過雲樓的收藏雖被尊為“江南第一家”，但與之相隨的，亦有窺視的陰謀與掠奪的凶險。漢學在日本是一門顯學。清末民初，日本專門研究中國古籍版本的島田翰就曾虎視眈眈地把目光盯住過雲樓，他想依靠日本大老板的雄厚財力收買過雲樓藏本，但卻被顧麟士嚴詞拒絕。此後更為嚴峻的考驗是在抗戰期間。此時，雖然顧麟士已過世，他的兒子顧則揚卻依然秉承遺訓，護衛家藏。1937年8月16日，日軍空襲的一顆炸彈落進其院子，所幸藏寶之處未受影響。為了避免再遭不測，顧則揚與其妻沈同樾將家藏的曆代書畫名作及古籍碑帖等，連夜先雇船緊急轉移至光福山區，暫作隱藏。然後顧則揚隻身趕赴上海姑母顧延處商量保護家藏之事，定於1938年初將藏品秘密運抵上海“孤島”。誰知運輸途中險象環生，車至常熟城外時，迎麵走來一隊日本兵將車攔下，顧則揚的一位朋友急中生智，將日軍引開，方才躲過一劫。當滿載著過雲樓珍寶的文物悄然馳進“孤島”時，焦急地等待在那裏的姑母早已涕淚交加。從此，顧則揚一家生活在上海，一直守護著祖傳之寶。哪怕經濟上再拮據，他們都咬緊牙關，始終未賣一件過雲樓藏品。
鐵琴銅劍樓的藏書
“種十畝蒼鬆何如種德，修萬間廣廈莫若修身。”這是一代藏書大家瞿啟甲於1937年正月所書的一副對聯，反映了他的道德人品和修身境界。
瞿啟甲是位學者型的藏書家，他對家藏之書進行了係統的整理研究，刊刻了24卷本的《鐵琴銅劍樓書目錄》，其中宋刻173種，金刻4種，元刻184種，明刻275種，抄本490種，校本61種，其他7種。而且這些藏本均品相精良，保存完好。
瞿氏鐵琴銅劍樓擁有如此豐富、珍稀的藏本，自然處在社會的風口浪尖，而瞿啟甲肩上的保護使命，更是任重道遠而危困難測。抗戰開始後，日軍對古城常熟狂轟濫炸，瞿氏老宅大部分被毀。1938年11月12日，上海又被日軍占領。此時已66歲的翟啟甲心急如焚，一夜之間須發全白。本來日本人就一直對鐵琴銅劍樓古籍珍本、抄本、校本等懷有捆載之心，而今這批家藏猶如虎口邊的肉食，危在旦夕。瞿啟甲感到作為鐵琴銅劍樓的傳人，就是拚死也要把家藏祖傳之寶保護好，這也是抗日救亡的神聖職責。後在上海收藏界友人及愛國誌士的幫助下，瞿啟甲趕緊秘密地將愛文義路的藏書再次轉移至租界內的隱蔽之地，才確保了這批國寶級古籍的安然無恙。隨後，瞿啟甲不顧自己年邁體弱，積極投身於抗日救亡活動，並自書《正氣歌》於客堂中。武漢失守後，他痛哭流涕，終於憂憤成疾，於1939年12月在“孤島”內懷著國仇家恨逝世。臨終前遺訓：“書若分散，不能守，則歸公。”