頭講演，由原來的驅彭挽蔡發展到要求澄清政治，鬥爭更加深入。北大等校評議會也發表宣言，表示“凡是由彭允彝署名的教育部一切公文，概不接受”。開始，教育部提出由蔣夢麟代理校長，遭到蔣的拒絕；繼之，彭允彝先後擬由楊度、章太炎、章士釗等為北大校長，或本人不受邀，或根本無法通過，都沒能實現；最後，命令北大評議會維持校務，也被拒絕接受。廣大學生的驅彭鬥爭仍在繼續，5月4日，北大等校學生在紀念五四運動的示威遊行時，曾搗毀了彭氏住宅。
蔡元培出走後，曾於1月23日在天津發表宣言，具體說明辭職的原委和自己的不合作主張。這個宣言由《晨報》加以《蔡元培之不合作主義》的標題公開發表。4月他離津南下，在上海、蘇州等地暫住。5月27日，北大全體教職員致書蔡元培，懇切表示：“同人等為社會計，為教育計，為北大計，為數千學生計，為同人主張計，斷難讓先生之遠去也。若先生竟毅然不容同人等之請，則同人等將秉古人當仁不讓之訓，為維持大局起見，必當遣代表南下，麵謁先生，誠懇致辭。若先生仍不見諒，至萬不得已時，則雖以實力阻先生之登舟亦有所不辭。事機迫切，急不擇言。失檢之語，惟先生諒之。”隨後，北大師生代表陳啟修、楊宗伯、段子均、李駿等先後到杭州請蔡返校主持，他對於師生“見愛之情，為之感泣”，“感愧交並，幾非筆墨所能形容。”當時他曾表示：“政局如有清明之端緒，則我於赴歐以前，一度進京，亦無不可”。但是，北京政局愈演愈劣，曹錕賄選總統的醜劇已經開始，他終於謝絕了返校的要求。六月間，他分別致函北大教職員、全體學生、北京國立各校教職員聯席會議，說明未能返京的苦衷，他說：“培之出京，本以北京為政治界惡濁空氣所彌漫，不能再受，不得已而出此。今之惡濁，視五閱月以前，奚啻倍蓰，洵非諸先生發電時所能意料。事已至此，培不能進京，已不成問題。諸先生愛人以德，必能容恕也”。他還說：“北京政府破產之勢已成，而政客官僚摧殘教育之計劃且方興未已。國立八校當此危險時代，若不急籌高等教育獨立之良法，勢必同歸於盡。”但他這時仍不讚成采取罷課一類的鬥爭手段，“培以為電報政策，群眾運動，在今日之中國，均成弩末”。他建議組織北京國立八校董事會，負經營國立八校之全責，以與北京政府劃斷直接關係。蔡元培這次辭職出走，得到一些友人的讚同和支持，如張元濟曾致書蔡元培稱：“今之政府萬無可合作之理，能則摧殘之掃蕩之，否則惟有避之而已。兄前此辭去北大，弟所深佩，甚望能終自堅振也。”當時，北京政府迫於社會壓力也不得不對蔡表示挽留，四月間，北京政府國務院秘書廳致函北大，說對察“業奉大總統諭，由院去電慰留”。慰留電稱：“先生領袖學界，士望所歸，祈早回京，勿萌退誌。”所以，蔡元培名義上仍領北大校長的職務。七月間，蔡元培曾向學校提議由教務長、總務長與各係主任合設一委員會，用合議製執行校長職務。這個建議沒有得到學校評議會的讚同。後來蔡元培又提出援1920年的舊例，仍請總務長蔣夢麟代理校長。這個建議經7月16日校評議會議決同意，至8月4日，始由蔣夢麟正式代行校長職務。在9月6日北大評議會第二十二次會議議事錄中有這樣記載：“蔡先生校長薪水事。蔡先生來函，不願支校長薪。議決：蔡先生仍支校長原薪，蔣先生仍支教授原薪，蔣先生代理校長之校長辦公費，經蔡先生之要求，由校長薪中開支”。雖然北大師生仍繼續要求蔡回校主持校務，挽留的代表不絕於道，但由於蔡元培對北方政局深感不滿，遂於七月底重往歐洲，表示了自己不合作的決心。
蔡元培出國後，先後在比、法、德等國從事著述和研究，直至1926年初始回國。在這期間，他由於辭職之舉未能實現，隻得援引“任職五年以上，得出洋研究”之成例。在名義上仍是北大校長，仍然關注北大的工作。1925年五卅慘案掀起了全國範圍的規模巨大的反帝運動，北大師生熱烈響應。當時學校負責人曾致電蔡元培，要求他在歐洲進行宣傳，揭穿帝國主義者對五卅運動的種種汙蔑。他在六、七月間分別致電學校負責人和學生會，主張迅即廢除不平等條約，要求北大進行活動。他在給學生會的電報中還進一步提出：由中國單方麵宣布廢棄不平等條約，毋須征得列強的同意。隨後，他撰寫了《為國內反對英、日風潮告列強書》，用英、法、德文在歐洲各國報刊發表。他在文章中詳細說明了事件發生的原因，沉痛揭露了日、英帝國主義對中國工人的殘酷剝削和壓迫，指出這次事件應完全由日、英方麵負責。他還嚴正駁斥了帝國主義把五卅運動誣為“排外”和“赤化”的謬論，他針對所謂“中國人現在有親俄的趨向”，“是赤化的”表現，指出：俄國新政府一概廢止帝國時代簽訂的不平等條約，純取“平等的關係，我們自然與俄國特別親睦，與彼國內的政策何關？設使日、英兩國也同俄國一樣的對待中國，我們一定也一樣的親睦英、日，難道有傾向君主的嫌疑麼”？他回顧了近百年來的中國外交史，指出外國以武力脅迫中國，以取得不正當權利的先例已是已往的事，五四期間中國政府迫於人民壓力拒絕在巴黎和約上簽字就是一個明證。他斷言：“專用舊式的脅迫手段，去達到損人利己的計劃，是不合中國現勢的了。”他希望英、日等各國，“都有根本的覺悟，都宣告把從前與中國舊政府所訂的不平等條約，無條件的取消，特派專使，重訂平等新約。”10月，他還致函學校負責人，建議和蘇聯科學院建立聯係，請他們提供出版物作為北大師生的參考。蔡元培的電報和文字曾在北大日刊發表，產生了很好的影響。這表明了察元培對北大和國內政治運動的關心以及他熾熱的愛國心。
蔡元培於1926年2月回到上海，這時他因北方的政局更糟，已無意北上返職。國民革命軍北伐開始後，他準備在江浙組織響應，遭到軍閥孫傳芳的通緝。7月，蔡元培又正式提出辭去北大校長職務，因北大全體師生和北京國立九校校務討論會懇切挽留，北京政府迫於輿論壓力也不得不表示慰留，遂未能果。直到1927年7月北大被奉係軍閥政府並入京師大學校，他才不再名義上擔任北大校長。
§§第十章 一次失敗的試驗