1919年3月，由鄧康（即鄧中夏）、廖書倉、黃日葵、許德珩、張國燾（哲學係學生）等發起成立了平民教育講演團。先是一些熱心平民教育的同學在校役夜班講解時事，取得很好效果，於是醞釀擴大到社會上去。1919年3月7日，鄧中夏等十四位發起人在《北京大學日刊》上刊登了征集團員的啟事。從這個啟事中，可以明顯看到它是受到蔡元培的平民教育思想的影響。啟事如下：
蓋聞教育之大別有二：一曰以人就學之教育，學校教育是也；一曰以學就人之教育，露天演講、刊發出版物是也。共和國家以平民教育為基礎。平民教育，普及教育也，平發教育也。學校教育惟饒於資財者之子弟始得享受，而寒醆之子弟及邊於生計而中途失學者不與焉，未足語於平民教育。苟之術以補敕之，則人民智識必大相懸殊，社會上不平之景象必層見迭出，共和國體必根本動搖。補助之術維何？厥曰露天演講、刊布出版物，亦即所以補助學校教育之所不及者也。顧以吾國平民識字者少，能閱印刷品出版物者隻恨於少數人，欲期教育之普及與平等，自非從事演講不為功。北京大學固以平民主義之大學為標語者也。平民主義之大學，注重平民主義之實施，故平民教育尚焉。同人等發起茲團，所以達此者也。同學中熱心平民教育者，願興起共襄斯舉。
3月23日，在馬神廟第二院校長室召開了平民教育講演團成立大會。講演團的宗旨是“增進平民知識，喚起平民自覺心”。開始時有團員三十九人，多是國民社和新潮社的成員，鄧中夏、廖書倉被推舉為總幹事，黃日葵、高尚德、許德珩、朱自清、楊鍾健等都是這個團的成員。據許德珩回憶，“毛澤東也參加了這個組織”。講演團設在馬神廟東口，除講演外，還設書報閱覽室，供人閱覽。經費除團員交納的團費外，還通過募捐的辦法籌集，其募捐啟事常有“諸君子所費無幾，於一般勞苦的兄弟姐妹們受惠實大”這樣頗富感染力的話。講演團規定每學期至少講演二次以上，否則即為脫離關係；並要求輪值時，“除婚喪疾病外，不得推倭”。
蔡元培是積極提倡普及社會教育的，因而他對平民教育講演團十分重視，把它作為養成學生服務社會精神的重要途徑。他曾說：“平民講演，用講演的形式與平民以知識，也是一件好事。”又說：平民講演，“由學生傳之各地方，一定可以提起國民自治的精神。”
講演團多利用假日，到鬧市或郊區去講演。他們曾深入到海澱、長辛店、豐台、盧溝橋、通縣等地區，向工農宣傳愛國主義思想和文化科學知識。他們常利用廟會、集市、遊藝場等，打著小旗，敲著小鑼，招引群眾。開始，由於學生腔大家聽不懂，群眾不歡迎；後來注意學習群眾語言，講題緊密結合時事，如《青島交涉失敗史》、《日本的野心和中國救亡的法子》等，群眾十分愛聽。有一次東便門蟠桃宮舉行三天廟會，講演團連續在這裏講了三天。鄧中夏也去講了兩次，題目是：《家庭製度》和《現在的皇帝倒黴了》。北大日刊曾載文報道了當時的情景：“是時黃沙滿天，不堪張目，而其聽講者之踴躍，實出乎意料之外。”據統計，從1921年11月5日至1922年3月27日，除去假期約三個月時間，共講演了一百零二個講題。其中有關民主政治的20題（如《法律是保護人民的》、《民國與國民》、《洋車夫與大總統的比較》等），有關科學知識的21題（如《肺癆病》、《刮風的原因》、《鐵路的起源和變遷》等），其他還有時事、生活、修養和曆史故事等。從這裏可以看到他們從事平民講演的可貴的熱情和精神。平民教育講演團的實踐活動，對促進五四時期北大青年走上與工農相結合的道路，起了重要的作用。如1920年冬，這時已成為共產主義知識分子的鄧中夏，深入到長辛店開辦勞動補習學校。這所學校是得到北大平民教育講演團的捐贈開辦的。鄧中夏自覺地同工人打成一片，忘我地工作，“作具體工作的是他，作宣傳指導工作的也是他，每天吃兩頓窩窩或幾個燒餅，用涼水送下，工作忙時，常常蓬頭垢麵，不加修飾，晚間不能回北京時，則用幾條板凳當床鋪，擺在學校課堂裏睡黨。”從這裏可以看到當時北大進步學生走與工農相結合道路的精神風貌。
1923年當北大成立二十五周年時，慶典籌備會曾委托講演團講行一次“民意測量”，講演團經過認真準備，出了十多個題目，在學、工、商、政各界征集507人參加測驗。在提問的問題中有：“你心目中國內或世界大人物是哪幾位？”其中國內部分獲得票數最多的前三位是：孫中山（473票）、陳獨秀（173票）、蔡元培（153票）。這也從一個側麵反映了當時陳、蔡在社會上的影響。
其他如少年中國學會、工讀互助團等，和北大的關係也十分密切。李大釗參加了少年中國學會的發起工作，並擔任學會臨時編譯部主任。北大社團的許多重要成員，如鄧中夏、毛澤東、黃日葵、高尚德、劉仁靜、張申府、許德珩、朱自清、楊鍾健等都參加了這個學會。學會籌備時定的宗旨為“振作少年精神，研究真實學術，發展社會事業，轉移末世風氣”。1919年7月1日成立時，經李大釗等提議，其宗旨正式改為“本科學的精神為社會的活動，以創造‘少年中國’。”並為會員定了四個信條：（一）奮鬥；（二）實踐（三）堅忍；（四）儉樸。學會出版了《少年中國》月刊，編輯部由李大釗、康白情、張申府、孟壽椿、黃日葵五人（全為北大師生）組成。蔡元培曾稱少年中國學會是“最有希望的”一個團體。隨著中國革命的深入發展，這個學會成員後來發生了很大的分化。與上述革新社團相對立的，校內的守舊派也建立了他們的社團組織。1919年1月26日，劉師培、黃侃、陳漢章等發起成立了國故月刊社。成立會是在劉師培家開的，“到教員六人，同學數十人”。月刊總編輯是劉師培、黃侃，特別編輯有陳漢章、馬敘倫、康心孚、黃節、林損等八人，編輯由張煊、俞士慎等十人擔任；還逸出總務主任康心孚，文牘幹事羅常培等。其宗旨為“昌明中國固有之學木”。規定“凡北大同學有讚成本月刊宗旨者，皆得為本社社員。”3月20日出版了《國故》月刊。他們聲稱：“創辦月刊是出於慨然於國學淪夷，欲發起學報，以圖挽救。”他們以篤守國粹為己任，攻擊新文化的傳播，是什麼：“功利倡而廉恥喪，科學尊而禮義亡，以放蕩為自由，以攘奪為責任，斥道德為虛偽，詆聖賢為國願，滔滔者皆是也。”極力維護舊文化舊道德。《國故》上的文章，全用文言、八股寫成，不用新式標點。《國故》月刊社是在新舊思潮激戰的前夕，為與校內新派團體和革新刊物相對抗而出現的一個守舊社團，竭力反對新文化運動，宣揚舊文化、舊道德。但在新思潮澎湃發展的北大，國粹家們已無力招徠看客，《國故》出了四期後就草草收場了。
對於國故社，蔡元培本著學術思想自由的原則，在經濟上也給予了支持。
此外，梁漱溟到北大任教後，他慨於蔡元培、陳獨秀等倡導向西方學習，便以打出“研究東方學”的旗號與之抗衡，要在校內組織維護和宣揚孔學的團體。他後來在《我的自學小史》一文中，曾描述了這時的心境，他說：“民國六年，我應北京大學校長蔡孑民先生之邀入北大教書，其時文科教授有陳獨秀、李大釗、高一涵、陶孟和諸先生。陳先生任文科學長。茲數先生即彼時所謂新青年派，皆是崇尚西洋思想，反對東方文化的。我日夕與之相處，無時不感壓迫之嚴重……問題之不可忽略，非求出一解決的道路不可”。1918年10月，他在《北京大學日刊》接連幾天刊登《征求研究東方學者》的啟事，聲稱：“顧吾校自蔡先生並主講諸先生皆深味乎歐化，而無味於東方文化，由是倡為東方學者，尚未有聞。漱溟切誌出世，不欲為學問之研究，今願留一二年為研究東方學者發其端”。他所謂的“東方學”，“特指佛陀與孔子之學”，即中國的孔學和印度的佛學。他認為孔子生於中國，佛教源於印度，然其學亦在中國。北大為中國僅有的國立大學，“世之求東方學不於中國而誰求？不於吾校而誰求？”他以振興孔學為已任。隨即在北大哲學研究所開設了“孔子哲學之研究”課程，宣揚孔學，宣稱：“住世的思想之最圓滿者無逾於孔子”，“其圓滿抑至於不能有加”。不久，招徠一些舊派人物，在校內組織了“孔子研究會”。
除了上述具有一定政治傾向的社團外，學校還有一些互助性的社團，如1918年2月，由胡適和會計課職員鄭陽和發起，蔡元培等讚助成立了成美學會，“宗旨在捐集基金以津貼可以成材而無力求學之學生。”蔡元培曾捐贈一百元為基金。1920年3月，由馬敘倫等發起成立了北大教職員會，“宗旨本互助之精神，聯絡感情交換智識，以輔助大學之發展。”這個團體當時常組織教職員向軍閥政府開展索薪鬥爭，並在反帝反封建的政治鬥爭中站在進步學生一邊。
蔡元培還積極提倡學生應具有自治的能力，建立各種自治性的學生組織。這時除有學生會等組織外，還成立了北大學生銀行、消費公社。由學生共同集股投資，自己經營，並作為經濟商業門學生實習之用。消費公社還附設一個商業夜班，招收學校附近商店學徒，授以商業學校的普通知識。