通過分析，嚴琦認識到，當時陶然居的生產、經營、管理、技術，還沒有完全達到連鎖經營的要求，還不充分具備連鎖經營的條件，因此，一些連鎖店經營不善，甚至倒閉。問題的症結找到了，嚴琦采取果斷措施：不再新成立連鎖店，繼續擴張的新店，一律采取聯合經營方式或者直接經營方式，使總公司甩掉連鎖店的拖累，便於輕裝上任，固本強身。總公司主要精力放在技術人才培訓、原材料基地建設和對聯合企業的管理上，待條件成熟後，再回頭采取連鎖經營方式。
思路明確了，新的舉措便應運而生了。嚴琦投入巨資，先後在重慶白驛市、貴州紅楓湖、廣西北海、四川青山城等地建立了8萬多畝的田螺、海鮮生態養殖以及板鴨、臘肉加工生產基地和物流配送中心，並創辦了占地20多畝、配套設施齊全的陶然居餐飲職業培訓技術學校，無論是原料還是人才，都靠自己輸出，形成了一個龐大的多方位全麵連鎖係統。
有了科學配套的管理係統，有了源源不斷的基地原材料供應，有了完整的資金鏈條，有了低、中、高級各類人才儲備，陶然居具備了再次擴張，向龐大的直接經營方向發展的雄厚基礎，嚴琦的餐飲航母，再次向波濤洶湧、旋渦叢生的商海突進！直營方式，這意味著陶然居品牌的進一步提升，也標誌著在完成了原始積累並取得階段性成果之後，陶然居進入“二次創業”時期，即把品牌做大做強做實，力爭把“陶然居”打造成中國餐飲第一品牌，並進軍海外，為中華民族餐飲業的發展做出應有的貢獻。這一具有戰略眼光的調整，陶然居在全國各地的分店，又如雨後春筍，蓬蓬勃勃地發展起來，擴張到了七十多家。
為實現多年來“扛起重慶餐飲業大旗”的夙願，回報家鄉，2000年，嚴琦應重慶市政府號召，毅然回師重慶。在短短的兩年時間裏，先後在南方花園、解放碑、南濱路、沙坪壩開起四家精品店，加上原來的白市驛店，僅重慶地區分店的營業麵積便接近15000平方米。這一係列的大手筆，標誌著陶然居開始向“規模化、精品化”方向發展，開始了扛起渝菜大旗的壯舉。
2004年10月4日，嚴琦的陶然居毅然到北京搶占屬於她的市場份額！在朝陽門的黃金地段，開了她在全國最大的店，麵積6000多平方米。嚴琦說，隻有在北京擁有自己的根據地，才能真正大氣，才真正衝出了夔門，衝出了四川盆地。她認為，北京是政治文化的中心，不到北京來開店，就不叫全國連鎖，一定要占領北京的餐飲市場，才會感覺到在全國市場占有了一定份額。
然而，北京餐飲市場競爭的慘烈，出乎她意料之外。北京分店開業後，開始生意還是不錯，但是三個月以後，生意就沒有開始時好了，有時候甚至還十分糟糕，一個月下來就要賠三十幾萬，這樣連續賠了一年多，一年下來虧了四百多萬。當時她的丈夫跟她說，誰都不願意做賠本生意，在北京這個地方肯定做不了，是不是把它關掉？但嚴琦對自己的選擇，感覺不會有多大的失誤；而且她認為，北京店虧損隻是暫時的，她決定堅持扛下去。在與丈夫對是否要在北京繼續開店上產生分歧後，嚴琦最後在丈夫麵前做出了決定：如果丈夫不願意繼續在北京開店經營，自己就一個人留下來經營，她相信自己有足夠的信心和能力把北京市場做好。因為嚴琦認為：做生意，不應當今天想從事餐飲行業，明天想從事房地產，後天想從事貿易，或者冒出更多的不切實際的想法。經營陶然居，就跟挖井是一樣的，你今天挖一口井沒有水，然後又挖第二口井，然後又去挖第三口井，這樣很難挖出水來，如果一直挖一口井的話，那裏邊肯定會挖出更多的水來。她要丈夫相信自己的執著，特別是要相信作為一個女性對自己的事業的執著和悟性……
嚴琦憑靠堅忍不拔的毅力、敏銳的把握市場脈搏的眼光和精明經營方略，在北京站穩了腳跟。它主營陶然居特色菜，兼及粵菜、茶樓及風味小吃、夜宵等，可滿足高中低不同層次消費者的需求，是陶然居目前規模最大、檔次最高的分店，更兼容古典與現代之美於一體，在全國同行業中可謂少有的經典之作。接著，她又在北京創辦了第二分店……
集團化發展
隨著企業的做大做強，嚴琦開始積極調整發展思路，朝著集團化方向邁步。2005年，她以餐飲為龍頭，毅然涉足生態養殖、物流配送、人才培訓、連鎖經營、食品加工等跨行業集團，先後在廣西北海，貴州紅楓湖、百花湖，青城後山，重慶白市驛等地建設了八大生態種植、養殖基地，其中水產水域養殖麵積達8萬多畝。
2006年，嚴琦積極參與社會主義新農村建設，投入2億多元在白市驛高田坎村興建占地803畝，集觀光休閑、生態餐飲、園林文化、人才培訓等為一體的“陶然居建設社會主義新農村示範基地”，從此走上了差異化經營之路。
2007年1月，嚴琦投資2000萬元打造了震撼業界的“新概念、精品重慶菜――重慶會館”。
2008年6月，嚴琦又在北部新區照母山植物園內大手筆打造了以“民間傳菜，品味千年”為主題的“陶然古鎮”；2008年8月，以“陶然大會館，商務頭等艙”為經營理念的“陶然會館”驚豔出閣，成為重慶餐飲界的一大亮點。
2009年6月，以“美麗人生，情滿兩江”為經營理念的“兩江會館”也以它美麗的身姿出現在人們的視野中。
經過10餘年的艱苦創業，陶然居以其雄厚的實力成為“中國川菜第一品牌”。而在2010年10月公布的《2010年胡潤餐飲富豪榜》中，嚴琦亦名列其中。