劉毅這下可算是立下大功了，晉安帝毫發無損的被救了出來，對他感激的緊，複位之後居然下了一道荒唐的聖旨，從今以後這國家重要大事的處理權都要給冠軍將軍劉毅，這道詔書不問可知，說明了劉毅的野心，不甘居於劉裕之下，現在安帝在他的掌握之下，他怎麼能不做一些對自己有利的事呢？
可惜劉毅的行為注定得不到北府軍中其他人的支持，這道聖旨最後也是杳無音信，就當是從來沒有發生過一樣。
接著，安帝改元義熙，大赫天下，當然桓氏一族除外。不過，有鑒於當年桓衝忠於司馬家的精神，安帝特地赦免了桓衝的孫子桓胤，對於這次在反正立過功勞的人他也沒有薄待，原來的南陽太守魯宗之被封雍州刺史，毛璩就被封為鎮西將軍，都督益，梁，秦，涼。寧五州軍事，他的弟弟毛瑾也被封為秦涼二州刺史，毛瑗為寧州刺史。這真是一人得道，雞犬升天啊。
二月，建康的朝廷派來了皇帝的儀仗迎接安帝回歸，鑒於桓氏還有死黨在外流竄，劉毅與劉道規就鎮守在江陵一帶，何無忌就負責護送安帝回京。
就在安帝回京的時候，益州發生了一件大事，當初桓振等人攻陷江陵的時候，毛璩就派了三萬大軍前來援助朝廷的軍隊，隻可惜蜀人不喜歡遠征，在參軍譙縱等人的帶領下，回兵成都。這算是造反了。譙縱自稱成都王，殺了毛璩一家，封弟弟譙洪為益州刺史、譙明子為巴州刺史。（《資治通鑒。一一四卷》）
蜀地大亂，梁州也沒有人接管，仇池王楊盛看到漢中空虛，就派他的侄子平南將軍楊撫占據了那裏，不過他也算是聰明人，隻是占據這個地方就據地稱王，沒有自大到繼續南下攻擊晉朝。
本來東晉就偏安於長江以南，地盤不大，可是現在境內居然出現在兩個割據勢力，一個是廣州盧循，還有一個益州譙縱，隻不過他們所處的地盤同晉朝還相距甚遠，晉朝此時剛滅了桓氏，自身也是元氣大傷，暫時沒有功夫理會他們罷了，更重要的是，晉安帝回京了。
三月十三日，晉安帝便到了建康城，第二天，文武百官都跑到宮門去拜見他順便請罪，這也是沒法子的事，當初桓玄篡位的時候，他們可說是附逆，真要算起來除了起義的劉裕等人以外，他們全都有罪。這麼多人前往也是打著法不責眾的主意，最後，安帝沒有怪罪他們，都恢複了他們的官職。
皇帝回宮了，接下來就是要論功行賞了，畢竟安帝能夠複位，全靠北府軍上下一刀一槍打下來的，安帝先前對其他的人都那麼大方，對於劉裕等人也不例外，加封劉裕為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事，徐、青二州刺史還是沒有變動，加封劉毅左將軍，何無忌為右將軍，其他人都有封賞。
隻不過這加封劉裕的官職裏麵有一個劉裕那是打死也不肯接的，就是都督中外諸軍事，這個官兒可以看做後世的全國兵馬大元帥，天下所有的軍隊名義上都要聽從他的調遣。這個職位一般來說都是司馬氏宗族來擔任，就是高門大姓都很少擔任這個官職，畢竟這個官位太敏感了，凡是擔任這個官位的必定是輔政大臣，那個侍中之職就是為劉裕輔政做鋪墊。
以劉裕的精明，怎麼可能接受這個封賞，他要是接了，恐怕全天下姓司馬的和其他的高門全都要視他為仇敵。安帝又改封他為錄尚書事，這個官兒可以看做是宰相一類的職位，那時的東晉朝廷實行的三省製充，尚書省主管政事，而錄尚書事就是尚書省中最大的官，安帝封劉裕這個官兒還是讓他輔政的。