蔡元培實行的思想自由、兼容並包的方針，允許和鼓勵不同學派的發展，從表麵上看，似乎是一種不偏不倚、客觀主義的方針。其實不然。應該看到，這一方針的提出，是有其深刻的社會曆史背景的。
1911年辛亥革命推翻了延續二千多年的封建專製製度，使民主共和國的觀念深入人心；這一革命也衝擊了封建文化思想的陣地。但是，隨著辛亥革命的失敗，袁世凱的複辟帝製和二次革命的被鎮壓，在文化思想領域的複古逆流也就大肆泛濫起來。這時的北京大學仍然是一個頑固的封建文化堡壘，封建文化思想充斥各個學科，並竭力排斥資產階級新學。這一時期，原來的資產階級革命派內部雖然發生了很大分化，但新興的民族資產階級力量有所發展，知識分子的隊伍也進一步擴大，他們迫切要求擺脫帝國主義和封建主義的束縛，努力探索新的救國道路。於是，一場以挽救民族危亡為目的，比辛亥革命時期更為徹底的反封建的新文化運動，成為不可避免的了。正是在這種情勢下，蔡元培積極倡言並實行思想自由、兼容並包的方計。從這一方針的基本傾向看，也正是為了打破封建文化專製主義的桎梏，為資產階級新文化的發展爭得地盤。所以蔡元培在北大大力反對“數千年學術專製之積習一道同風之舊見”，大量引進和扶植新派人物，積極支持新文化新思潮。在一定意義上說，蔡元培的思想自由、兼容並包方針助成了北京大學成為新文化運動的搖籃，五四運動的發源地。
由此可知，蔡元培的“兼容並包”的辦學方針，並不是一種無原則、無目的、新舊良莠混雜的放任的方針，而是以扶植新派人物，促進新思想傳播，以適應革新需要為前提條件的。這是它特定的重要內涵，表現了它的進步性。同時，他實行兼容並包，廣延積學而熱心的教員，還同他整頓北大，改變其腐敗局麵的計劃相聯係的。他曾說：“大約大學之所以不滿人意者，一在學課之淩雜，二在風紀之敗壞。救第一弊在延聘純粹之學問家，一麵教授，一麵與學生共同研究，以改造為純粹研究學問之機關。救第二弊在延聘學生之模範人物，以整飭學風”。因此，他致力於引進新派學者，企求破舊催新，改變北大頑固守舊的風氣。有這樣一個事例：他到校不久，擬在北大開設法國文學、哲學、美術等講座，並曾為此寫信委托巴黎法華教育會邀請法國學者來華講學，他提出受聘者的主要條件，一是要求本人是“新黨”，一是能“熱心教授中國人，且不與守舊派接近者”。這反映了蔡元培思想的基本傾向，和他在校內積極引進和支持新派教員的做法是一致的。
蔡元培到北大後是從整頓文科入手的。因為文科教員中，頑固守舊人物不少，原來崇尚宋儒理學的桐城派居占優勢，是北大革新的障礙，且當時文科學長、舊派人物夏錫棋已辭職，因此亟需延聘具有革新思想的人物來主持和充實文科。於是，蔡元培到校後的第十天，即1917年1月13日，就聘請了以編輯《新青年》著名的陳獨秀來北大任文科學長（相當於後來的文學院院長）。
陳獨秀（1879—1942），字仲甫，安徽懷寧人。辛亥革命前後曾留學日本。早年在安慶組織“青年勵誌學社”，從事反清活動。1903年在上海創辦《國民日日報》，主張民主革命，反對君主專製。該報停刊後返回安徽，1904年在蕪湖創辦《安徽俗話報以其鮮明的民主革命立場，生動通俗的文字，在當時發生了很大的影響。與此同時，還組織半軍事性質的秘密反清團體“嶽王會”，自任會長，並一度到上海參加蔡元培等領導的製作炸藥的秘密小組，這成為他“初次和蔡先生共事”。辛亥革命後，先後擔任安徽都督府秘書長、安徽高等學校教務主任等職。“二次革命”失敗後，流亡日本。1915年夏回到上海，9月，獨力為群益書局主編《青年雜誌》（1916年9月第二卷起改稱《新青年》），高擎民主與科學的大旗，提倡新文化，鼓吹新思想，從而以此標誌著新文化運動的興起。蔡元培出長北大後，曾訪晤醫專校長湯爾和，了解北大的情況，並征詢文科學長的人選問題。湯向他舉薦陳獨秀，稱其“確可為青年的指導者”，並取陳主編的《新青年》十餘本給他看。其時陳獨秀正同亞東圖書館汪原放為編書局招股事到北京，住前門外一家旅館，北大預科國文主任沈尹默和他相遇後，也向蔡元培作了推薦。蔡元培過去對陳獨秀在新聞界的活動曾留有深刻的印象，佩服他辦報時表現出的“毅力和責任心”，這時經湯、尹的介紹，舊事重憶，他後來曾說：“我對於陳君，本來有一種不忘的印象，就是我與劉申叔君同在《警鍾日報》服務時，劉君語我：‘有一種在蕪湖發行之白話報，發起的若幹人，都因困苦及危險而散去了，陳仲甫一個人又支持了好幾個月’。”汪原放後來在《陳獨秀和上海亞東圖書館》一文中，也回憶了蔡對他說過類似的話，並表示“我很佩服他的毅力與責任心。”於是，蔡元培即往陳住處晤談，請其就北大文科學長之職。開始，陳以要回上海辦《新青年》相推辭，蔡元培說：“那沒有關係，把雜誌帶到學校裏來辦好了。”在蔡元培的堅請下，陳慨然應允。
當時同陳獨秀住在一起的亞東圖書館經理汪原放，曾記述了蔡元培往訪陳獨秀，求賢若渴的情景。他在日記中敘述了1916年12月26日蔡元培的第一次告訪：“早九時，蔡孑民先生來訪仲甫。道貌溫言，令人起敬，吾國之唯一人物也。”隨後，蔡又多次往訪，汪曾對人說：“蔡先生差不多天天要來看仲甫。有時來得很早，我們還沒有起來。他招呼茶房，不要叫醒，隻要拿凳子給他坐在房門口等候。後來我和仲甫商量，晚上早睡，早上要起得早些才好”。這種禮賢下士、求才心切的精神，深深地打動了陳獨秀，而他和蔡元培也早有過共事關係，對蔡的人格力量和革新精神也深為敬佩，所以經過懇談，即表示願同舟共濟，革新北大。
1917年1月11日，蔡元培即呈報教育部，請聘任陳獨秀為北大文科學長，呈文稱：“前安徽高等學校長陳獨秀品學兼優，堪勝斯任”。1月13日教育部即頒令任命。陳獨秀出任文科學長後，即以他主編的《新青年》為陣地，積極鼓吹新思潮；不久，他又毅然“甘冒全國學究之故，高張‘文學革命軍’大旗”，團結了一批新派教員，迅速地在校內形成了一個以《新青年》編者為核心的革新營壘。從這時起，陳獨秀和蔡元培一道，積極推動了北大文科的改革。
陳獨秀才思敏捷，辦事果敢，能打開局麵，成為蔡元培在北大革新的得力幹將。蔡元培對陳獨秀也極為器重和愛護，對他不檢細行的弱點也不求全責備。對他們兩人都有所了解的梁漱溟晩年曾評述說：“我認為蔡元培先生萃集的各路人才中，陳獨秀先生確是佼佼者。當時他是一員闖將，是影響最大，也是最能打開局麵的人。但是，陳這人平時細行不檢，說話不講方式，直來直去，很不客氣，經常得罪於人，因而不少人怕他，乃至討厭他，校內外都有反對他的人。隻有真正了解他的人才喜歡他，愛護他，蔡先生是最重要的一個人。由五四而開端的新思潮、新文化運動，首先打開大局麵的是陳獨秀，他在這個階段的曆史功績和作用，應該充分肯定，但是，如果得不到蔡先生的器重、愛護和支持，以陳之所短，他很可能在北大站不住腳而無用武之地。記得有一次校方召開北大三院教授會議，會上發生爭執，陳獨秀當麵直通通指責理科學長、科學家夏元瑮，使夏下不了台，會上不少教授對陳的盛氣淩人十分不滿，形成僵局，是蔡先生當場出麵解勸，才為陳解了圍”。這個評述是中肯的。應當說蔡元培對陳獨秀的看法是始終如一的，1933年亞東圖書館將陳在《新青年》上發表的文章彙集成冊出版，蔡為其寫的序中說：這部文存的文章，“大抵取推翻舊習慣創造新生命的態度，而文筆廉悍，足藥拖遝含糊等病，即到今日，仍沒有失掉青年模範文的資格。”
《新青年》雜誌原是由陳獨秀一個人負責編輯的。1917年初遷到北京，社址設在北池子箭杆胡同九號（即陳獨秀住處）。1918年1月，編輯部改組擴大，李大釗、魯迅、胡適、錢玄同、劉半農、沈尹默、高一涵等，都參加了編輯工作。這時《新青年》成為同人刊物，編輯員即主要撰稿人，並規定編委輪流編輯，每期一人，周而複始。這些新文化運動的風雲人物，也都是經由蔡元培或延續聘請或先後引進到北大任教的。蔡元培後來曾回憶說：“陳君任北大文科學長後，與沈尹默、錢玄同、劉半農、周啟民諸君甚相得；後來又聘到已在《新青年》發表過文學革命通訊的胡適之君，益複興高采烈，漸漸兒引起新文化運動來。”
李大釗（1889—1927），字守常，河北樂亭人。少年聰慧好學，矢誌於再興民族之事業。1907年考入天津北洋法政專門學校。辛亥革命後，著文深刻分析民權之旁落，對民國前途表示隱憂。畢業後一度在北京主編《法言報》。1913年底赴日本留學，入早稻田大學政治經濟學係。留日期間，參與組織革命團體——“神州學會”，秘密從事反袁運動。1916年回國後，主編《晨鍾報》。1917年初，應章士釗之請，任《甲寅》日刊編輯。先後發表的《〈晨鍾〉之使命》、《青春》等文章，以戰鬥的姿態投入了反對封建文化思想的鬥爭。