北大作為國立大學最早實現男女同校，這是我國大學教育史上的一個創舉。這個成就是蔡元培積極倡導和勇於革新的結果，同時它也反映了五四時期新思潮的深刻影響。第一個進入北大的女生王蘭，曾這樣敘述她的思想變化：
這時正是新思潮發展的時候，我的弟弟在北大念書，常把些新思潮的雜誌帶給我看，或者把新思潮的根本道理講給我聽，我從此以後，腦筋裏便漸漸的添了些新思想，以前的舊思想逐漸減少，從前的舊生活也就逐漸覺得否認起來了。我入北大的動機實在很早，並非從新思想輸入後才發端的。不過往前那種想入北大的心，隻是因為男女教育太不平等，才激起的反動而已。直到新思想輸入後，這種觀念才算到成熟的日子了。
實行男女同校是對舊禮教的一次大衝擊，它勢必引起封建衛道者的恐懼和仇視。這一年四月教育部在給北大的公函中又重彈老調，稱：“旁聽辦法雖與招正科學生不同。唯國立學校為社會觀聽所係，所有女生旁聽辦法，務須格外慎重，……”軍閥政府大總統徐世昌也為此對北大進行所謂“告誡”。而這時控製北京政府的直奉兩係軍閥，對蔡元培極為不滿，男女共校問題也竟然成為他們對他進行迫害的一個口實。
但是，男女同校一經北大首倡，逐漸釀成潮流，全國各地學校紛起仿效。如上海、南京、廣州、天津、山西、福建等地的公私立大學，都開始陸續招收女生。這是任何反動勢力所阻擋不了的。
有這樣一個有趣的故事：在北大男女同校的影響下，燕京大學男女兩校準備合並，在他們召開的男女兩校聯歡會上，蔡元培被邀請作為男校代表致詞。蔡元培在講演時風趣地說：“秩序單上卻派我作北京男校的代表，我要說句笑話，我似乎不好承認。為什麼呢？因為我有幾個關係的學校，都不是專收男生的。如在法文專修館，我是掛名的館長；館中有女生兩人。在孔德學校，我是掛名的校長；校中一百多學生，女生比男生占多數。我所專任的是國立北京大學，現在也有女生九人。這幾個學校，可以叫作男校麼？”為了尊重主人，他還是代表北京男校致了祝賀之枕，但他仍借此機會重申男女同校的主張：“從前常常有人來問：‘大學幾時開女禁？’我就說：‘大學本來沒有女禁。歐美各國大學沒有不收女生的。我國教育部所定的大學規程，並沒有專收男生的規定。不過以前中學畢業的女生，並不來要求，我們自然沒有去招尋女生的理；要是招考期間，有女生來考，我們自然準考。考了程度適合，我們當然準入預科。以前沒有禁，現在也沒有開禁的事’。那時考期已過，有各處女生要求到校旁聽，我們審查資格後，允許旁聽的已有九人。今年暑假招考，如有女生來應試，一定照男生一樣辦理。所以我的本意，似乎不必有男校女校的分別。”
誠然，在當時的社會條件下，實現男女同校是很困難的。據有人統計，到1923年，北大男女生總數為2246人，其中女生僅11人，而全國這一年有女生的專科學校也僅占全國專科學校總數的三分之一。從這裏也可以看出，在二十年代初期，蔡元培在古老的中國，在北大實行男女同校革新的重大意義。難怪後來有人向一位日本女教育家介紹蔡元培首倡男女同校的情景時，使這位女教育家不勝感動，她流著眼淚說：日本沒有賢明的人作同樣的提倡，使我傷心。