再次，福建會館積極發動寓京閩籍人士參與家鄉及國家事務管理，成為京閩政治聯係的橋梁。1897年冬，德國侵占膠州灣，“戊戌六君子”之一的林旭遍謁京中同鄉，於1898年1月31日，在福建會館舉行大會，發表演說，成立“閩學會”，並聯絡林慶禧等360位閩籍舉子，在會館中起草《為聖像被毀、聖教可憂、請飭總理衙門責向德人公呈》的奏折，且率眾參加了康有為組織的第二次“公車上書”活動。1922年8月，閩籍在京人士在製憲、改組同鄉會事宜上，分歧嚴重，形成新舊兩派。舊派以鄉中耆宿為代表，主張官紳不宜幹涉地方事務；省長人選上讚同閩籍海軍總長李承梅的意見，即薩鎮冰任省長，陳兆鏘、黃培鬆分辦軍務；且不主張改組同鄉會。新派則以學生為代表，認為軍民分治、公舉省長、改組同鄉會。兩派在省館內多次唇槍舌劍，爭論不休。最後，在製憲問題上以舊派勝利而告終；至於改組同鄉會則新派獲勝。1924年，福建沿海颶風盛行，船隻吹翻失事頗多，漁民生計斷絕，生活艱難。同時，長江流域也水患不輕，損失嚴重，因而，北京政府成立華洋賑災委員會，準備以各省災情照片為憑，確認災情狀況，派發救濟金。但福建沿海風災已過數月，“追攝何從”。兩派於1925年元旦在省館召開會方，請求免提證明。在眾同鄉的努力下，最終20萬元救濟款如數派發到閩省，賑救災民。此是“福建會館予鄉閭最努力之事”。
1937年夏，閩籍旅京學界以福建會館幹事翁鳴蝗“收支迄無報告”為由，發起同鄉懇談會，議定成立福建旅平同鄉會，以“聯絡鄉誼，增進公益”。至此，福建會館轉化成同鄉會。該會也一改過去由一值年、一二幹事把持館務的值年製管理形式，實行理監製，即理事十一人，監事七人，候補各三人。同年省館北屋二間因學生宿舍不慎失火燒毀。1938年，理事會募集資金將被毀二間及其他20餘間破屋修葺一新。於此，福建會館保持原貌至1942年。