明代，“閩人通番，皆自漳州月港出洋”。從明成化十年（1474），至萬曆年間（1573-1621）約150多年時間，月港的海洋貿易逐漸走向興盛階段，比福州港、泉州港更為繁榮。明代月港與其前代不同的是，此時以中國商人赴異國貿易為主。這種變化是明代商品經濟發展的必然結果。
由月港出口的景德鎮瓷器
但是，月港畢竟不如廈門港，“此間水淺，商人發船必用數小舟曳之，舶乃得行”。江海交接處水深差距大，大船不能直接靠岸，貨物裝卸要經過駁船搬運，費時又不便。後為廈門港所取代。
2.廈門港：原來是和月港相配合的港。月港是一個近內河的港口，必須經廈門港出海，月港的興起，其實就是廈門港興起的先聲。隻是由於月港興起時，廈門已是中左所，月港則是荒野的海濱，又是漳州的八九都地，可以掩官府的耳目，便於私商活動而已。待到官府準許開設洋市以後，廈門港的地理位置與海港條件，對於海洋貿易，無論從那一方麵說，都比月港優越。即所謂“據漳泉之交，扼台、澎之要，為壘閩之門戶。”萬曆年間（1573-1621）政府就在廈門設置“餉館”，月港商船必須到廈門盤驗。天啟年間（1621-1627）廈門直接開展海外貿易。明末永曆（1655）以後，廈門為鄭成功的重要基地，積極開展海外貿易，以維持其軍隊和政權的經費開支，廈門遂以一個對外貿易的優良港口，登上了我國海運交通的曆史舞台。
3.福州港：是在閩江流域與海洋貨物轉運的基礎上發展起來的港口城市。是福建省的政治、經濟和文化中心，也是福建省最古的商港城市。漢代已與日本、南洋有航運往來。明成化年間，把原設在泉州的市舶司，移置福州。福州港的海外貿易，早在市舶司移置之前已相當發達，移置之後，至明嘉靖年間（1522-1566）進入全盛時期。尤其是新港、水部一帶，當時“華夷雜處，商賈雲集”，是福州最熱鬧的地區。福州港是閩江流域林副土特產品的集散地，是著名的茶葉、木材市場。福州曾與漢口、九江並稱為國內三大茶市；曾與漢口、安東同稱為國內三大木材市場。