除了公開的心理戰之外，杜魯門政府還進行了隱蔽的顛覆性的心理戰，主要由新成立的中情局負責。隱蔽的心理戰具有許多優點，美國政府可以避免引發軍事報複、民族主義或者反美情緒。最初的秘密心理戰主要集中在西歐。在1948年法國和意大利的大選中，在美國通過種種心理戰手段幫助意大利基督教民主黨等右翼政黨在1948年大選中擊敗勢頭強勁的共產黨之後，更多的美國官員意識到心理戰的作用。但是此時歐洲的形勢仍然非常嚴峻，捷克事變和柏林封鎖使美國感受到了蘇聯的強大壓力。國務院又製定了反對共產主義的“有組織的政治戰”。將私人和政府的努力結合在一起來更加有效地對抗蘇聯和共產主義。因此國務院政策研究室主任喬治·凱南建議將秘密的心理戰延伸到受到共產主義威脅的自由國家，並呼籲國務院也要介入到針對蘇聯的秘密活動中，此外軍方也要求介入（注：FRUS 1945-1950： Emergence of the Intelligence Establishment， p269.） 。為此杜魯門總統於1948年6月18日簽署NSC10/2號文件，將秘密心理行動的權限從中情局擴展到國務院、國防部和國家安全委員會。文件要求以中情局為主成立一個新的組織機構，10/2小組，該小組設在國家安全委員會之下，直接接受總統領導，國務院和國防部派代表參加這個小組。小組的負責人由國務院提名，由國家安全委員會批準。在自由世界進行無限的隱蔽行動，包括宣傳、經濟戰、預防性直接行動，顛覆性行動等等。（注：NSC10/2， June 18， 1948， FRUS 1945-1950： Emergence of the Intelligence Establishment， p292.）
1948年12月，美國國家安全委員會又通過了NSC20/4文件，授權采取行動顛覆蘇聯陣營，迫使蘇聯采取守勢，使其衛星國成為獨立的實體（注：NSC20/4， U。S。Objectives with Respect to the USSR to Counter Sovriet Threats to U。S。Security。 FRUS 1948， Vol。 I， p662-669.）。與此同時，秘密的心理戰被用來達到美國的目的。 在NSC20/4的授權下，10/2小組在東歐進行了一係列秘密的心理戰活動（注：Peter Grose。 Operation Rollback： America’s Secret War Behind the Iron Curtain。 Boston： Houghton Mifflin， 2000.）。自由歐洲電台和自由電台也對東歐和蘇聯進行了大量的反蘇廣播宣傳（注：Arch Puddington。 Broadcasting Freedom： The Cold War Triumph of Radio Free Europe and Radio Liberty。 Lexington： University Press of Kentucky， 2000.）。
隨著朝鮮戰爭爆發以及NSC68文件被批準，心理戰獲得了前所未有的地位。到了1951年，美國的宣傳已經針對93個國家，美國之音以45種語言進行廣播，中情局也在以前所未有的規模進行著隱蔽的心理戰活動。
中情局
珍珠港事件幾乎摧毀了美國的太平洋艦隊，這不僅使普通老百姓大為震驚，也使政府當局得到教訓：像美國這樣強大富有的國家，居然也會喪失警惕，讓敵人鑽了空子。政府經過調查以後，發現曾有許多跡象警告說日本人打算有所行動，從四麵八方搜集的大量情報本來應該引起太平洋陸海軍司令官們的警惕，但是軍事情報人員所收集到的這些情報大部分被束之高閣，因為當時還沒有一個專職的中央情報組織負責分析這些情報並將其迅速分送有關當局。於是在戰爭的緊要關頭，弗蘭克林·羅斯福總統創立了美國第一個全國性的間諜機關——戰略服務處(Office of Strategic Services)。1945年4月，羅斯福總統逝世，杜魯門接任總統。杜魯門本身不喜歡搞秘密組織，華盛頓的各個情報機構趁機批評戰略服務處，認為戰略服務處機構膨脹、人浮於事、腐敗無能、嚴重親英等等，媒體也開始抨擊戰略服務處的不足。在此情況下，1945年9月杜魯門政府下令解散戰略服務處。
但是很快，杜魯門總統就發現沒有統一的協調和分析係統，美國的情報活動又陷入混亂和分散之中。互相矛盾的情報不斷湧向他的辦公桌，讓他無所適從。因此他認為很有必要成立一個新的情報機構。1946年1月，杜魯門口授了幾封內容相同的信給國務卿詹姆斯·貝爾納斯（James F。 Byrnes）、 陸軍部長羅伯特·派特遜 （Robert P。 Patterson）、海軍部長詹姆斯·弗萊斯特爾(James V。 Forrestal) 和總統軍事顧問威廉·李海(William D。 Leahy)海軍上將，指示這幾個人組成國家情報局來策劃、推動並協調一切聯邦對外情報活動。不久，情報局的這幾個成員又從他們主管的各部門中任命人員，籌措經費，組成了一個中央情報組來協助工作。杜魯門任命悉尼·索爾斯(Sidney W。 Souers)海軍少將為中央情報組組長。
但是，索爾斯海軍少將是在國務卿、陸軍部長和海軍部長的監督和指導下工作的，他的主要任務是核對和摘錄所有收集到的情報，然後將有價值的情報呈送給總統過目。很顯然中央情報組完全不能與當年的戰略服務處相提並論，因為它沒有自己的獨立預算，無權雇用和訓練自己的人員，而且夾在幾大權勢部門之間，很難放手開展工作。這使許多人認為一個中央諜報機關必須具有更大的獨立性和更大的行動自由。後來的國務卿艾倫·杜勒斯就是其中一個。
但是盡管有這樣的呼聲，中央情報組仍然繼續工作，組長更換了幾次。1946年6月，陸軍航空部隊的霍伊特·範登堡(Hoyt S。 Vandenberg)將軍接任索爾斯。在範登堡任組長期間，中央情報組有了突破性的發展。他為中央情報組爭取到了更多的經費和編製，並挫敗了聯邦調查局，奪取了該局在國外的情報網。在他帶領下，情報組開始獨立地秘密搜集情報，並對情報進行研究和分析。1947年5月，羅斯科·希倫柯特爾（Roscoe H。 Hillenkoetter）又接任範登堡。
隨著冷戰態勢加劇，從1946年開始，美國軍事指揮係統開始進行大幅調整，建立統一的中央情報機構也被提上日程。1947年7月26日，美國國會通過了《國家安全法》，下令統一國防機構，撤銷了中央情報組，代之以中央情報局，使其在國家安全委員會的領導下開展工作。
1947年的《國家安全法》為中央情報局具體規定了五項任務：向國家安全委員會提供協調政府各部門和機構有關國家安全方麵情報活動的情況；向國家安全委員會提供協調政府各部門和機構有關國家安全方麵情報活動的建議；聯係和評價有關國家安全的情報，為政府內部適當傳播情報，在適當的地點提供有用的機構和設施；為現存情報機構的利益，從事共同關心的輔助服務，以便更有效、更集中地執行國家安全委員會的決定；履行影響國家安全的有關情報的其他職能和義務，以便國家安全委員會能隨時進行指導。（注：National Security Act， July 16， 1947， Warner， ed。， p131-135.）
但是直到1949年，國會才授予中情局局長不向國會說明資金具體用途的權力，這使中情局從此在某種程度上擺脫了國會的監管。在1947年《國家安全法》下，國會要求中情局局長“保護情報資源和方法”，這就給了中情局長擺脫國會質詢的合法權利。
喬治·凱南曾明確地說道，美國沒有文化部，中央情報局有責任來填補這個空白。這是對中情局的重要肯定，這等於告訴人們，為了遏製共產主義，意識形態宣傳在自由世界也是十分必要的。雖然美國人在二戰中成為最大的贏家，但是在保守固執的歐洲文化麵前，新大陸仍然被看做一片文化沙漠。許多歐洲人認為，即使美國人再有錢，也是一群暴發戶和市儈。
因此中央情報局成立之初，就明確了其文化宣傳的目的：一是反共，遏製共產主義在世界範圍內的影響；二是塑造美國的新形象，也就是係統地、科學地塑造美國的生活方式和美國的形象，開展長期的思想運動，以此來輸出美國的價值觀和世界觀。
但是很快中情局就被賦予了新的任務。1947年西歐的政治形勢非常嚴峻，杜魯門政府感到美國應該在西歐對抗蘇聯的勢力和影響，並且要以一種隱蔽的方式來進行。當時歐洲許多持不同政見的政治領導人都在尋求美國的幫助，一些甚至持有強烈的反美情緒，因此美國認為使用隱蔽的方式是很必要的。此項任務自然而然地落在了中情局頭上。當杜魯門總統要求中情局秘密資助意大利基督教民主黨在大選中取勝時，時任中情局總顧問的勞倫斯·休斯敦（Lawrence Houston）認為這樣的行動是非法的，因為這與中情局的法定任務不符，既不是收集情報也不是分析情報。杜魯門政府則引用1947年國家安全法案中的102（d）（5）作為隱蔽行動的法律基礎，結果，隱蔽行動成為合法的外交政策工具，以促進國家安全利益。因為隱蔽行動具有靈活、隱秘、花費資金少、政治代價小等特點，從此每屆政府都會采用隱蔽行動來為美國的國家利益服務。（注：The Need to Know： The Report of The 20th Century Fund Task Force on Covert Action and American Democracy， The 20th Century Fund Press， 1992， p37.）