但是，隨著安史之亂的爆發，以及藩鎮割據局麵的形成，唐中央的一統天下遂趨於渙散、瓦解。北方的大部分收入落入藩鎮之手，“以賦稅自私，不朝獻於廷。”唐政府僅餘東南八道之賦，而且動輒被截，漕運量乃降至百萬石左右，大曆以後，更降為年40萬石的水平。到唐晚期，漕運時遭叛將抄掠，運量就更少得可憐。到僖宗光啟時，淮南強藩高駢阻斷運河，“自是貢賦遂絕。”可見，隨著唐集權統治的瓦解、垮台，漕運也告消亡。
宋元明清時期，是封建集權統治登峰造極及走向衰亡的階段。在這一時期，由於中央集權政治日益強大和鞏固，因此，與以前相比，漕運不僅規模巨大，而且有了相當的穩定性。但是到清末以後，由於封建王朝統治走向窮途末路，漕運也最終在曆史上消失。
北宋建立後，吸取了唐、五代以來“內輕外重”的慘痛教訓，全麵強化中央集權統治，於是形成了“一兵之籍、一財之源、一地之守，皆人主自為之”的政治局麵。其中在財政上，實行了“除藩鎮留州之法，而粟帛錢幣鹹聚王畿”的鐵律，充分發揮漕運的作用，對全國的財賦進行了最大限度的征調。
北宋在前代的基礎上，對運河進行大規模的治理和改造，形成了以開封為中心的放射型水運網，為漕運的迅猛發展，提供了優越的條件。宋初，江南尚未臣服，因此，每年僅能漕運北方百餘萬石糧食。到宋太宗統一全國之後，漕運的範圍便擴及各地。特別是通過汴河，將東南地區的大批糧物，源源不斷地運達京師，其中僅漕糧一項，即達每年400萬石，宋真宗時，又在汴河漕運量基礎上，確定了每年600萬石的定額。此後，東南漕糧基本穩定在這一水平上，最高時曾達800萬石。如果加上北方地區的130多萬石，北宋漕糧竟長期保持在730萬石，最高時曾達900多萬石。漕運在北宋的這一穩定、高水平的發展，其根源即在於北宋集權統治的嚴密和鞏固。到宋徽宗統治後期，朝政極端腐敗，漕運失去正常秩序，使漕運量大幅度減少，不久，北宋滅亡，漕運也隨之中斷。
元代雖為少數民族所建王朝，但卻繼承了以中央集權體製為核心的各項“漢製”，於是漕運仍盛行於世。由於元代定都於華北，拉長了與南方的距離，而華北的地勢又明顯高於南方，運河進入山東後問題叢生，加上當時南方尚未平定，因此，元初內河漕運極為艱難，向大都漕運的糧物相當有限。征服南宋後，元中央為了盡快地獲取江南財賦，乃轉而發展海運，放棄了代價過大的內河漕運。
從至元二十年首試海運成功後，海運就承擔了向京師供應糧食、物資的主要任務。最初，每年僅能海運幾十萬石，不久即達到百萬石以上，在更多的時間內接近200萬石，最高年運量為335萬石。到元末農民起義爆發後，元中央對南方的控製迅速瓦解，海運也隨之動蕩不定，不久便告結束。元代海運取代了河運，在中國漕運史上留下獨特的一頁。
明初政治與西漢初年相近，即在建立統一的中央王朝的同時，又實行了同姓分封製。因此，洪武一朝，雖有罕見酷烈的專製皇權，但中央集權政治卻尚未完全貫徹。北邊藩王既有數萬、乃至十萬以上的王府之師，承擔拱衛皇室的職責，又可節製沿邊駐軍，負責抗蒙軍務，因此權勢極大，之後終於釀成了建文時的“靖難之役”。因此，明初北方收入多不入京師，明中央則就近吸收東南財賦，以滿足自身需要。在上述背景下，漕運的發展就受到較大的限製，有關的記載也多語焉不詳。
明成祖登基後，厲行削藩，大力推行強化中央集權的措施，使明王朝的集權統治達到了更高的水準；同時，又繼承了定都北方以控全國的傳統，遷都北京，於是，漕運的地位迅即提高。明政府一麵繼續利用海運，一麵對荒廢的運河大加治理和改造，縮短了南北漕運的路線，為漕運的發展創造了便利的條件。永樂時，供應北京的漕運從每年200萬石，遞增至400萬石，此後漕運量便大體穩定在年400萬石的水平上，最高時超過了500萬石。萬曆中期，明統治出現了腐朽、混亂的局麵，加上淮河屢次泛濫，影響了運河的航行，漕運量較前有所下降。到明末農民起義席卷華北時，明中央號令難出國門，漕運才最終停止。
“清承明製”，清代的中央集權體製在明代的基礎上，進一步成熟。因此，清政府像明代一樣，對漕運也給以高度重視，在征服江南不久，就確立了向北京每年漕運糧食400萬石的製度。此後，這一數額一直維持在十九世紀中葉，最高時為420多萬石。即使在“三藩之亂”波及南方大部分省份時，清中央仍控製著江浙地區和運河，漕運量也沒有下降。
到鴉片戰爭以後，伴隨著西方資本主義勢力的不斷湧入，清中央集權帝國日趨衰落，1851年爆發的洪秀全農民起義，更加速了其瓦解的速度。太平天國起義後，迅速席卷了東南大部分地區，控製了清王朝最重要的財賦之源，並攔腰切斷了北上的漕運線，在經濟上卡住了清政府的脖子，沉重地打擊了清王朝的統治。在漕運中斷的形勢下，清中央被迫將南方漕糧的大部分改為銀錢征收，用做鎮壓起義的軍餉。其餘部分，則委托商船從海道北運，如1853-1855年，分別北運漕糧146萬、82萬和129萬石，數額都遠遠低於以前。太平天國失敗後，漕糧折征款項仍為湘、淮軍閥及地方所有，並不上交朝廷，清中央對日益強大的地方勢力已無可奈何，隻得默認現實，因而，漕運隻能維持在現有的水平上。
1872年，洋務派在上海成立了輪船招商局，逐漸將剩餘漕運的業務攬走。至此，與以往相比，漕運已發生了巨大的變化，其一，漕運規模大為縮小，這是宋代以來統一王朝所未有的現象；其二，原來純粹由政府組織和經營的方式，轉為政府出資、商人承運的新形式，與一般商運已無太大差別了。這表明了傳統的漕運已走向末路。1901年，由於財政狀況日益惡化，清政府無力承擔漕運費用，下令將漕糧改為現錢征收。但仍留下了十餘萬石的宮廷用米，直到辛亥革命後才最終結束。至此為止，中國的集權封建王朝統治退出了曆史舞台，與其並存已久的漕運，終於也壽終正寢了。
注：表中一般和最高年額出處，均見前述各代引文資料，其中唐代、北宋和元代的一般年額，是取的其大概平均數。折合今數，則是根據吳承洛先生的研究成果換算的。（參見《中國度量衡史》第72頁）
在秦代以後的幾大分裂時期裏，由於出現了幾分天下、互相對峙的局麵，因此，大一統的集權體製暫時退出了政治舞台。於是，統一的漕運也隨之消失。一般說來，此時割據政權的統治多不如統一王朝嚴密、鞏固，地方勢力往往稱強，如孫吳的江東大姓、東晉南北朝的鎮將和刺史、以及五代時的藩鎮等等，或仗勢橫行於地方，或恃兵肆虐於中央，東晉即有“王與馬共天下”之說。在此形勢下，割據政權對地方財賦的控製就比較弱；同時，頻繁的割據戰爭也消耗了地方的大量收入，因此，能夠供應京都的物資便大為減少，漕運乃趨於萎縮，甚或消亡。二十四史中有關這些時期的記載，罕有涉及漕運的資料，有關的水運記錄，多是臨時性的軍需供應，如曹操在滅袁氏殘餘時，開白溝等渠，以水運供給軍隊糧草；鄧艾伐吳時，修渠400餘裏，以泛舟運粟；北魏太和時，刁雍建議用水運取代陸運，以解決邊軍給養困難的問題；周世宗征淮南，才恢複了汴河的航運，如此等等。由此可見，當中央集權統治消失，對峙割據局麵形成後，漕運的發展就受到極大的限製，陷入了萎縮、停滯的困境。事實上，此時漕運的有關情況，也無從證實。這就從反麵說明了漕運與集權統治的關係，可謂是“榮損相俱”的。總之，漕運不僅因集權統治而產生，而且其興衰也由集權統治的變化所決定。