明清時期是閩商的又一次活躍期，主要是航海業及對外貿易十分發達。鄭和下西洋的海上通道主要是由閩人用生命開辟出來的。鄭和下西洋的船隊，相當部分海船是在福建製造的，許多船員都是閩籍人士。明代是以海商為主體的閩商發軔期，明末清初的鄭氏航海集團具有很大的影響力，是一個縱橫東亞、東南亞的海上商業王國。清代以來史書多稱鄭芝龍為海盜，其實鄭氏集團主要是從事大規模海上貿易，為保護商船並擁有海上武裝力量的商人集團。成為閩商登上曆史舞台的先聲。
晚明的福建商人，一向將江浙作為自己的主要活動領域。安平商人活動範圍相當廣，而南京與吳越是其重要活動領域。例如安平王氏商人，三代人貿易吳中，前二代有得有失，至第三代“賈大進，廓增溢羨，為安平钜家”。再如“泉州府客人孫滔，為人誠實，有長者風。帶銀百餘兩，往南京買布”。除了泉州商人之外，各地福建人都到江南城市貿易，連城人謝超，“商於潮……又商於吳，時告逋不下千餘緡超取券焚之，卒無所責”，他如“寧城一人，姓李名英，年二十餘歲，聰明灑脫，唯耽酒色。常買夏布，往蘇州閶門外，寓牙人陳四店。其店兼賣白酒”。複如“富人左東溪，隻生一子少山，常帶千金財本，往南京買賣”。明人何喬遠說，泉州安平一鎮，其民“多服賈兩京都、齊、汴、吳、越、嶺以外，航海貿諸夷”。雍正元年，江蘇巡撫何天培論到蘇州治安時說：“福建客商出疆貿易者，各省碼頭皆有，而蘇州南濠一帶，客商聚集尤多，曆來如是。查係俱有行業之商。”蘇州織造胡鳳?也驚奇地發現，“閶門南濠一帶，客商輻輳，大半福建人氏，幾及萬有餘人”。從閩商在蘇州的經營情況看，這些論斷是符合實際的。清前期，據說汀州一府“貿遷有無遨遊斯地者不下數千百人”，於康熙五十六年在閶門外上津橋始建汀州會館，即鄞江天後宮，落成於雍正七年，共耗銀3萬餘兩。這一會館，由《汀州會館碑記》所載，“其實為上杭紙業之一部分也”，一向也由六串紙幫主持館政。一縣中的部分紙商就可獨立建造會館，福建紙商實力非同一般。在南京閩商還是與徽商對壘的大商幫，《金陵瑣事剩錄》卷3載：“（金陵）當鋪總有五百家，福建鋪本”
至今在福建一帶還能見到的當鋪
少，取利三分、四分。而徽商至今在福建一帶還能見到的當鋪“鋪本大，取利僅一分、二分、三分，均之有益於貧民。”故當地人最不喜歡福建的當鋪，但“亦無可奈何也。”在這種情況下，徽州商人利用宗教勢力等在南京采取統一行動，降低典當的利潤，同福建商人開辦的當鋪競爭客戶，最終擠垮本薄利高的福建商人，從而使徽商在南京的當鋪業取得獨占權。在此情況下，在南京的福建商人成了競爭的犧牲品。