外事稍稍平靜，朝內爭論國本的問題，又複進行。先是萬曆二十一年，王錫爵複邀內召，既入朝，仍密請建立東宮，昭踐大信。神宗手詔報答，略雲：“朕雖有今春冊立的旨意，但昨讀皇明祖訓，立嫡不立庶，皇後年齡尚輕，倘得生子，如何處置？現擬將元子與兩弟，並封為王，再待數年，後果無出，才行冊立未遲。”原來王恭妃生子常洛，鄭貴妃生子常洵，周端妃複生子常浩，所以有三王並封的手諭。錫爵想出一條權宜的計策，欲令皇後撫育元子，援引漢明帝馬後，唐玄宗王後，宋真宗劉後，取養宮人子故事，作為立儲的預備。議雖未當，不可謂非煞費苦心。神宗不從，仍欲實行前諭，飭有司具儀，頓時盈廷大嘩。禮部尚書羅萬化，給事中史孟麟等，詣錫爵力爭。錫爵道：“並封意全出上裁，諸公奈何罪我？”工部郎中嶽元聲，時亦在座，起對錫爵道：“閣下未嚐疏請並封，奈何誤引親王入繼故例，作為儲宮待嫡的主張。須知中宮有子，元子自當避位，何嫌何疑？今乃欲以將來難期的幸事，阻現在已成的詔命，豈非公爭論不力麼？”這一番話，說得錫爵啞口無言，不得已邀同趙誌皋、張位等，聯銜上疏，請追還前詔。神宗仍然不允。已而諫疏迭陳，錫爵又自劾求罷，乃奉旨追寢前命，一律停封。未幾錫爵又申請豫教元子，於是令皇長子出閣講學，輔臣侍班。侍臣六人侍講，俱如東宮舊儀。
越年，錫爵又乞歸，特命禮部尚書陳於，南京禮部尚書沈一貫，入參閣務。於入閣，與趙誌皋、張位等，誼屬同年，甚相投契，怎奈神宗深居拒諫，上下相蒙，就是終日入直，也無從見帝一麵，密陳國政。當時京師地震，淮水泛決，湖廣、福建大饑，甚至乾清、坤寧兩宮，猝然被火，仁聖皇太後陳氏又崩。陳皇後崩逝，就此敘過。天災人患，相逼而來，神宗全然不省，且遣中官四處開礦，累掘不得，勒民償費；富家巨族，誣他盜礦；良田美宅，指為下有礦脈，兵役圍捕，辱及婦女。開礦本屬不利，而舉行不善，弊至於此。旋複增設各省稅使，所在苛索。連民間米鹽雞豕，統令輸稅。直是死要，毫無法度。全國百姓，痛苦的了不得。於日夕憂思，屢請麵對，終不見報。乞罷亦不許，遂以積憂成疾，奄奄至斃。張位曾密薦楊鎬，鎬東征喪師，位亦坐譴，奪職閑住。趙誌皋亦得病而終，另用前禮部尚書沈鯉、朱賡入閣辦事，以沈一貫為首輔。惟是建儲大事，始終未定。鄭貴妃專寵如故，王皇後又多疾病，宮中侍役，預料皇後若有不諱，貴妃必正位中宮，其子常洵，當然立為太子。中允黃輝，為皇長子講官，從內侍察悉情形，私語給事中王德完道：“這是國家大政，恐旦夕必有內變。如果事體變更，將來傳載史冊，必說是朝廷無人了。公負有言責，豈可不說？”德完稱善，即屬黃輝具草，列名奏上。神宗覽奏，震怒非常，立將德完下獄，用刑拷訊。尚書李戴，禦史周盤等，連疏論救，均遭切責。輔臣沈一貫，方因病請假，聞了此事，忙為奏請。神宗意尚未懌，命廷杖德完百下，削籍歸田，複傳諭廷臣道：“諸臣為德完解免，便是阿黨，若為皇長子一人，慎無瀆擾，來年自當冊立了。”無非是空言搪塞。