雄辯會是學生中規模較大的一個社團。它於1917年11月，由原預科研究文法修辭的文學會擴充改組而成的，其宗旨是“修繕辭令，發展思想。”分設國語支部和外國語第一、第二支部，每部又分講演、著述兩科，發行《勸學》雜誌。會員均須練習演說和辯論，每半月舉行演說和辯論常會一次，每學期開雄辯比賽大會一次。1918年1月27日，該會舉行第一次辯論會，辯論的題目是“科學與宗教之消長”，結果是主張科學發達必然導致宗教消亡的一派獲勝。蔡元培完全同意這一派的觀點。雄辯會活動吸引聽眾很多，十分活躍。當時北大學生中辯論活動頗為盛行，也很有趣。著名史學家周穀城曾幽默地講述了那時北大和清華學生校際之間辯論賽的情景：“當時我還是個學生，我們三個北大學生跟清華學校三個學生對辯。辯論三小時。辯論題約好，清華出一個，我們出一個，請蔡先生決定（相約要請一個有名的哲學家決定）。蔡先生看到我那個題非常高興，選了我的題：‘人類社會中不應有單獨的知識階級’。”“這場辯論，我想，題是我出的，又是蔡先生老人家選下的，這下肯定萬無一失，可以得勝。但結果我失敗了。當時評判員三人，胡適之為其中之一。辯論三個小時後，請胡適之宣布結果。他先講了一大堆好話，他說正方（即主張不應有知識階級）講的有道理，反方講的也有道理。但是他宣布我失敗了，說反方組織上好一些，正方在這一點上差一些。失敗了不算數，就是失敗的一方要向勝利的一方握手、言歡。我多難過，那麼千多人看著我，我失敗了，胡適之宣布我失敗了。那時候我以為我這一生的學術活動就完了。青年人有熱氣，怎麼受得了。臉都紅了，怕見得人。以後我跟胡適之就鬧翻了。”
由於蔡元培的熱心提倡和身體力行，一掃過去腐敗的校風，造成了濃厚的學術研究空氣。師生間問難質疑，互相切磋；著書立說，受到鼓勵；學術爭辯，各抒己見。胡適在他的幾次講演中，曾盛稱他初到北大教書時，得到和一些學生相互討論之益。同時在教員以及師生之間的學術討論中，也有著良好的民主風氣。如蔡元培在他的《中國倫理學史》一書中曾以“統攝諸德完成人格”，來作為孔子所說的“仁”的定義。青年教員梁漱溟不同意這個見解，認為“仁”隻是人們直覺的、情感的本能表現，即孟子所謂的“惻隱之心仁也。”批評蔡的定義空洞籠統，“雖然表麵上無可非議，然它的價值也隻可到無可非議而止。”又如，蔡元培著有《石頭記索隱》一書，對《紅樓夢》詳加考證，稱其為“清康熙朝政治小說也。”胡適在他的《紅樓夢考證》一書中，把蔡著歸於“附會的紅學”一類，指責其考證為“笨的猜謎”，“走錯了道路。”蔡則寫了《對於胡適之先生〈紅樓夢考證〉之商権》一文作為《石頭記索隱》第六版自序，為自己的見解辯護。在學術觀點上，蔡元培和梁、胡之間雖然有分岐，但並沒影響他們之間的關係。這種民主作風培育了良好的學術研究風氣。這時的北大，正如蔡元培所說成了“共同研究學術之機關”。
經蔡元培的大力提倡，北大學生中學術研究，蔚然成風；一些同學結合自己的專業興趣，從事著述，發表見解。如1918年9月，北大經濟係學生李亦軒所著《中國幣製統一論》一書，“甚為教授所激賞，且慫恿印行之”。蔡元培應其所請為之作序，稱讚：“李君此書，有實述以詳陳我國幣製之現狀，有危言以窮其流弊，有芻議以進改良之策。根據學理，臚陳統計，綱舉目張，不特足以備當局之參考，即普通人亦不可不一讀也。”又如政治係學生蕭一山，1920年入北大後，繼續致力於清史研究，充分利用北大豐富的史料，並得到李大釗的指導，完成了專著《清代通史》。李大釗為其撰寫的序文中，希望蕭氏能運用曆史唯物主義的方法論，把有清一代的曆史寫成中國國民的曆史。蕭一山在該書初版敘例中表示：“近世‘唯物史觀’之學說興起，謂經濟之趨勢，當求諸曆史；曆史之變遷，亦根據於經濟；二者有相互之關係，而曆史之因革，尤以經濟為轉樞。此蓋社會主義之大旨，而以目前的實際生計問題為中心者也。”1923年蕭一山的《清代通史》由北京中華書局出版，成為當時史壇的一件盛事，引起轟動。梁啟超稱讚他“非直識力精越，乃其技術，亦罕見也”。應當說，蔡元培這時大力提倡學術研究，培育了北京大學嚴謹勤奮、致力學術的優良學風。
這時蔡元培與教授們也時有學術交往和合作，如1918年夏，蔡元培邀約胡適、沈尹默、劉複等人發起編印一套普及性的《常識叢書》，組織編委會，他親擬簡章，確定以“國語記述切要之學理與事實而次第傳布之，使國內外年長失學者，均有補習常識之機會”。這套普及性叢書由商務印書館印行，其對象和內容分兩類：一為普通類以普通人所必需之知識為範圍，其內容為語典，國語文選，古書今譯，中外地理、曆史，中外風俗記，歐戰記事及其他各種科學。一為特別類專以國外僑工特別必需之知識為範圍，其內容為僑工常識，僑工衛生，僑工曆史，僑工組織，僑工小說，i會組織，工人經濟等。當時參加編委會認編的有：第一國語部（認編者：馬裕藻、朱希祖、胡適、劉複、錢玄同、沈尹默）；第二史地部（認編者：馬裕藻、朱希祖）；第三物質科學部（認編者：丁緒賢、秦汾）；第四精神科學部（認編者：胡適、蔡元培）；第五藝木部（認編者：李石曾、蔡元培）；第六閑書部（認編者：劉複）；第七僑工部（認編者：李石曾）。這反映了他們之間學術上合作之歡愉，而且這些名家從事學術普及工作也值得稱道。
蔡元培在北大提倡學術研究、思想自由，對當時思想界起了開創風氣的影響。呂思勉在《蔡孑民論》一文中曾寫道：
在他主持北京大學以前，全國的出版界，幾乎沒有什麼說得上研究兩個字的：不是膚淺的政論，就是學校教本，或者很淺近的參考用書。當這時代，稍談高深學術，或提倡專門研究，就會被笑為不合時宜。……還記得在民國八九年之間，北京大學的兒種雜誌一出，若千種的書籍一經印行，而全國的風氣，為之蟠然一變。從此以後，研究學術的人，才漸有開口的餘地。專門的高深的研究，才不為眾所譏評，而反為其所稱道。後生小子，也知道專講膚淺的記誦，混飯吃的技術，不足以語於學術，而慨然有誌於上進了。這真是孑民先生不朽的功績。……子民先生主持北大，所以能為中國的學術界，開一新紀元，就由其休休有容的性質，能使各方麵的學者，同流並進，而給與來學者以極大的自由，使與各種高深的學術，都有接觸，以引起其好尚之心。講學看是空虛無用，其實風氣的轉變，必以此為原因。
這裏，對蔡元培個人作用等的評述，未必精當，但它在一定程度上反映了當時的情形。