由於蔡元培的大力扶植，北大校內社團有如夜空繁星，刊物宛似雨後春筍，各種學說競相爭長。鳶飛魚躍，生動活潑。這種學術思想自由的原則，使北大成為當時全國唯一的一個百家爭鳴的學校。
特別應該指出，這種思想自由、百家爭鳴的新局麵，不僅有利於資產階級新文化的發展，而且又在客觀上為馬克思列寧主義的傳播開辟了道路。李大釗任北大圖書館館長期間，從國外購進了許多馬克思主義的著作和有關社會主義的文獻。1918年冬，李大釗在北大組織了“馬客士（馬克思）主義研究會”，集合同誌秘密從事馬克思主義的學習和研究，而對外則以研究馬爾薩斯的人口論作掩護。在李大釗的帶動下，北大出現了一批熱心學習和傳播馬克思主義的先進知識分子。1919年11月，北大經濟係學生李澤彰翻譯了《共產黨宣言》第一章，發表於《國民雜誌》第二卷第一號上。1920年12月，由李大釗、費覺天、郞祥褆、郭弼藩、梅祖芬等九人發起，公開成立了“北京大學社會主義研究會”。研究會的宗旨：“是集合信仰和有能力研究社會主義的同誌互相的來研究，並傳播社會主義思想”；研究會當時提出的研究方法主要有：“1.文字宣傳：A。編譯社會主義叢書，B。翻譯社會主義研究集，C。發表社會主義論文；2.講演。”社會主義研究會的章程曾在《北京大學日刊》上刊布，從此，對社會主義學說的研究，在北大已從個別的、秘密的狀態走向了有組織的、公開的階段。與此同時，在李大釗的指導下，由鄧中夏、黃日葵、高尚德、何孟宏（即何孟雄）、範鴻劼、朱務善、劉仁靜、羅章龍、李酸、楊人杞（即楊東蓴）等十九人，秘密醞釀成立了另一個研究、傳播馬克思主義的社團“北京大學馬克思學說研究會”。這個研究會到1921年11月17日在北大日刊刊登啟事，招收會員，對外公開。馬克思學說研究會的公開成立，得到了察元培的支持。據當時研究會的發起人之一羅章龍回憶：啟事“寫好以後，由我和另一位同誌去找蔡元培先生，要他同意把啟事刊載在《北京大學日刊》上。我向蔡先生宣傳一番我們為什麼要組織馬克思學說研究會的道理，蔡先生看了一下啟事和名單，沉默了一會，最後同意給予刊登了。”“爾後，馬克思學說研究會擬在北大會議廳開成立大會，蔡先生又答應了我們的請求，同時還應邀出席了成立大會，並在會上作了簡短扼要的講話。”“成立以後，需要活動場所，蔡先生又同意給兩間房子，一間當辦公室，一間當圖書室。”蔡先生頂著反對派的壓力，從精神到物質上對馬克思學說研究會的支持，使我們很激動。這在當時反動派到處防範、偵緝“過激主義”、“過激黨”情況下，是很不容易的。要是沒有蔡先生的支持，這個組織是不能公開活動的。他對待進步事業，就是這樣全心全意地支持、扶植。
羅章龍在回憶中還列舉兩件事，表明蔡先生對進步學生的愛護和支持，他說：“1922年冬，馬克思學說研究會的成員去蘇聯列寧格勒出席東方民族大會，途中在黑龍江滿洲裏有五六個同學被當地軍閥逮捕了。我去找蔡校長，蔡先生馬上打電報給東三省的地方行政長官，最後成功地營救了這些學生。另一件事是這樣的：1923年6月，我離開北京到上海中共中央局常委工作（當時我是中共三屆中央委員），隨後又奉命出國，出席共產國際第五次大會。……當時，我正是應該參加畢業考試的時候，但不能回國應試。我寫信給蔡先生，說明這一情況。蔡先生說，不能回來沒關係，將來可以補考。所以我於第二年補考，推遲一年畢業。”
研究會在北大活動時間前後達七、八年之久，它對於在北大傳播馬克思主義，引導和組織青年學生參加實際革命運動，以及促進一批進步知識分子了解和信仰馬克思主義等方麵，都起了非常重要的作用。當時研究會規定每星期六晚舉行一次討論會，每月舉行一次演講會。此外，他們還積極設法從國內外搜集、采購馬克思主義書籍和有關社會主義的文獻，並組建了一個供會員和非會員借閱的藏書室。他們給這個藏書室取名為“亢慕義齋”（亢慕義為英文Communism即共產主義的音譯）。羅章龍回憶說‘亢慕義齋’，既是圖書室又是翻譯室，還做學會辦公室……亢齋，室內牆壁正中掛有馬克思像，像的兩邊貼有一副對朕：‘出研究室入監獄，南方兼有北方強’，還有兩個口號：‘不破不立，不立不破’，四壁貼有：“革命詩歌、箴語、格言等，氣氛莊嚴、熱烈。”這是我國建立的第一個馬克思主義圖書室，它對於在北大以至中國迅速傳播馬克思主義發揮了一定作用。據1922年2月6日《北大日刊》刊載研究會通告提供的材料，它已擁有馬克思主義的英文書籍四十餘種，中文書籍二十餘種。英文版中有馬克思和恩格斯的《共產黨宣言》、《社會主義從空想到科學的發展》、《哲學的貧困》、《家庭、私有製和國家的起源》、《德國的革命與反革命》、《法蘭西內戰》、《雇傭勞動與資本》等，有列寧的《共產主義運動中的左派幼稚病》和《無產階級革命》。中文書有陳望道譯的《共產黨宣言》，惲代英譯的《階級鬥爭》，李漢俊譯的《馬克思資本論入門》，李達譯的《馬克思經濟學說》以及李季譯的《社會主義史》等。在今天的北大圖書館中，還保存有一本1920年9月再版的《共產黨宣言》和八本封麵蓋有“亢慕義齋圖書”印章的德文共產主義文獻。這些珍貴的曆史文獻，使我們可以看到馬克思主義在中國早期傳播的情況。
蔡元培是認真貫徹他的兼容並包、兼收並蓄的主張，積極引進和保護各種新思想，這不僅使研究馬克思主義的團體能夠在北大合法存在和發展，而且在當時北大的課堂、講壇和刊物上，也可以公開宣傳馬克思主義學說，介紹俄國十月革命的經驗。正是在這樣特定的條件下，成長起中國最早的一批共產主義者。至於蔡元培本人，則始終是一個革命民主主義者，他對馬克思主義懷有敬意和好感，對其學說也有一定的了解；他允許研究馬克思主義是從思想自由的原則出發的，這種態度對他來說是一以貫之。後來在1929年為李季著的《馬克思傳》寫的序文中曾表示：“今人以反對中國共產黨之故，而不敢言蘇俄，不敢言列寧，馴致不敢言馬克思，此誤會也”。“研究馬克思，不必即與中國共產黨發生關係。且研究與盲從不同，研究馬克思，不必即信仰馬克思”。1933年3月，他在上海與陶行知、陳望道、黃炎培等百餘人領銜發起紀念馬克思逝世五十周年紀念會，他為此在《申報》發表《緣起》一文，在當時思想箝製、淡“馬”有罪的政治環境中，他公開表達對馬克思及其學說的敬意，他說：“在此短促的五十周中，馬克思之學說所給予世界之影響至為重大。而五十年來世人對於馬克思，無論其為憎為愛，為毀為譽，而於馬克思之為一偉大之思想家，為近史科學社會主義之始祖，則殆無人否認。”他明確反對文化專製主義，箝製思想的做法，表示“同人等今基於純正之研究學術立場上，發起紀念馬克思逝世五十周年會，一以致真摯之敬意於此近代偉大之思想家，同時亦即作研究自由、思想自由之首倡，並打破我國學術界近年來一種思想義和團之堡壘。”這反映了他一貫奉行的思想自由的原則，堅持有研究馬克思學說的自由。
這裏值得一提的是，青年毛澤東得以在北大工作並在這裏開始接觸馬克思主義，也同蔡元培的支持不無關係。1918年8月，為商談赴法勤工儉學事，毛澤東、蕭瑜等幾個新民學會會員聯袂北上。到京後，毛澤東決計留在國內，擬在北大尋一事做。其時，他們在湖南第一師範讀書時的老師楊昌濟，正在北大哲學係任教，他也曾希望毛澤東能“入北京大學”，以為日後打下“可大可久之基”。據同時來京的蕭瑜（子昇）回憶：這時他們寫信給蔡元培，“要求他雇用我們的一個無法赴法國的同伴為校內的清潔工人。蔡元培先生是位了不起的人，他看了我們的信後，立即就明白這是怎麼一回事。但他有更好的主意，他憐憫毛澤東，對於他能夠刻苦自勵，甚是高興，因此他沒有讓他去做清潔工人，而可到校內的圖書館去工作。因此他寫了一封信給北大圖書館長李大釗先生，信中說：‘毛澤東需要在本校求職，使其得以半工半讀，請在圖書館內為他安排一職’”於是經李大釗的安排，毛澤東當了北大圖書館的助理員，每月月薪八元；具體工作是管理上海《民國日報》、北京《國民公報》、《順天時報》、天津《大公報》、長沙《大公報》以及英文《北京導報》、日文《支那新報》等十五種中外文報紙，每天登記新到報刊和來閱覽人姓名。雖然位卑事瑣，但它為青年毛澤東提供了一個接觸新思想的廣闊天地。他當時住在景山東街的一條名叫三眼井吉安東夾道的小胡同裏，在這七號小院的北房西間，他和蔡和森、羅學瓚等八位新民學會會員，同居一室，“隆然高坑，大被同眠”，夜晚任何一個要翻個身，都要先和周圍夥伴打個招呼。這裏條件雖劣，但離沙灘紅樓很近，便於活動。他在北大積極參加了哲學會和新聞學研究會的社團活動，結識了察元培、陳獨秀、李大釗、鄧中夏、邵飄萍、胡適等新派人物，特別是開始學習、研究馬克思主義。他後來曾回憶說：“我在李大釗手下在國立北京大學當圖書館管理員的時候，就迅速地朝著馬克思主義的方向發展。”毛澤東在北大期間加入我國早期共產主義者的行列，這是北大校史上光榮的一頁。
可以說，北京大學成為中國最早傳播馬克思主義的地方，五四時期在北大成長出一批中國早期共產主義知識分子，並不是偶然的。雖然，促進馬克思主義在中國傳播並非蔡元培的本意，但他卻確實為此做了好事。