對於那些學術水平低下，不適合在大學任教的，不論中外教員，蔡元培都一律按聘約合同予以解聘。如品行不端的所謂“探豔團”團長、英文教員徐佩銑等，被解聘出校。當時北大有幾位外籍教員，多是由外國駐華公使館或我國駐外使館私人介紹來的。其中有的人不學無術，個別的品行不端，蔡元培即按照合同將他們停聘。1917年3月18日，蔡元培將不稱職的英籍教員克德來（Cartw right）、燕瑞博（Robert William Swallow）解職，《北京日報》並刊登了消息，結果引起軒然大波。先是，他們具呈控告北大及蔡元培，說是指稱他們不堪勝任教職，使其今後職業大受損害，為此要求索取一年薪金及克德來合同未滿之二年薪金；繼之，英國公使館公開出麵幹涉，向中國外交部提出抗議；最後，由英國公使朱爾典親自出馬，找蔡元培直接談判，進行恫嚇。對此，蔡元培毫不退縮和畏懼，據理批駁。當外交部和教育部多次來函詢問情況，要北大和平解決，並指責蔡元培不應在報端先行宣布時，他明確回答說：“本校辭退克教員，係按照合同第九條辦理，毫無不合”。“以是本校雖承貴部諄諄以和平解決相勸，而苦別無辦法。若該教員必欲赴訴，則聽其自由而已”。至於報端公布，應由該報自負責任，“不能謂出於本校之主使調唆”。在同朱爾典談判時，拒絕了對方要北大續聘的無理要求，這個帝國主義分子竟威脅說：“閣下願意作為證人出庭嗎？”蔡元培嚴正回答：“如果按照法律，需要我作證，我也許會出庭。”另一個法國教員被裁後也因此向法庭控告，蔡元培委托王寵惠出庭，因有聘約為據，對方無法得逞。這一時期被解聘的外籍教員還有牛蘭德（New-land）、斯華魯（Swallow）、倫特（Lent）、紐倫等。蔡元培後來論及此事時曾說：“那時候各科都有幾個外國教員，都是托中國駐外使館或外國駐華使館介紹的，學問未必都好，……我們斟酌了一下，辭退幾人，都按著合同上的條件辦的，有一法國教員要控告我，有一英國教習竟要求英國駐華公使朱爾典來同我談判。我不答應，朱爾典出去後，說：‘蔡元培是不要做校長的了’，我也一笑置之。”蔡元培為了祖國的教育事業，敢於頂住帝國主義分子的壓力，表現了他革新的決心和勇氣，顯示了中國人民的氣概。
由於廣延積學而熱心之士，使這時北大的教學質量和學術水平有了很大提高。許多學生稱讚大多數教授“學識豐富而有見解”；遠近學生也都慕名而來。
第二，對教員的品德也有一定的要求。蔡元培從人才難得，不能求全責備的觀點出發，“對於教員，以學詣為主。……其在校外言動，悉聽自由，”對於那些素行失檢者，隻要不荒廢功課，亦取自由主義態度；但他對此有一個要求，即“不誘學生而與之墮落。”所以他雖致力於邀約飽學之士來校任教，增進學生的智識；但亦十分注意學生品德的修養。如果教員的行為有影響學生墮落的危險，則無論他們的學識如何淵博，也不姑息。1918年蔡元培在北大發起進德會，在教職員中提倡個人道德修養，他特意婉請素行不檢的教職員入會。一年之後，將幾個雖有學術聲譽而私生活仍舊糜爛的教授決意解聘。
第三，要求講究教授法。蔡元培很重視培養學生的獨立研究能力，指出：“大學的學生並不是熬資格，也不是硬記教員講義，是在教員指導之下自由的研究學問的。”他要求教員能夠引導、啟發學生從事研究，反對那種“注水入瓶，注滿就算完事”的教學方法，認為大學中“全為注入式的講義，課程繁重，使學生無自修之餘暇，又安有自動之機會？”因此他曾把研究“教授法之良否”，作為學科教授會的一項重要任務。他到校後，即針對當時北大教學上的弊病，把“改良講義”作為一項重要計劃提了出來，主張“以後所印講義，隻列綱要，細微末節，以及精旨奧義，或講師口授，或自行參考，以期學有心得，能裨實用。”采取每門課都發給學生綱要式講義的辦法，對改進教授法起了很好的作用。當時北大教員的講義多是隨講隨印隨發，由於將講演內容印成講義分發，與口授不同，教員編寫時自然格外要求材料精確明晰；課堂講授時也不便簡單重複講義內容，這就需要擇其要者作新的補充和發揮；同時也不能年年照發舊講義，而必須有新的增訂和安排，所以這樣做對教學雙方都大有益處。當時北大一些教員為學生所編寫的講義，經過修改潤色後，就是一部學術著作。由學校出版的一套《北京大學叢書》，其中如胡適的《中國古代哲學史大綱》，陳大齊的《心理學大綱》、梁漱溟的《印度哲學概論》、《唯識述義》和《東西文化及其哲學》，徐寶璜的《新聞學大意》、胡鈞的《中國財政史講義》、陳映璜的《人類學》等，都是由講義而成書的。魯迅的《中國小說史略》，是一部對中國小說史具有開山意義的輝煌著作，它也是魯迅這時在北大講課用的講義修訂而成的。蔡元培對這項工作是極為重視的，常常為著作撰寫序跋介紹。如他為胡適的《中國古代哲學史大綱》作的序文中稱讚說：“先生到北京大學教授中國哲學史，才滿一年。此一年的短時期中，成了這一編《中國古代哲學史大綱可算是心靈手敏了”。並列舉了該書在證明的方法，扼要的手段、平等的眼光以及係統的研究等幾方麵的長處。他為徐寶璜所著《新聞學大意》一書寫的序中，稱讚他留美歸國後，根據往日所得之學理，證以近今所見之事實，參稽互證；他任新聞學研究會主任一年以來，四易其稿，“為此《新聞學》一篇，在我國新聞界實為‘破天荒’之作”。而對於魯迅的《中國小說史略》，他更是推崇備至。