對於鄭芝龍來說，當時海外還有楊六、楊七、李魁奇，鍾斌、劉香等海商集團。他們同鄭氏時合時離，是鄭氏海商集團的主要競爭對手。鄭芝龍為了發展海上貿易，也想借助明朝廷的力量，除掉這些競爭對手，以達到壟斷海上貿易的目的。所以，他早已有心接受明朝廷的招撫，對於鄭芝龍的這種態度，明朝官員自然表示歡迎。
崇禎元年，在泉州知府王猷建議下，新任福建巡撫熊文燦派盧毓英前去招撫鄭芝龍。鄭芝龍於是率部投降，被明廷授予海防遊擊之職。當時，福建各地旱情繼續蔓延，饑民遍野。鄭芝龍就向熊文燦建議，由他集資，安置一部分饑民到台灣墾荒，以解民困。熊文燦聞言大喜，欣然同意。鄭芝龍陸續招得饑民數萬，每人發給牛種銀若幹，用船載到台灣，墾荒種田，收獲後再向鄭氏交租。從此，台灣島漢人激增，土地逐步得到開發。
鄭芝龍受招撫後，仍保持一定的獨立性，並非完全接受朝廷差遣。比如遼東鬆山一戰，明軍不敵滿洲兵的進攻而敗退，大學士蔣德琛向朝廷獻計，想調鄭芝龍以海師援遼，但鄭芝龍不願離開福建遠行，便加以拒絕，朝廷對他也無可奈何。與此同時，鄭芝龍卻借助明政府的庇護與支持，竭力擴大自己的勢力，從崇禎元年至八年，展開了消滅異己、控製東南製海權的鬥爭。
崇禎二年，鄭芝龍發起了消滅李魁奇海商集團的戰鬥。起初，鄭芝龍與明軍協同作戰，連戰皆捷，李魁奇落荒而逃，到了廣東。在廣東海商集團的支持下，李魁奇建造了一批堅固的烏尾大船，接著率船隊回師廈門，包圍了鄭芝龍船隊。鄭芝龍焚燒了自己的船隻，登陸逃走，憑城自守。一時間廈門海麵成為李魁奇橫行無忌的場所。然而李魁奇恃勝而驕，慢待下屬，鄭芝龍趁機采用離間計，唆使李的主要助手鍾斌叛離，削弱了李魁奇的勢力。緊接著，鄭芝龍統領漁兵，在同安知縣曹疆泰以及鍾斌等人的配合下，突襲李魁奇。李魁奇毫無防備，倉促應戰，被鄭芝龍打得暈頭轉向，終至全軍潰敗，李魁奇本人亦被擒。這樣，鄭芝龍取得了爭奪製海權第一個回合的勝利。
消滅李魁奇集團後，鄭芝龍乘勝前進，又擊潰了楊六、楊七海商集團，斬楊六、楊七於浯州港，收其部眾，進一步充實了自己的力量。緊接著，鄭芝龍一鼓作氣，又消滅了廣東褚彩老海商集團。
崇禎三年，鄭芝龍在明政府的支持下，再戰鍾斌集團。本來在擒獲李魁奇時，鍾斌出了不少力，但他不願久居鄭芝龍之下，不久即叛去。明政府於是資助鄭芝龍堅船利炮進剿鍾斌。在泉州一帶，鍾斌中了鄭芝龍埋伏，大敗而逃，後被逼投海身亡。
在逐個消滅了上述各海商集團之後，當時在海上能與鄭芝龍相抗衡的隻剩下劉香海商集團。劉香集團擁有數千人，船百餘隻，規模相當龐大，他們“殺傷官軍，橫行粵東、碣石、南澳一帶地方”。麵對這個強大對手，鄭芝龍在明政府的支持下，先後經過六次激烈戰鬥，逐步削弱了這一集團的力量。崇禎八年（1635），鄭芝龍大戰廣東田尾洋，向劉香集團發動了最後的總攻擊。鄭軍和明軍從四麵包圍了劉香所乘的大船，奮力攻擊，劉香走投無路，舉火焚船，自己也投身火海中。劉香一死，軍中無主，該集團全線潰敗，鄭芝龍乘勝追擊，奪得大小船數十隻，斬殺和俘獲數百人，徹底剿滅了這個海商集團。
除了與國內海商集團對壘外，這一時期鄭芝龍還麵臨著荷蘭海盜的侵擾，所以在剿滅各海商集團的同時，鄭芝龍也傾力對付荷蘭海盜。
荷蘭海盜占領台灣以後，經常在海麵上遊弋，截奪商船，封鎖中國的對外貿易，嚴重威脅著鄭氏集團的利益。鄭芝龍一方麵保持與荷蘭的商務關係，另一方麵對荷蘭海盜的挑釁行為進行針鋒相對的鬥爭。早在天啟七年（1627）鄭芝龍就撫於明廷之前，就曾與前來進攻的荷蘭海盜在福建銅山島進行了一場較量，結果是荷蘭殖民者被打得丟盔卸甲，狼狽而逃，鄭芝龍奮勇追擊，俘獲數艘荷蘭大帆船與快艇。後來在荷蘭人一再請求下，鄭芝龍又把快艇歸還給他們。不久，雙方簽訂了為期三年的沿海貿易協議。崇禎三年（1630），鄭芝龍又與荷蘭駐台灣地區長官普特曼斯訂立荷人對鄭氏船隻不得進行傷害的協議。