於是,1月17日,蔡元培提出辭去北大校長的職務。他在致黎元洪的“辭呈”中抨擊了軍閥的黑暗統治,痛切地指出:“數月以來,報章所紀,耳目所及,舉凡政治界所有最卑汙之罪悪,最無恥之行為,無不呈現於國中。國人十年以來最希望之司法獨立,乃行政中樞竟以威權幹涉而推翻之。最可異者,鈞座尊重司法獨立之命令朝下,而身為教育最高行政長官之彭允彝,即於同日為幹渉司法獨立與踩躪人權之提議,且已正式通過國務會議。似此行為,士林痛恨!僉謂彭允彝此次自告奮勇,侵越權限,無非為欲見好於一般政客,以為交換同意票之條件耳。元培目擊時艱,痛心於政治清明之無望,不忍為同流合汙之苟安,尤不忍於此種教育當局之下支持教育殘局,以招國人與天良之譴責。惟有奉身而退,以謝教育界及國人”。同時在各報刊登了“不再到校辦事”的啟事。隨即悄然離京,先到天津小住,準備南旋。
蔡元培曾多次向北京政府提出辭職,過去辭呈語多自責,這次一反常例,措詞激烈,直接抨擊軍閥政治,表現了他在政治上的原則性。應該說這是他對軍閥政府的一貫的立場,而這次是到了忍無可忍的地歩,也就不能不以激烈的方式表達出來。他初到天津時,有朋友向他詢問說:“先生此次辭職,凡主張正義者莫不同聲感歎,謂方今社會廉恥蕩然,先生此舉,足以喚起已見死之人心。然外間不察,頗多議論,其所懷疑大旨,可歸納於二點:(一)謂先生辭職有袒護羅文幹之嫌疑;(二)與彭允彝有爭意氣之嫌疑。先生之真意究竟何在?”蔡元培對此作了明確的回答,他說:
餘生平僅知是非公道,從不以人為單位。餘之不平,純為中央行政機關無端幹渉司法所致,對於羅君雖相交有素,然當其柄政時,每與相遇,餘皆正言厲色,責備內閣之毫無政策,在京諸友可以證明予言者,頗不乏人。既非苟同,何有偏袒?反而言之,即有餘所鄙視之人,為政府無端蹂躪,餘亦視力之所及起而抗爭。知此,則餘之是否偏袒羅氏,可不辨而明矣。至與彭允弈爭意氣一節,尤屬一麵之辭。彭氏為人,除覺其政客臭味太重外,餘亦不甚注意。惟其身居教育當局,越俎幹涉司法,其用心何在,不難想見。假使餘所敬愛之人,一旦身居高位,有此蹂躪人權以圖自身之舉動,餘亦不惜與之絕交,正其罪惡,不稍假借,知此,則餘是否側重彭氏個人,亦可不辨而明矣。
這個記錄,和蔡的平素為人是一致的,應是可靠的。這說明他的辭職不是對某一個人,而是針對中央行政機關的“惡政治”,他還因此痛心地感到“政治清明之無望”。這反映了彭案對他刺激之大。值得注意的,在這之前,1922年9月間,曾在《我們的政治主張》上簽名的王寵惠、湯爾和、羅文幹等入閣,王寵惠並任國務總理,組成了所謂“好人內閣”,但它正如蔡元培所責備的“毫無政策”,也就是說,它仍然為軍閥所操縱。這個喧囂一時的“好人內閣”,僅僅存在了三個月就垮台了;接著,就發生了彭允彝事件。這對於曾經領銜簽名於提出“好人政府”主張的蔡元培,不能不是一個大的打擊,因而“痛心於政治清明之無望”也就不是偶然的了。誠然,他這時雖然對政局感到絕望,但仍然找不到出路,所采取的還是他的不合作主義!
蔡元培對軍閥政府的揭露和出走,在社會上引起了很大反響。當時有人寫文章說:“我們讀到蔡先生辭職書中‘痛心於政治清明之無望’這一句,隻要我們不取消極的態度,立刻就要聯想起來‘隻有革命’這四個字。”特別是廣大師生對蔡元培的出走更為關注,群起采取挽蔡驅彭的行動。北大學生在1月18日舉行全體大會,由黃日葵任主席,報告事件經過,大會發言者皆稱:“蔡校長不屑與彭氏為伍,益征蔡校長人格之高尚,吾人對於此點,極表同情”。他們還揭露了彭允彝結黨營私、壓迫國立八校的卑鄙用心,表示:“故蔡校長辭職,非個人進退問題,亦非北大一校問題,而實教育界之大問題。吾儕對於此事,誓必急起力爭,恢複五四運動時之精神,以鏟除彭允彝,挽留蔡校長”。大會一致通過“驅逐彭氏”、“挽留蔡校長”、“警告國會”等項決議,並決定派出代表挽留蔡校長,力請總統退回辭呈。同一天,北大評議會和國立八校校務討論會也先後召開緊急會議,商討維持學校和挽留蔡元培等問題。這時國立八校除法專校長係彭安插的私人已遭師生反對外,其他各校校長也都提出了辭職。1月19日,經北大教職員全體大會議決除蔡元培外,“不承認任何人為北大校長”。同日校評議會發出布告:“暫行以本會名義,會同總務長和教務長,維持本校一切事務,至教育當局問題及校長去留問題確有明確有明白的解決之日為止。”全體教職員也於21日開會決定組織教職員臨時委員會,辦理挽蔡及其他一切相關事宜。推舉陳啟修為主席,蔣夢麟、王世傑為副主席,顧孟餘、李大釗、何基鴻、朱希祖、丁燮林等為委員。北大學生還派出黃日葵等四位代表,直接向黎元洪提出挽蔡免彭的要求。學校學生會先後三次發表挽留蔡校長的宣言,強烈表示如若政府悍然不顧全體學生公意另委校長,“則唯有以極激烈之手段對付,誓以三千學子之熱血,滌此大學曆史之腥膻。”
在驅彭的鬥爭中,北大等校學生曾於1月19日和24日兩次向眾議院請願,要求否決對彭允彝的閣員同意案。但是,這種豬仔式的國會根本不顧人民的意願,議員完全秉承軍閥的意旨,投票則憑津貼(賄賂)的多少。19日北大等校千餘學生赴議院請願時,議長吳景濂竟指使反動軍警毆打請願學生,受傷者達三百多人,北大學生代表黃日葵等八人都負重傷。而彭允彝的閣員位置卻於24日為議會通過。這種倒行逆施激起師生們的無比憤慨,驅彭鬥爭迅速向全國發展。
這次驅彭挽蔡運動得到了中共北方組織的領導,李大釗等積極指導了群眾鬥爭。李大釗在北大教職員臨時委員會會議上曾指出,在這次鬥爭中,“大學是吾人不能放手”,“非占據大學不可”。他又說:除“蔡先生回校問題亦當注意”外,還“應當注重全社會”,要“大活動”,以聯合各方麵力量共同反對軍閥政府。正確地指明當前鬥爭的主要目標,是反對軍閥政府對學校的控製。鄧中夏也在《北大學生新聞》上發表了《我對這次運動的全部意見》,指出我們運動的目標,不要特別注意“挽蔡”,也不要特別注意“驅彭”。他認為這都隻是枝節問題;隻有將軍閥政治根本推翻,這兩個小小問題便可迎刃而解,引導群眾把鬥爭的目標指向整個反動政權。他在文章中還對察元培以辭職奉行他的不合作主義,提出了善意的批評,認為這是消極的。