1.兩道防線的實施主體不同。如前所述，警示訓誡防線的實施主體具有廣泛性，各級黨政組織負責人和紀檢監察機關的負責人等，都可依據分級實施的原則，對所轄範圍的警示訓誡對象組織實施警示訓誡。但黨紀國法防線的實施主體則是特定的。就黨的紀律而言，比如《中國共產黨章程》和《中國共產黨紀律處分條例》，是由黨的中央委員會製定的，是黨員必須遵守的基本行為規範。因此，黨紀的適用，對黨員的處理是由各級黨組織和黨的紀律檢查機關負責實施的。就國家法律而言，其實施主體有更嚴格的限定。法律的適用，是指人民法院和人民檢察院等國家司法機關及其公職人員按照特定權限實施法律的專門活動，法律的實施主體是特定的、專業的，是國家司法機關及其公職人員代表國家實施的。所以，兩道防線的實施主體存在很大的差異。
2.兩道防線的性質不同。警示訓誡防線主要是通過組織程序和組織措施，對黨員幹部的提醒、教導、告誡和糾錯，避免嚴重腐敗行為的發生和發展，所以，警示訓誡防線是一種具有規範性的腐敗預防線，這是警示訓誡防線的基本性質。黨紀國法防線則是通過對腐敗行為以懲處來治理腐敗行為的，其對腐敗現象和行為的警示教育作用是通過懲治腐敗的威懾作用而間接實現的，因此黨紀國法防線在性質上應該是一道腐敗懲處線。兩道防線性質上的差異，也決定了兩道防線用以解決的問題的性質也存在很大差別。這裏有一個很重要的判斷標準，就是看是否違紀違規。行為違紀違規了就進入黨紀國法懲處的範圍，沒有違紀違規，或者輕微違紀違規，未達到黨紀國法懲處的限度要求，就屬於警示訓誡防線處理問題的範圍。要嚴格區分兩者的界限，堅決杜絕和防止用警示訓誡防線替代黨紀國法防線；也堅決反對懲辦主義，對腐敗行為不加區分，能教育預防的不預防，能幫助糾錯挽救的不去積極挽救的錯誤思想。因此，就行為從錯誤傾向到非法的發展過程來看，警示訓誡防線應該是黨紀國法防線的上位防線，警示訓誡防線解決不了的問題才歸黨紀國法防線解決。
3.兩道防線產生的依據不同。警示訓誡防線產生的依據是《中國共產黨章程》、《中國共產黨黨內監督條例》、《建立健全教育、製度、監督並重的懲治和預防腐敗體係實施綱要》等黨內文件和政策，是黨內教育、監督、批評的製度化。依據黨管幹部的原則，結合行政監察權的運用，警示訓誡防線也適用於非黨員幹部。黨紀國法防線產生的依據有《中國共產黨章程》、《中國共產黨紀律處分條例》等重要規章，更多的是憲法、刑法、行政法等法律法規，是有關法律法規中關於反對和懲治腐敗的法律規定的統一運用。簡單地說，兩道防線產生的依據，一個是黨內規章和相關行政規章，重點是黨內規章；一個是除黨內規章、行政規章之外更多的是國家法律，兩者存在明顯的區別。由於兩道防線產生的依據不同，兩道防線的強製力也存在明顯的差異，警示訓誡防線依賴於組織強製性，黨紀國法防線除過組織強製性，更多的是依賴於國家法律強製性。因此，黨紀國法防線作為警示訓誡防線的下位防線，對反腐倡廉起著最後的，也是最關鍵的屏障作用。
（三）三條防線關係的簡單總結
以上分別探討了警示訓誡防線與思想道德防線、警示訓誡防線與黨紀國法防線之間的關係，可以清楚地看到，警示訓誡防線是介於思想道德防線和黨紀國法防線之間的一道防線，是對思想道德防線和黨紀國法防線的補充和完善。所謂“補充和完善”的意義就在於思想道德防線和黨紀國法防線之間事實上存在著反腐防腐的一個邊緣地帶或者叫過渡地帶。因為，當一個人超越了思想道德防線的約束，出現腐敗萌芽和輕微違紀違規的時候，思想道德防線將不能單獨再對此種行為具有有效的約束力。另一方麵，當此種行為尚未發展到可以用黨紀國法懲處的最低限度時，黨紀國法防線也不可能對此種行為產生約束力。因此，從製度建構的意義上，在思想道德防線和黨紀國法防線之間就出現了一個兩條防線都無力觸及的區域，一些違背思想道德而又未觸犯黨紀國法的問題的解決會無章可循，無法可施。構建警示訓誡防線正好解決了這一問題。在當前國家體製機製轉換過程中，在規章製度還很不完善的情況下，處於“邊緣”、“過渡”區域的問題，有時涉及的麵和人比較多，正確解決好這些問題，對於大局甚為重要。通過構建警示訓誡防線，把思想道德防線和黨紀國法防線進行了有機的結合，形成反腐防腐的三道屏障，使腐敗預防和腐敗治理完全納入製度化軌道，對反腐倡廉將產生重要的作用和深遠的意義。