3.出讓價與補償價差異過大導致對補償行為的公平性質疑
“征用補償項目存在的問題是：……征地低價位補償與供地高價出讓反差明顯。在市場經濟條件下，土地用途的變化將直接帶來經濟效益的變化。除國家按規定用途采取劃撥土地的方式之外，凡采用出讓方式供地的，土地出讓價格都明顯高於征地補償安置標準。這就造成了同一土地因法律調整標準不同產生的不平等，即土地征用是用計劃經濟方式或者說非民事方式運作的，而土地出讓則是按民事方式運作。以農民集體所有權來說，政府獲取超市場的收益，顯失公平。”而事實上，政府通過土地所有買進和土地使用權賣出，確實使得政府財產總額大幅度增加。甚至陷入了一種“土地所有權沒有土地使用權值錢”的邏輯悖論中。造成了征地相對人的極度不滿。從而導致其對政府補償行為的公平性質疑。也是對“特別犧牲”理論“公共負擔”平等理論的深刻背離。因為無論按照哪種理論，正如被征地人的財產一樣，相對時期範圍內，政府沒有因物權流轉而出現財富增加的製度可能。
4.土地補償費和安置補助費的資金安全成為問題
根據《土地管理法實施條例》第26條的規定，到個體農民手裏的錢一般也就是地上附著物及青苗補償費。大量比例的金錢在農村集體經濟組織和安置單位的支配下。農村集體經濟組織天然的行政管理色彩和安置單位的經濟角色很可能提升資金風險。從而實際上損害了農民個體的權利。農民的法律權利一定程度上被擱置起來。成為孕育新農村經濟腐敗的溫床。
5.征地補償爭議的法律救濟途徑不通暢致使土地信訪案件激增
根據《土地管理法實施條例》結合行政訴訟法的規定，土地案件應當適用前置程序。在協調過程中，市、縣人民政府針對自己所作的行為，考慮較多的是地方經濟發展，總是希望能得到農民等群體的理解。而省級人民政府針對自己批準或國務院批準的行為，因無專職部門管理，裁決程序又逐漸演化成政策解釋和安撫工作。誠然，即使在一個法治水平非常之高的國度裏，也難免會有糾紛的發生，但法治的魅力在於能使糾紛依照法律途徑解決。正如周永坤教授所言“因為它將把中國的糾紛解決機製進一步引向人治，使法治更難實現。”
三、我國土地征收征用中國家補償之完善
（一）現行製度之剖析
1.土地物權的功能不完整
物權是權利人無須他人的意思或義務人的行為的介入，直接支配物的權利。所有權是物權中最完整、最充分的物權，是指所有人在法律規定的範圍內獨占性的支配其所有的財產的權利，所有人可以對其所有的財產占有、使用、收益、處分，並可排除他人的幹涉。那麼相應的，土地物權是指權利人支配土地的權利。土地所有權是土地物權中最完整、最充分的物權，是指土地所有人在法律規定的範圍內獨占性的支配其所有的土地的權利，土地所有人可以對其所有的土地占有、使用、收益和處分，並可以對抗他人的幹涉。即土地所有權的基本功能應該當然包括對土地的處分權，通俗地說，土地所有權人可以賣出土地。我國現行《憲法》第10條規定否定了土地可以買賣的基本物權功能。對於農村集體所有的土地，農村集體經濟組織所有權的功能縮減為占有、使用、收益三項權能。如果農村集體所有的土地一直不被征收征用，其所有者的角色已經處於長期被擱置的命運。而對於國有土地來說也是不能、也不願意賣出其所有權。因此，在我國目前是不存在也不可能存在土地所有權交易市場的。
隻有當土地的所有權有了市場價值後，才具有財產權意義和可評價性。所以，市場外，土地的所有權是無法被認定為財產的。使土地所有權遊離出市場之外。從而造成了一種製度悖論，即土地所有權無法認定其市場價值，但是政府征收時，又是以保護土地財產權而予以補償的。所以在製度設計對所有權的補償範圍和補償標準時，必然是一種想當然的設定。“保持原有生活水平”這一近似荒謬的補償規定才會得以產生。根本上上是沿用計劃經濟的做法來給土地強製定價。很顯然，計劃經濟的立法與市場經濟的期待產生了深刻的矛盾。造成了農民期待很高以及土地補償價與土地出讓價的巨大差異甚至是同期同區段補償差異過大的嚴重問題。從市場以及土地物權角度來看，邏輯是混亂的，即土地的所有權還沒有土地的幾十年使用權值錢。至此，土地所有權的商品化問題成了解決補償公平問題的關鍵所在。
2.受償主體錯位
在我國農民生存保障剛剛起步的情況下，對土地的補償包括生存保障金的成分。基於土地所有權和使用權的相關規定，受償主體內部必須合理分配補償款才能真正實現補償功能。首先，必須解決好土地補償款應當如何分配的問題。土地補償款是政府對土地所有權損失的補償，因此理論上應當分配給所有權人，即農村集體經濟組織。我國《土地管理法實施條例》第26條也是如此規定的。但是我們認為這種分配的合理性值得進一步研究。理由是：農村集體經濟組織的成立或存在是以土地為紐帶的，目的是為了農業生產合作。當整個集體經濟組織的土地或部分土地被征收後，維係和管理該片土地的集體經濟組織自然應當解散。如果是土地部分被征收，那麼農村集體經濟組織隻是對剩下的土地還有意義。如果大家還認為有合作的必要，那就是合資性的組織。因此，我們認為土地補償費應當按農業人口數平均分給村民。實踐中出現的公司性質的村民組織就是實踐對這種訴求的反應。其次，是解決安置補償費如何分配的問題。安置補償費是特定國情下，失地農民生存保障金的實現形式。根據我國《土地管理法實施條例》第26條的規定，安置補償費應當分配給安置主體，如企業或村民個人等。這是非常冒險的行為，不僅會使安置資金安全成為問題，而且，長時期內，會虛化農民的生存保障，完全是一種計劃經濟條件下的冒險行為。而公民的生存保障問題應當是現代政府的職能。但我國因經濟較落後等現實原因，政府一直沒有能力為廣大農民提供生存保障。在這種情況下，政府應當以監管者的身份將安置補償費強製納入為農民辦理養老、醫療甚至是失業保險。真正解決農民生存的後顧之憂。
3.法律救濟程序的低效率
根據我國法律的規定，土地補償糾紛適用行政程序前置，而且是兩道行政糾紛解決程序。解決主體不是征地實施機關，就可能是征地批準機關，這種不同於行政複議的自己是自己案件的法官的程序規定，不僅公正性受人質疑，而且低效率是必然的。加上實體法律製度本身存在瑕疵，即使到了司法階段，除了一些暴力執法可能得以糾正外，法院也無法真正對政府的補償行為進行法律審查。所以，法律救濟程序無論在行政階段還是在司法階段都可能是低效率的。在這種情況下，催生了大量的土地信訪案件的出現。大量土地補償法律糾紛通過法律體外循環的方式解決已經初步證明了行政和司法程序的低效率。因此怎樣進一步改進法律救濟程序成為緩解土地補償矛盾、建立和諧社會的重要命題。
（二）完善之構想
長遠來看，我國征地補償製度必須實現從計劃經濟補償模式到市場經濟補償模式的轉化。但近期內必須盡快地采取權宜之策，重新調整補償標準、受償主體和法律救濟程序，從而快速緩解征地補償的現實矛盾衝突。
1.長遠之策
市場經濟補償模式的建立是解決我國征地補償糾紛居高不下的根本途徑。在我國土地所有權是無價格的。在市場經濟的大背景下，土地補償製度必然陷入僵局。突破這個僵局有兩種選擇：一是修改憲法使農村土地集體所有變為農民私有。但是這種土地私有化的思路其弊端也是非常明顯的。為大多數學者所反對。“這是一個非常理想的方案，但是，由於中國的農村人口處在不斷的流動過程中，而土地資源十分有限，一旦在某個靜止的時間段內，實行土地不可逆轉的私有化，那麼將會導致中國的農村問題趨於複雜化。在土地所有製結構改革方麵，我們麵臨的最大問題是，土地資源的稀缺性和農村人口的不斷增加之間存在著深刻的矛盾，穩定的土地法律製度設計和不斷變化的人口增長之間難以完全調和。”而且，土地私有缺乏法理根據，曆史上無論是農民個人或是農村集體經濟組織都不曾支付對價，現在也不可能支付。二是走農村土地國有化的道路，使土地集體所有轉變為國有，實現土地所有二元結構向一元結構的轉變。這是在農村集體經濟組織民事主體功能和管理功能嚴重衰退的新形勢下，使農村集體經濟組織的民事角色徹底淡出的一種廣為推崇的思路。我們認為這種思路比較符合我國曆史和國情。但必須謹慎的研究和解決與土地國有化相關聯的一些製度。
2.權宜之策
既然我國現有製度決定了在土地征收中土地無價的必然性，而大家又一致認為現行補償標準過低，那麼提高土地補償標準的社會條件已經具備。提高現行補償標準已經勢在必行。暫時隻能通過我們的經驗來提高補償標準。從而迅速有效地緩解社會矛盾。除此之外，要回歸土地補償費的受償主體，使土地補償費歸屬於農民個人，安置補償費應當在政府監管下，轉化為對農民不同程度的社會保險。進一步完善土地補償法律救濟程序，必要時設置土地巡回法庭，避免地方幹預與行政幹預影響糾紛解決的公平與效率。當然這又是擺在我們麵前的又一個重要的命題。