為薦任大學校校長事：北京大學堂前奉大總統令京師大學堂監督事務，由嚴複暫行管理，等因，業經該監督申報接任在案。竊維部務甫經接收，大學法令尚未訂定領布，北京大學堂既經開辦，不得不籌商目前之改革，定為暫行辦法。查從前北京大學堂職員，有總監督，分科監督，教務提調，各種名目、名稱，似欠適當，事權亦覺分歧。北京大學堂今擬改稱北京大學校；大學堂總監督改稱為大學校校長；總理校務；分科大學監督改稱為分科大學學長，分掌教務；分科大學教務提調即行裁撤；大學校校長須由教育部於分科大學學長中薦一人任之，庶幾名實相符，事權劃一，學校經費亦得借以撙節。現已由本部照會該總監督任文科大學學長，應請大總統任命該學長署理北京大學校校長。其餘學科，除經科並入文科外，暫仍其舊。俟大學法令領布後，再令全國大學一體遵照辦理，以求完善而歸統一。謹呈。
由是，京師大學堂正式改稱北京大學，嚴複為改名後的北京大學首任校長。不久北京大學又冠以“國立”兩字。
隨後，蔡元培在其主持製定並由他後任者頒布施行的《大學令》中，規定大學以教授高深學術、養成碩學宏材、應國家需要為宗旨，廢去忠君、尊孔等封建信條。確定大學分為文、理、法、商、醫、農、工七科，以文、理兩科為主，取消經學科；必須設有兩個以上之學科，其中有一科又應是文科或理科，方得稱為大學；大學畢業生稱學士，取消以“科第”為獎勵的辦法；大學設校長，統轄大學全部事務，各科設學長，主持各科事務；大學設教授、助教授，必要時得聘請講師；大學設評議會，為最高立法及權力機構，由各科學長及各科教授互選若幹人組成之，以校長為議長；大學各科設教授會，討論審定各科的教學事宜；大學設預科，學製三年，畢業後升入本科；大學設大學院，不定期限，為畢業生繼續深造之所。《大學令》進一步確定了我國近代大學教育的體製，體現了教授治校的原則。由於當時北京大學是唯一的國立大學，因而它成為北京大學的基本章程，確定了北京大學的教育方針和組織原則。在課程設置上，《大學令》頒布之前，蔡元培就認為原來京師大學堂規定的經學十四門，其中周易、論語、孟子等已入哲學門，詩、爾雅已入文學門；尚書、三禮、大戴記、春秋三傳已入史學門，已無再設經學科的必要。於是北大在嚴複任校長時即將經科和文科合並，廢止了經學科；另外將格致科改稱理科，仍共設七科。原高等學堂改為大學預科。1912年5月，北京大學本科和預科開始複課。在開學典禮上，蔡元培曾出席並發表演說，他在講演中強調“大學為研究高尚學問之地”。這是蔡元培對北京大學辦學宗旨的第一次闡述。
嚴複（1853—1921），字又陵、畿道，福建閩侯人。是經蔡元培遴選並由臨時總統任命的北京大學第一任校長。他是中國近代啟蒙思想家、翻譯家，早年畢業於福州船政學堂，後留學英國海軍學校。回國後任北洋水師學堂總教習、總辦。中日甲午戰爭後發表一係列主張變法維新的論文。他最早翻譯出赫胥黎的《天演論》，以“物競天擇，適者生存”、“與天爭勝”的進化論思想激勵國人，被時人稱為“嚴天演”。他還譯有亞當·斯密的《原富》、孟德斯鳩的《法意》、穆勒的《名學》等西方名著。他是最早向中國人介紹西方政治思想和社會思想的代表人物之一。辛亥革命後，他思想趨向保守，曾參與組織孔教會，列名籌安會，反對新文化運動。他出任北大校長期間，在十分困難的情況下，恢複學校，整頓組織，並在北大積極提倡外語教育，開設有資產階級文化思想內容的新課程，產生了較大的影響。嚴複在北大任職時間較短，1912年10月即辭職離京。
辛亥革命後，北京大學有了一定的發展。以畢業生為例，前清京師大學堂從1898年開辦到1911年的13年間，包括優級師範、預備科和附設的博物實習科在內，畢業生總共469人（其中預備科134人）。民國建立後，從1912年到1916年的五年間，畢業學生共684人。其中，1912年僅有預科學生128人畢業；1913年文、經、理、法、商、農、工七個專門分科及預科學生230人畢業，這是北京大學第一批有本科的畢業生；1914年畢業生63人，1915年畢業生8人，都是預科學生；1916年有文本科17人，理本科17人，工本科32人，預科189人畢業。至於在校學生，京師大學堂時最高年份約為四百多人，民國以後，北大曆年的在校學生略有增加。
教育事業的發展，也反映在教員數目的增加上。1911年京師大學堂教員總數為42人，1916年北京大學的教員總數已達148人；值得注意的是，職員增加的並不多，1911年為32人，1916年為44人。這一時期，北大也延聘了一些學有專長的知名學者，如黃侃（季剛）、陳黻宸（介石），馬裕藻（幼漁）、沈尹默、錢玄同、沈兼士、朱希祖、陳漢章、夏元瑮、夏錫祺、陶履恭（孟和）、俞同奎、馮祖荀、胡濬濟、溫宗禹、何育傑、張大椿、王建祖、馬敘倫、張耀曾、徐崇欽等。1915年冬，依據《大學令》的規定，設立了北大首屆評議會，由每科選舉評議員二人組成。當選的評議員為：文科陳黻宸、辜鴻銘，理科馮祖荀、俞同奎，法科張耀曾、陶孟和，工科溫宗禹、孫瑞林，預科朱錫齡、張大椿，校長胡仁源為評議會議長。
誠然，這種發展還是很緩慢的，當命的大學教育事業仍然十分落後。特別是辛亥革命後不久，革命的果實很快被北洋軍閥頭子袁世凱所竊奪，國家的情況一天一天地壞下去，教育事業橫遭摧殘，北京大學也處於困難境地。北大從1912年至1913年的短時期內，曾先後更換了五位校長：嚴複、章士釗、馬良、何燏時和胡仁源。其中除章士釗沒有到職外，前三任任職的時間都很短。這也從一個方麵說明了當時政局的動蕩不安。袁世凱反動政府曾先後兩次提出停辦北京大學。他一麵千方百計摧殘北大，一麵又陰謀拉攏北大師生支持其複辟帝製。1915年下半年，袁世凱在他複辟帝製的醜劇中，竟要封北大校長和教授為所謂“中大夫”、“下大夫”。這遭到胡仁源和教授們的嚴正拒絕。當袁世凱冒天下之大不韙，居然準備舉行“登板”大典時，北大廣大師生群起反對。文科教授馬敘倫立即辭職，表示抗議，一時有“桂冠教授”之稱。袁世凱雖然在全國人民的唾罵聲中可恥地死去，但這時掀起的尊孔複古逆流，仍然衝擊著文化思想領域。這股反動逆流在北大也有明顯的反映，這使得在校內原來還很微弱的新思潮受到嚴重壓抑。而且這時北大還保留過去舊衙門的作風，科舉時代的習氣仍很濃厚，學生研究學問的興味很低，因而往往受到社會的菲薄。蔡元培正是在這種情勢下，出任北大校長的。
從此，開始了北大曆史上的一個轉折。蔡元培對北大進行的全麵改革，使學校發生了重大變化。1917年底，北大文科教授吳梅製作了一首北京大學校歌，歌詞是：
景山門啟嬗帷，成鈞又新，弦誦一堂，春破朝昏，雞鳴風雨相親。數分科有東西秘文，論同堂盡南北儒珍。珍重讀書身，莫白了青青雙鬢，男兒自有真，誰不是良時豪俊，待培養出文章氣節少年人。
這首校歌雖然還透出很濃重的舊式經院氣味，但基本反映了這一時期北京大學的麵貌。