蔡元培曾明確地提出他在北大“第一要改革的，是學生的觀念”。那時北大學風不正，學生多為升官發財而求學，預科畢業的學生，多數以入法科作為選擇方向，就因為法科被認為是將來步入政界求得升官的一條捷徑。據統計，1917年年底，北大法科本科和預科在校生為841人，文科為418人，理科為422人，工科僅80人，法科的學生數幾等於文、理、工三科的總和。這種學科學生數的結構顯然是極不合理的，它不是體現社會對人才培養的合理要求，而恰恰反映了舊中國官僚政治的特點。蔡元培痛切地指出：“若徒誌在做官發財，宗旨既乖，趨向自異：平時則放蕩冶遊，考試則熟讀講義，不問學問之有無，唯爭分數之多寡，試驗既終，書籍束之高閣，毫不顧問，敷衍三四年，潦草塞責，文憑到手，即可藉此活動於社會，豈非與求學初衷大相背馳乎？光陰虛過，學問毫無，是‘自誤’也”。他初到北大即召集法科學生講話，勉勵他們去掉科舉時代的習氣，抱定宗旨，為求學而來。“入法科者非為做官，入商科者非為致富，宗旨既定，自趨正軌。”為了改變學生的觀念，蔡元培曾多次向學生懇切地指出：“諸君須知大學，並不是販賣畢業文憑的機關，也不是灌輸固定知識的機關，而是研究學理的機關。所以大學的學生，並不是熬資格，也不是硬記教員講義，是在教員指導之下，自動的研究學問的。”“學者當有研究學問之興趣，尤當養成學問家之人格。”他再三強調人生之目的為盡義務而來，現在求學是為將來服務社會的預備。“須知服務社會的能力，仍是以學問為基礎，仍不能不歸宿於切寒用功。”他要求學生要以研究學問為自己求學的宗旨。在他長校這一年，以校長名義贈給畢業生的銅尺上刻了他的題詞：“各勉日新誌，共證歲寒心。”表達了他對學生的希望。
為了上述目的，蔡元培除了積極延聘積學而熱心的教員，以引起學生研究的興趣；創辦研究所，為畢業生和高年級學生提供高深研究的機會外，還為學生研究學問創造各種有利條件。
第一，重視辦好圖書館，並整頓擴充實驗室，為學術和科學研究提供物質條件。蔡元培到校後即表示要盡力“籌集款項，多購新書”，做到“典籍滿架，自可旁稽博采，無虞缺乏矣。”原來學校預算沒有確定購書的款項，這時每年核定專款並規定不得移作他用。購書程序采取由圖書委員會向教授征集應購之書單辦法，再經審查確有必要後廣為采購。這時學校圖書館的規模有較大的發展。在李大釗任圖書部主任期間（1917年11月至1922年12月），“對各類圖書兼容互需”，積極充實，這時有中文圖書二十多萬冊，西文圖書二萬多冊，日文圖書一千多冊。其中購進了一批馬克思主義經典著作和介紹社會主義學說書籍，至今北大圖書館中還保存著當年購進的《馬克思恩格斯全集》、《共產黨宣言》、《資本論》、《家族起源》等英、日文版的經典文獻和許多介紹俄國十月革命的書籍；館內還專門開辟了“時事報刊閱覽室”和“介紹俄國革命經驗”的專題閱覽室。1920年12月1日《北京大學日刊》上刊登一則圖書館通告：“將本校所藏關於俄國革命問題之參考書二十三種，陳列本課第四閱覽室內，以備同學諸君披閱。”這從一個側麵反映了在蔡元培兼容並包的方針下出現的生動局麵，反映了馬克思主義在我國早期傳播的情景。
蔡元培對圖書館工作十分關心。當時北大經費拮據，圖書館的擴展受到很大限製。1921年蔡元培赴歐美考察教育期間，曾在各地華僑中為籌建北大圖書館進行了募捐活劫，並委托華僑和中國駐美各領事館代為募集，洛杉磯華僑還專門成立了北大圖書館集捐隊。他還同美國等有關方麵商談，結果，北大圖書館列為獲得設在華盛頓的卡內基國際和平會出版品的圖書館之一，美國國會圖書館也同意為北大提供一套完整的該館卡片。當時北大雖麵臨困境，但經蔡元培多次設法爭取圖書儀器經費，圖書館工作仍獲得進步。1922年北大圖書館分設中文、西文、古物美術三部，由單不廠、皮宗石、馬衡三教授分任三部主任。李大釗調任校長室秘書後，皮宗石為圖書部主任，顧孟餘等曾任校評議會圖書委員會委員長。這時中文圖書仍沿用《四庫分類法》編製出分類、著者與書名卡片目錄。1923年由袁同禮教授主持，編出西文書目三冊，政府出版品目錄一冊。館藏圖書除采購外，校內外人士和方麵也時有一些書刊捐贈。這時圖書資料的增加，為師生從事研究提供了必要的條件。但由於受到經費的限製，離蔡元培所要求的“典籍滿架”、“無虞缺乏”，還有很大距離。
第二，興辦學報，使師生“提起學理的研究心”，並有“交換知識之機會”。蔡元培認為大學教育要重在啟發學生有研究的興趣，求得新知，“有了學報，學生必要發布議論，斷不能抄講義，必要於人人所知的講義以外求新材料，就不能不研究學理了”。1918年校內曾發行《理科大學月刊》，由理科學長夏元琛負責，理本、預科全體教師組成審查部；以理本、預科每班學生中舉學問最優者為本班編輯員，刊登自然科學方麵論文。1918年秋，蔡元培鑒於“日刊篇幅無多，且半為本校通告所占，不能載長篇學說，於是有月刊之計劃。”1919年1月正式創辦了《北京大學月刊》，作為“本校教職員學生共同研究學術，發揮思想，披露心得之機關。”是全校性學術刊物。內容以刊登學術論文，“介紹東西洋最新最精之學術思想為主”，同時也登一些有文學價值的著作和譯文。當時決定，每年除7、8月暑假停刊、9月出臨時增刊一冊外，月出一期，每期約十萬字。由各研究所輪流編輯，校內新舊兩派教員曾對月刊形式問題發生過爭論。新派教員主張月刊文章一律橫排，並加標點，一些舊派教員則堅持仍用豎排直行式。蔡元培為此在日刊刊登了《啟事》，基本采納新派教員主張的文章橫排並加標點，但文學性質的不宜橫排者仍采用豎排法。蔡的啟事說：本校教授講師諸先生公鑒：月刊形式，已由研究所主任會公決，全用橫行，並加句讀符號。但諸先生中亦有以吾國舊體文學，形式一改興趣全失為言者。鄙人亦以為然。惟一冊之中，半用橫行，自左而右，半用直行，自右而左，則大不便於讀者。今與諸先生約，凡科學性質之文，有不能不用直行式者，請送至校長室，由鄙人編輯。為臨時增刊。稿多，則每年四冊，作為月刊以外之季刊。稿寡，則每年一冊，均無不可。請諸先生隨時賜稿，幸甚。
月刊開始由各研究所輪流編輯，1923年3月組成了月刊編輯部，由馮祖荀、丁西林、王星拱、李四光、譚熙鴻、胡適、沈兼士、朱希祖、陶孟和、顧孟餘、王世傑、陳啟修、朱經農等組成。
1922年，學校評議會議決出版自然科學、社會科學、國學和文藝四種季刊。由校長在全校教授、講師中延聘編輯員，分別組成四種季刊編輯委員會。當時聘請的自然科學組編輯員為：馮祖荀（主任）、秦汾、顏任光、丁西林、李書華、陳聘丞、王星拱、李聖章、李四光、王霖之、譚熙鴻、湯爾和；社會科學組編輯員為：王世傑（主任）、陶孟和、胡適、蔣夢麟、朱經農、張競生、朱希祖、黃黼馨、何海秋、周鯁生、燕樹棠、陳啟修、高一涵、張慰慈、李大釗、顧孟餘、馬寅初、陳大齊、陳源、楊棟林、皮宗石；國學組編輯員為：胡適（主任）、沈兼士、馬裕藻、錢玄同、蔡元培、顧孟餘、李大釗、劉叔雅、單不廠、王仲麒、鄭奠、朱希祖、周作人；文藝組編輯員為：蔡元培（主任）、沈尹默、胡適、魯迅、周作人、徐旭生、顧孟餘、宋春妨、陳師曾、錢稻孫、葉瀚、馬衡、肖友梅、楊仲子、張鳳舉。季刊是學術性較強的刊物，蔡元培不僅重視其內容質量，而且形式要美，他要求季刊的形式：（一）橫行用五號字；（二）紙張要好；（三）封麵要美；（四）標點符號要完備。自1923年起，社會科學季刊和國學季刊出版，但自然科學季刊和文藝季刊則因經費困難沒能實現。國學季刊已如前述。社會科學季刊一共出了六卷十五期，1936年停刊後沒有再出過。社會科學季刊發表過李大釗的《今與古》、《桑西門（Saint—Simon）的曆史觀》、《孔道西（Con-dorcet）的曆史觀》等文章。其他還有諸如陳啟修的《中國改造和他底經濟背景》、高一涵的《唯物史觀的解釋》、杜國庠的《由空想的社會主義到實行的社會主義》、周鯁生的《比較法學研究現狀》、陶孟和的《社會的研究》、陳大齊的《認識底理論的意義》、陳翰笙的《蘇聯的農業》、周佛海的《馬克斯（今譯馬克思）的勞動價值說》、王世傑的《中國奴婢製度》等等。雖然這些文著先後發表的時間跨度較大，但大體可以窺見這個時期社會科學研究的情況。此外學校的一些學會、研究會也定期出版學術性刊物。這時學報數量的增多，為師生提供了更多發表文作的園地。學報的創辦，對破除學生“專己守殘之陋見”，提高研究興會，“求有所發明”貢獻於社會，都起了很好的作用。