沒過多久，朝中發生了一件大事，那就是當朝尚書左仆射，領監軍中軍二府軍司馬之職，也就是劉裕留在建康城代替他處理朝政的心腹大臣劉穆之在去年得病之後，撐了幾個月不治身亡了。
劉穆之死後，消息沒多久就由朝廷加急報到了長安，劉裕知道後傷心欲絕，一連幾天都是淚流不止，要知道劉穆之對劉裕的重要性，雖然比不上諸葛亮對劉備的重要，可是比起蕭何對劉邦又重要了許多，劉穆之的死對於劉裕來說是個極大的打擊，因為此時的劉裕身邊早已沒有幾個值得相信的人了，劉裕能夠放心使用的也就那麼幾個，可是劉道規病死了，何無忌也戰死了，劉敬宣又被刺身亡，建義諸人早就沒剩幾個人了，現在劉穆之一死，他還真的找不到一個人能代替劉穆之的地位來替他坐鎮建康城。
劉穆之死後，東晉朝廷準備讓副留守徐羨之代替他的工作，中軍諮議參軍張邵雖然也不反對這個任命，可是他還是認為應該先問一下劉裕的意見再做決定。於是，這個問題就被交到了幾千裏之外的劉裕手下，劉裕知道後打算讓自己的左長史王弘來代替劉穆之的職位，可是從事中郎謝晦卻反對，他認為王弘為人有些輕率行事的感覺，不如徐羨之來得穩重。劉裕微一思考才決定任命徐羨之為吏部尚書、建威將軍、丹楊尹，代管建康城的事務。
可是徐羨之雖然接送了劉穆之的職務，可是終究不能他相比，劉穆之能做主的他就不能做主，所以過去朝廷中由劉穆之決定的大事，現在都送到北方，由劉裕親自決定。這等於就是說劉裕遠在長安，卻要決定千裏之外的建康城內的大事，這樣的事情就在放在現在這個網絡相通的時代，都要出問題，更何況是那個封建時代了？最重要的是劉裕不僅要處理關中的軍政事務，還要管著朝廷的那一攤子事，他又沒有劉穆之那樣一心四用的能力，這樣一來劉裕的南歸就要加速提上日程表了。
劉穆之沒死之前，劉裕是準備經略趙，魏之地的，可是現在朝中的情況不甚明朗，他也怕自己的大後方出了什麼問題那就一發不可收拾了，甚至會連累到現在的局勢，不說別的，隻說這十萬大軍的糧草要是遲了一天都會出大問題，更何況建康城中肯定會有人興風作浪，趁機鬧事的。
不過劉裕要走了，這留守的人選他就大費思量了，將士們辛辛苦苦打下來的地盤他肯定要派個比較放心的人來留著啊，因此劉裕任命他的次子、桂陽公劉義真為都督雍、梁、秦三州諸軍事，安西將軍，領雍、東秦二州刺史，這劉義真是劉裕最為寵愛的兒子，要不然也不會把他帶在身邊了，隻不過這位小爺從小驕慣著長大的，今年又隻有十二歲，怎麼看也不像是個能理事的。
所以劉裕又仿照前例，以劉義真為主，然後派人輔佐於他，所以這關中之地的實際領導人是下麵這兩位，太尉諮議參軍、京兆人王修為安西長史，主管關中的政務，再加封龍驤將軍王鎮惡為安西司馬兼馮翊（注：今陝西大荔）太守，主管關中的防務與軍權，還有其他的將領比如沈田子，毛德祖，傅弘之等人一起輔佐劉義真。這個班子看起來十分強大，讓人一看就感覺到心驚肉跳，畢竟這一次北伐中立有大功的名將全都在這裏麵了，可就是因為如此，反而才惹下禍端。
沈田子自恃論功勞也不比王鎮惡差，他在青泥大捷中一戰打敗姚泓幾萬大軍，要不是因為兄弟沈林子的勸說，就是他來攻破長安城了，再論資曆他從劉裕倒桓就開始跟隨他，一路走來立功不少，憑什麼王鎮惡能夠後來居上，因此他經常拉上傅弘之對劉裕建言，“王鎮惡的老家就在關中，他的祖父王猛又在關中有著很大的聲望，您就不怕他自立為王嗎？”
沈田子和傅弘之都是建義功臣之一，劉裕對他們倆倒是沒有隱瞞自己的打算，“我之所以任命王修和王鎮惡鎮守關中，就是看重他們兩個是北方人的身份，但是我又留下了你們這些將領和一萬精兵，就是防備他的，要是他有什麼不軌的心思，你們就正好滅了他，什麼都不用多說。當年，鍾會滅蜀立了大功準備造反，就是監軍衛瓘臨機處置得當，才沒有造成大患，你們十幾個人還怕打不過他一個人嗎？”
劉裕的這個觀點他自己認為是很正確的，可是這監軍卻是所托非人，明知道沈田子和王鎮惡兩人有很大的矛盾，還一個給軍權，一個又監視對方，這不是明擺著讓他們兩人內哄嗎？