雖然他認為將來美術文或者有一部分仍用文言，但肯定應用文一定全用白話，而且“敢斷定白話派一定占優勝”。1936年他在南京北大同學聚餐會上敘述整頓北京大學的經過時，就把提倡變更文體，兼用白話，作為整頓學校的一項重要措施。他說：當時北大教授中，即有提倡白話文學，也有極端維護文言的，“我卻相信，為應用起見，白話文必要盛行，我也常常做白話文，替白話文鼓吹；然而，我曾聲明，作美術文，用文言未嚐不好。”這表明蔡元培對白話文代替文言文，同時也是對新派必定戰勝舊派充満了信心。
更有意義的是，蔡元培還把對文學的內容和形式上的革新，同政治上的改革要求聯係起來考察。他在後來追述五四時期文學革命的功績時，曾提出：“為什麼改革思想，一定要牽涉到文學上？這因為文學是傳導思想的工具。”在他看來，文學的革新，——新文學的內容和白話文的形式，是有利新思想的傳播，有利社會改革的進行。這就是說，他把文學看作是傳導思想的工具，那麼，它所反映的就應該是時代的要求，大眾的呼聲。這確是表現了蔡元培的進步的文學觀。正是從這點出發，支持並推廣白話文。他接著在轉述《新青年》編者提倡白話文的努力時，表達了當時他自己的鮮明態度，他說：
錢玄同於七年三月十四曰致陳獨秀書，有雲：“舊文章的內容，不到半頁，必有發昏做夢的話，青年子弟，讀了這種舊文章，覺其句調鏗鏘，娓娓可誦，不知不覺，便將為文中之荒謬道理所征服。”在玄同所主張的“廢滅漢文”雖不易實現，而先廢文言文，是做得到的事。所以他有一次致獨秀的書，就說：“我們既絕對主張用白話休做文章，則自己在《新青年》裏麵做的，便應該漸漸的改用白話。我從這次通信起，以後或撰文，或通信，一概用白話，就和適之先生做《嚐試集》一樣意思。並且還要請先生，胡適之先生和劉半農先生都來嚐試嚐試。此外別位在《新青年》裏撰文的先生和國中讚成做白銛文的先生們，若是都肯嚐試，那麼必定成功。自古無的，自今以後必定會有。”可以看見玄同提倡白話文的努力。……主張以白話代文言，而高揭文學革命的旗幟，這是從《新青年》時代開始的。
同時，蔡元培還認為白話文和平民教育所以能夠得到較快發展，是學生經過五四運動獲得的一種新覺悟的表現。他認為五四運動的勝利，是全國中學以上學生八十日的奮鬥（5月4日至7月23日）與北京、上海等都市商工界罷工、罷市的援助取得的，“所以參加五四運動的學生，感於商工界援助之有力，而悟普及常識的需要；於是一方麵大學生多於課餘辦校役夜班及平民學校；一方麵促進語體文之發展，出版書籍及雜誌，較前踴躍”。如蔡元培任董事長的中華教育改進社於1923年開年會時，曾決議發展社會教育，井提出最重要的是要普遍推廣白話文，要求不但雜誌、報章、小說等皆用白話，而且一切優美的文學作品及哲學社會科學等亦用白話文。可見這時白話文已相當普遍地得到推廣。應當說，以白話文作為新文學的表現形式，是有重大意義的。白話文經胡適、陳獨秀等的倡導，又得到蔡元培的積極支持，在已具備了成熟的社會和思想條件下，終於取得了決定性的勝利。
文學內容的改革是文學革命的主導方麵。魯迅於1918年先後發表的《狂人日記》、《孔乙己》、《藥》等現實主義作品，則顯示了文學革命的實績。蔡元培十分讚同文學革命。他在北大提倡歌謠研究，開設被封建文人排斥的小說、詞曲、戲劇等課程，這不但向大學生講授，而且作為文科研究所的研究項目，開創了重視民間通俗文學的新風氣。他尤為推重魯迅的革命文學，曾把這一時期魯迅的文學創作稱之為“新文學開山”。關於蔡元培對魯迅的敬重以及他們之間的真摯友誼，郭沫若曾說過：“影響到魯迅生活頗深的人，應該推數蔡元培先生吧。這位精神博大的自由主義者，對於中國文化教育界的貢獻十分宏大，而他對魯迅先生始終是刮目相看的。魯迅的進教育部乃至進入北京教育界都是由於蔡先生的援引，一直到魯迅的疾歿，蔡先生是盡了他沒世不渝的友誼的。”
蔡元培是五四時期新文化運動的一位倡導者。而北京大學成為新文化運動的發源地，也是同他在校內進行的革新密切相關的。誠然，蔡元培不是屬於新文化運動中衝鋒陷陣的戰士，但他卻確是這支新文化大軍不可少的竭誠保護者。五四前夕，當軍閥政府對蔡元培施行政治壓力和恐嚇時，曾有人勸他辭退棟獨秀，約束胡適，以緩和空氣，蔡元培毅然回答：“這些事我都不怕，我忍辱至此，皆為學校，但忍辱是有止境的。北京大學一切的事都在我蔡元培身上，與陳、胡等毫不相幹。”而在校內，他對陳獨秀也一向是采取維護和支持態度的。五四以後，新文化運動更加深入發展，馬克思主義在中國迅速傳播。這引起反動勢力的極端恐懼和仇視，他們公開下令嚴防、查禁“過激主義之鼓吹”。大肆汙蔑新思想是“洪水猛獸”、“異端邪說”，企圖采取強製手段來抑製新文化運動的發展。針對這種情況，1920年4月，蔡元培在《新青年》發表了《洪水與猛獸》一文。他在文中反其道而用之，指出：“我以為用洪水來比新思潮，很有幾分相像。他的來勢很勇猛。把舊日的習慣衝破了，總有一部分的人感受苦痛”。“至於猛獸，恰好作軍閥的寫照。”他憤怒地指出：“現在軍閥的要人，都有幾百萬幾千萬的家產，奢侈的了不得，別種好好作工的人，窮的餓死；這不是率獸食人的樣子麼？現在天津、北京的軍人，受了要人的指使，亂打愛國的青年，豈不明明是猛獸的派頭麼？”他以鯀和禹治水的不同方法為喻，認為“對付新思潮，也要舍湮法用導法，讓他自由發展，定是有利無害的。”他認為中國現在是處在洪水與猛獸競爭的狀態，他期望猛獸馴伏，洪水疏導暢通，國家安定太平的新局麵早日出現。