3月18日，蔡元培在看到林紓公開信的當天，就寫了《致〈公言報〉函並附答林琴南君函》，除了對《公言報》捏造的關於北大的謠言提出質問外，主要就林紓攻擊北大“覆孔孟，鏟倫常”和“盡廢古書，引用土語為文字”兩說，分別作了駁斥。他一反林紓誣蔑漫罵之手法，擺事實，講道理，有理有據地反駁了林紓對北大以及新派教授的誣蔑。他在複信中也以子之矛攻子之盾的方法，辭婉而多諷。他在闡明了北大在對孔孟、倫常等問題的做法後，進而責問道：“有誰何教員，曾於何書、何雜誌，為父子相夷，兄弟相鬩，夫婦無別、朋友不信之主張者？曾於何書、何雜誌，為不仁、不義、不智、不信及無禮之主張者？”他針對林紓羅織罪狀無理攻擊的惡劣做法，反詰道：“公曾譯有《茶花女》、《迦茵小侍》、《紅礁畫漿錄》等小說，而亦曾在各學校講授古文及倫理學，使有人低公為此等小說體裁講文學，以狎妓、奸通爭有夫之婦講倫理者，寧值一笑歟？”他在複信的最後部分，針對林紓對北大的種種責難，重申了堅持思想自由、兼容並包、支持新文化運動的原則立場；他在這裏強調的思想自由和教員以學詣為主的兩項原則，實際上是重申他辦理大學的基本主張。特摘錄如下：
（一）對於學說，仿世界各大學通例，循思想自由原則，取兼容並包主義，與公所提出之圓通廣大四字，頗不相背也。無論為何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之運命者，雖彼此相反，而悉聽其自由發展。……
（二）對於教員，以學詣為主。在校講授，以無背於第一種主張（指思想自由原則）為界哏，其在校外之言動，悉聽自由，本校從不過問，亦不能代負責任。例如複辟主義，民國所排斥也，本校教員中，有拖長辮而持複辟論者，以其所授為英國文學，與政治無涉，則聽之。籌安會之發起人，清議所指為罪人者也，本校教員中有其人，以其所授為古代文學，與政治無涉，則聽之。嫖賭娶妾等事，本校進德會所戒也，教員中間有喜作側豔之詩詞，以納妾押妓為韻事，以賭為消遣者，苟其功倮不荒，並不誘學生而與之墮落，則姑聽之。夫人才至為難得，若求全責備，則學校殆難成立。且公私之間，有天然界哏。……然則革新一派，即偶有過激之論，苟於校課無涉，亦何必強以其責任歸之於學校耶？
蔡元培的反駁雖然還是比較溫和的，對封建文化思想也還表現了某種調和的傾向，但他在公開信中重申言論自由，百家爭鳴的原則，答辯義正詞嚴，這在當時是有重大意義的；尤其是他為宣傳“過激之論”辯護（這裏所說的“過激之論”，就包括當時反動派和一般封建餘孽所強烈攻擊的馬克思主義），則更是難能可貴。以蔡元培的社會地位和影響，對林紓作這樣公開的答複，確實非同一般，這對當時的新派來說，無疑是一個很大的鼓舞和支持。
在蔡元培、陳獨秀、李大釗等人的推動下，全國新派奮起反擊。北京和全國各地報刊登載了大量指斥舊派、聲援北大的言論，紛紛指出這不僅僅是北大某幾個教員的去留問題，而是要不要維護學術獨立和思想自由。林紓之流遭到了進步輿論的同聲譴責，被斥之為“學術界之大敵，思想界之蟊賊”。雖然林紓仍不服輸，又給蔡元培寫了第二封信，聲稱：“公遇難不變其操，弟亦至死必申其張”，頑固表示：“終之以拚我殘年，極力衛道，必使反舌無聲，瘈犬不吠，然而後已。”然而，這隻不過是封建衛道士的幾聲抽泣而已。他極端孤立了，最後不得不“寫信給各報館，承認他自己罵人的錯處。”在這場論爭中，群眾的同情完全在新派、在北大一邊，進步輿論界紛紛表示對北大的推重和聲援，上海《民國日報》載文說：“自蔡孑民長北京大學而後，殘清腐敗，始掃地以盡。其所羅致延引者，皆新世界有學之士，與循引私誼有如官場者，迥然不同。故數年以來，成績粲然。海內之略有知識者，翕然向往之。而其出版品如《新青年》、《新潮》等，尤於舉世簡陋之中，獨開中國學術思想之新紀元。舉國學者，方奔赴弗遑，作同聲之應，以應發輝光大，培國家之大本，立學術之宏基”。有位成都《川報》的讀者寫道：“我對北京大學的感情，近來極好，心目中總覺得這是現在中國唯一的曙光，其中容納各派的學說和思想，空氣新鮮得很。”
蔡元培對林紓等人散播北大驅逐陳獨秀等的謠言，也采取了針鋒相對的措施。他先在報上發表正式聲明，否認有驅逐之事；隨後，對那個投靠林紓、寫假通訊造謠的法科學生張厚載，則親自寫信進行教育，他在信中說：“林君作此等小說，意在毀壞本校名譽，兄徇林君之意而發布之，於兄愛護母校之心，安乎，否乎？仆生平不喜作漫罵語、輕薄語，以為受者無傷，而施者實為失德。林君詈仆，仆將哀矜之不暇，而又何憾焉！惟兄反諸愛護本師之心，安乎，否乎？往者不可追，望此後注意。”幫助他認識林紓的真麵目；後來鑒於這個學生不肯悔改，許多同學要求驅逐這個敗類，學校乃決定勒令他退學，並專門出了一個布告：“學生張厚載屢次通信於京滬各報，傳播無根據之謠言，損壞本校名譽。依大學規程第六章第四十六條第一項，令其退學，此布。”這就把林紓等反對北大、反對新文化運動的陰謀，完全暴露在全校師生的麵前，並給予了沉重的打擊。
曆史的進程，正如李大釗所展示的“直到今日，這樣滔滔滾滾的新潮，一決不可複遏，不知道那些當年摧殘青年、壓製思想的偉丈夫那裏去了。”在這次新舊思潮的大激戰中，北大和全國的新派取得的重大勝利，為即將到來的五四運動作了重要的思想準備。而蔡元培在這場鬥爭中則很好地保衛了新文化運動，勇敢地維護了北京大學這個新文化運動的重要陣地，這是一個很大的功績。
§§第八章 在五四運動中