當初沒有立即追擊盧循和徐道覆兩人，就是因為朝廷的水軍戰船不及他們的高大，現在朝廷的硬件條件已經他們還要好了，不用廢什麼話，劉裕直接準備出發再次把盧循和徐道覆這個裝神弄鬼的家夥給徹底打趴下。
可是就在這個時候，劉毅向朝廷上書了，上次小臣不幸敗在兩個賊子手中，實在是奇恥大辱，小臣願意戴罪立功，不把他們兩人的人頭拿回來誓不罷休。這奏折寫得可憐兮兮，朝中的人同情心大起，幾乎都讚成讓他帶兵出征，更何況還有另一層隱諱的意思，劉公最近的功勞是不是立得太多了，先是攻滅南燕，接著就是保衛建康城，您吃了肉，總得給其他的人一點湯喝吧。
劉裕也可能是考慮到了這點，所以他顯得有些猶豫不決，這時有一個人向劉裕建言了，那就是原來會籍王世子司馬元顯的長史王誕，他對劉裕說，“明公，您在朝中立有大功，無人可以取代您的地位，可是這個劉毅就是一個對您有威脅的人，正好這次他喪師敗績，在朝中聲名喪盡，憑著新造的戰船，明眼人都知道朝廷這次征討盧循一定會成功，您為什麼還要把這個能夠立下大功的機會讓給劉毅來恢複名譽了？”
劉裕一聽，確實是這個道理，當初我讓他不要輕敵，他卻非要和我別一別苗頭，結果導致兩萬大軍都被盧循他們給俘虜了，他那時就不把我的話放在眼裏了，我現在可是朝廷的話事人了，他既然不尊重我，我又何必給他這次機會恢複以往的聲望，難道還要讓他再次和我為難嗎？
上次劉裕給劉毅去信，讓他不要輕舉妄動，為了不刺激到劉毅的自尊心，劉裕特地派了他的堂弟去跟他解釋，可是劉毅卻不聽忠言，非要出戰，那時候兩人之間就算是撕破臉了，雖然後來劉毅回來了，劉裕對他還是溫言勸慰，可是兩人都知道再也回不去以前的那種默契了，因為以前兩人中間還有一個何無忌做為協調，現在何無忌死了，一座大山怎麼能容兩隻老虎的存在，劉毅也知道這一點，所以他才想著去討伐盧循以挽回失去的名聲。
十月，朝廷正式下旨，任命劉裕為剿匪總司令，率領兗州刺史劉籓，寧朔將軍檀韶，冠軍將軍劉敬宣等人率軍西征，至於這建康城裏的事情就交給劉毅來負責了，嗯，把大後方留給你鎮守，我放心。這是劉裕親自對劉毅所說的話，至於有幾分真心就不得而知了。
前些日子新任的江州刺史庾悅任用鄱陽太守虞丘進為前鋒，幾次打敗盧循的部隊，開進到豫章據守，切斷了盧循的運糧通道之後，被劉裕派去追擊盧循的王仲德等人看到同僚立了大功，而後麵的大老板又快要來了，自然也不敢馬虎了事，王仲德、劉鍾等人加緊進攻的節奏，大敗盧循軍的南陵（今安徽貴池縣西南）守將範崇民，一舉拿下南陵，範崇民狼狽逃走，為劉裕打通了去往尋陽的江路。
即便是劉裕現在就可以溯江而上，一直開到尋陽，可是他前進的速度還是很慢，隻是命令陸上的軍隊繼續清剿盧循的守軍，然後和江中的水軍保持同步就行，他這樣做不是為了別的，就是因為他要為派出去的那支跨海作戰的隊伍留下時間。
此時已到了十一月份，海上的孫季高與沈田子兩人率領著那支三千人的海上突擊隊克服了重重的困難，終於在二日這天在番禺登陸，而番禺城中的人也沒有想到會有人從海上翻過來，所以城中的防守很鬆懈，但是番禺經過盧循幾年的苦心經營，城池高大，而且城中也有好千人馬，孫季高他們一直沒有找到進攻的機會，正好第二天早晨天降大霧，霧氣很濃，兩個人對麵站著稍微挨得遠了就會看不到彼此的人影，孫季高等人乘這天賜良機攻打番禺城，城中的反抗也出乎意料的弱，沒廢多大功夫就占領了整領城池。
這一戰中隻有盧循的老父跑著小船逃到始興去了，或許是盧循特意為他老子留的一條逃生之路，因為其他的大船都被孫季高和沈田子等人在攻城之前就給焚毀了，城破之後，盧循的死黨與親友全都被誅殺，至於本地的居民他們倒是沒有過多的騷擾，隻是派兵緊守城池，以保證不出一絲差子，順便派了沈田子去攻打五嶺以南其他的郡縣，不久以後，廣州全境都被他們攻克，這代表著盧循的退路都被朝廷的軍隊