至若李善長賜死一案，仍是被胡惟庸牽連。善長弟存義，與惟庸結兒女親，惟庸得罪，存義本須連坐，太祖因顧念勳戚，赦他死罪，貶置崇明。善長未嚐入謝，遂致太祖懷恨。善長又營建大廈，向信國公湯和，假用衛卒三百名，湯和雖是應允，暗中恰封章入告。已而京中吏民，為黨獄誅累，坐罪徙邊，共約數百人，內有丁斌等係善長私親，善長替他求免，益觸主怒，竟命將丁斌逮問。斌本給事胡惟庸家，一經訊鞫，反將李存義當日，如何交通惟庸情事，和盤說出。丁斌不至如此沒良，總由獄吏承旨誘供之故。刑官不好怠慢，複逮李存義父子嚴訊。存義父子，熬刑不住。又把通逆情由，諉與善長。恃彼為韓國公耶？那時一班朝臣，希承意旨，聯章交劾善長，統說是大逆應誅。落井下石，令人悲歎。太祖還欲議親議功，格外寬宥，貓拖老鼠，裝什麼假慈悲。偏偏太史又奏言星變，隻說此次占象，應在大臣身上，須加罰殛，於是太祖遂下了嚴旨，賜善長自盡。可憐善長已七十七歲，活活的投繯畢命。所有家屬七十餘人，盡行被戮。隻有一子李琪，曾尚臨安公主，得蒙免死，流徙江浦。既說占象應在大臣，則善長一死足矣，何必戮及家屬多至七十餘人。外如吉安侯陸仲亨，延安侯唐勝宗，平涼侯費聚，南雄侯趙庸，江南侯陸聚，宜春侯黃彬，豫章侯胡美，即胡定瑞。滎陽侯鄭遇春等，一並坐獄論死。總算殺得爽快。太祖且條列諸臣罪狀，作奸黨錄，布告天下。
當時隻有虞部郎中王國用，痛善長被誣，浼禦史解縉起草，替他訟冤。拜本上去，好似石沉大海，毫無複音。國用還是運氣，否則又將下獄矣。太子標仁恕性成，心中很過不下去，頗肖馬後。至進諫被責，越覺怏怏。會太祖以關中險要，竟欲遷都，秦王恐失去封地，頗有怨言。太祖又召還拘禁，命太子親往關中，卜都相宅，並調查秦王過失。太子還都，代陳秦王無罪，涕泣請免。太祖尚未深信，太子遂憂悒成疾，於洪武二十五年夏月，瞑目歸天。喪葬禮畢，諡為懿文太子。前回結末數語，至此方一律敘清。
是時太祖已迭納數妃，連生十數子，椿為蜀王，皇十一子。柏為湘王，皇十二子。桂為代王，皇十三子。為肅王，皇十四子。植為遼王，皇十五子。為慶王，皇十六子。權為寧王，皇十七子。為岷王，皇十八子。為穀王，皇十九子。鬆為韓王，皇二十子。模為王，皇二十一子。楹為安王，皇二十二子。為唐王，皇二十三子。棟為郢王，皇二十四子。為伊王，皇二十五子。連從前所封九王，共得二十四子。這二十四子中，惟燕王棣最為沉鷙，太祖謂棣酷肖自己，特別鍾愛。至太子薨逝，意欲立棣為儲君，隻因太子已生五子，嫡長早殤。次子叫作允，即建文帝。年亦浸長，倘或舍孫立子，未免於禮未合，乃親禦東角門，召群臣會議。太祖先下諭道：“國家不幸，太子竟亡。古稱國有長君，方足福民，朕意欲立燕王，卿等以為何如？”學士劉三吾抗奏道：“皇孫年富，且係嫡出，孫承嫡統，是古今的通禮。若立燕王，將置秦王、晉王於何地？弟不可先兄，臣意謂不如立皇孫。”援經立議，不得以靖難兵變，咎及三吾。太祖聞言，為之淚下，乃決立允為皇太孫。
先是太子在日，涼國公藍玉，與太子有聞接戚誼，嚐相往來。接入前回藍玉事，以便承上啟下。自北征還軍，語太子道：“臣觀燕王在國，舉動行止，與皇帝無異。又聞望氣者言，燕有天子氣，願殿下先事預防，審慎一二！”太子道：“燕王事我甚恭，決無是事。”藍玉道：“臣蒙殿下優待，所以密陳利害，但願臣言不驗，不願臣言幸中。”太子默然。及藍玉趨退後，未免有人聞知，傳報燕王，燕王銜恨不已。及太子薨逝，燕王入朝，即奏稱：“在朝公侯，縱恣不法，將來恐尾大不掉，應妥為處置”雲雲。這句話，雖是冠冕堂皇，暗地裏卻指著藍玉，請太祖按罪嚴懲。藍玉桀驁如故，一些兒不加檢點，尋又出捕西番逃寇祁者孫，並擒建昌衛叛帥月魯帖木兒，威焰愈盛，意圖升爵。哪知太祖反冷眼相待，並不升賞。至皇太孫冊立，乃命他兼太子太傅，別召馮勝、傅友德歸朝，令兼太子太師。玉攘袂大言道：“難道我不配做太師麼？”嗣是怏怏不樂。遇有入朝侍宴，所有言動，一味驕蹇，太祖越加疑忌。從此玉有奏白，無一見從。玉嚐私語僚友，指斥乘輿道：“他已疑我了。”既知見疑，何不速退。此語一傳，便有錦衣衛蔣，密告藍玉謀逆，與鶴慶侯張翼，普定侯陳垣，景川侯曹震，舳艫侯朱壽，東莞伯何榮，及吏都尚書詹徽，戶部侍郎傅友文等，設計起事，將伺皇上出耕藉田，乘機劫駕等情。太祖得了此信，立命錦衣衛發兵掩捕，自藍玉以下，沒一個不拿到殿前，先由太祖親訊，繼由刑部鍛煉成獄，無論是真是假，一古腦兒當作實事，遂將他一並正法，並把罪犯族屬，盡行殺死。甚至捕風捉影，凡與藍玉偶通訊問的朝臣，也難免刀頭上的痛苦，因此列侯通籍，坐黨夷滅，共萬五千人，所有元功宿將，幾乎一網打盡。比漢高待功臣，還要加慘。太祖意尚未足，過了年餘，潁國公傅友德，奏請給懷遠田千畝，非但不準，反將他賜死。定遠侯王弼，居家歎道：“皇上春秋日高，喜怒不測，我輩恐無噍類了。”為這一語，又奉詔賜死。宋國公馮勝，在府第外築稻場，埋地下，架板為廊，加以碌碡，取有聲，走馬為樂。有怨家入告太祖，訐勝家居不法，稻場下密藏兵器，意圖謀變雲雲。太祖遂召勝入，賜酒食慰諭道：“卿可安心！悠悠眾口，朕何至無端輕信？”言下，甚是歡顏。勝以為無虞，盡量宴飲，誰知飲畢還第，即於是夜暴病，害得七孔流血，數刻即亡。可痛可恨！