四、預科的改革。由於當時各地高等學堂（相當於高中）程度不齊，因此在校內設預科，作為升入本科的準備。北大原來的預科，因曆年管理上的放任，形成了與本科競勝的半獨立狀態，竟至自稱為預科大學。在課程設置上，並不與本科銜接，而於預科第三學年，即授本科第一學年應授的課程，使學生升入本科後學習重複，失去興趣。同時，原來的預科是分為一、二兩部，分別作為升入文、理兩科的預備；這樣的編製亦不盡善，如一部預科學生須兼為文、法、商三科預備，課程繁多，沒有側重，分散了學生的時間和精力。改製以後，取消了原來的預科學長，將預科分別直屬於本科各科，為直接升入各科作預備，並受本科學長的管理。預科教授則按不同學門，分別與本科教授合組成教授會；預科中主要的課程，均由本科教員兼任。這樣，預科的課程和本科的課程銜接起來，糾正了預科脫離本科的獨立狀態。由於預科畢業生是北大本科學生的主要來源，有利於提高本科的質量。在學習年限上，將原來的預科三年，本科三年，改為預科二年，本科四年。
經過上述的調整、改革，雖因法科獨立的計劃受阻，使原來要把北大辦成文理兩科大學的設想未能實現，但已使北大由原來的文理法工商多科大學改變為文理法三科大學，且文理科的規模得到擴大，提高了質量。因此，改革後的北京大學實際上成為一所以文、理科為主的綜合性大學。
隨後，北大又進而廢門改係，正式設立學係，這是蔡元培在北大進行學科改革的一項重要措施。
蔡元培考察了科學演變的曆史及其發展趨勢，看到了學科之間互相滲透和相互交叉的特點，如他認為，以前心理學屬於哲學，而現在用實驗法，應列入理科，地理學的人文方麵，應屬文科，而地質地文方麵則屬理科，如此等等。他反對“專己守殘之陋見”，主張學科之間互相學習和補充，他指出：“治文學者，恒蔑視科學，而不知近世文學，全以科學為基礎；治一國文學者，恒不肯兼涉他國，不知文學之進步亦有資於比較。治自然科學者，局守一門，而不肯稍涉哲學，而不知哲學即科學之歸宿，其中如自然哲學一部，尤為科學家所需要；治哲學者，以能讀古書為足用，不耐煩於科學之實驗，而不知哲學之基礎不外科學，即是超然之玄學，亦不能與科學全無關係。”進而他認為，所以存在這種陋見，則和大學文理分科之流弊不無關係。他曾認為這種流弊，即：“文科之史學、文學，均與科學有關，而哲學則全以自然科學為基礎，乃文科學生，因與理科隔絕之故，直視自然科學為無用，遂不免流於空疏。理科各學，均與哲學有關，自然哲學，尤為自然科學之歸宿，乃理科學生，以與文科隔絕之故，遂視哲學為無用，而陷於機械的世界觀。”這些觀點是極有見地也是十分深刻的，它對於擴展學生的知識領域，破除“門戶之見”，局守一門之陋習，以及養成良好的學風，都是很有意義的。因此，蔡元培除主張把北大辦成文、理科為主的大學外，還提出必須融通文、理兩科的界限。學習文科各門的學生，不可不兼習理科中的某些門，如學習史學的，須兼習地質學，學習哲學的，須兼習生物學等；而學習理科的，不可不兼習文科的某些門，如哲學史、世界史等。他認為，目前按文、理科分門的辦法，容易造成兩者之間的界限，也往往出現使習文者輕理，學理者輕文的傾向。於是，1919年，采取分係製，廢去文、理、法科之名稱，改門為係。全校共有十四個係，即數學係、物理係、化學係、地質學係、哲學係、中國文學係、英國文學係、法國文學係、德國文學係、俄國文學係、史學係、經濟係、法律係。原來分屬於文、理、法三科的各學係，分別稱為第一院、第二院、第三院。第一院在漢花園（即沙灘）、第二院在馬神廟（今景山東街）、第三院在北河沿。一、二、三院名稱隻是各學係所在地區的標誌，不再是一級機構。