當然，桓玄也不是吃白飯的，他不會以為盧循從今往後就會老老實實的了，在402年五月，他派了孫恩軍的老對手，就是建武將軍、下邳太守劉裕屯兵於浙東，開始牽製盧循。兩人一時之間都沒有什麼過激地軍事行動，可能是劉裕見盧循沒有公開打起反抗朝廷的大旗，盧循此時也還是屬於晉朝的官，搶劫地方那是很正常的一件事，他不能以此理由就對盧循進兵吧。更何況劉裕現在手下的人馬是後來才跟他的，他要收服這些人也是需要時間的。
公元403年正月，盧循在臨海郡（今浙江臨海）把自己手下的人馬休整完備之後，重新打出了反抗東晉的旗幟，盧循任命自己的姐夫徐道覆為司馬，典兵掌事，攻擊東陽（今浙江金華）。二月，劉裕作出反應，兵出浙東，把徐道覆打得那叫一個落花流水。盧循的手下也是出自孫恩軍的餘眾，見到劉裕的旗號就隻想逃跑，徐道覆又不是什麼統兵的天才，怎麼可能不敗？
這次打敗了徐道覆之後，劉裕沒有趁機進攻盧循，或許是為了養賊自重，又或許是為了自保，因為在不久前，桓玄殺了提拔他的老上司冀州刺史孫無終（《資治通鑒，卷一一三》），又或許是劉裕對桓玄表示恭順之意：你有了命令我才打，你沒有命令我就不打。因為前幾次出兵都是桓玄下了命令他才打的（《宋書，武帝本紀》），六月，因為劉裕的出色表現，他被升任為彭城內史。
盧循的祖上是三國時期的大忠臣盧植，他家幾代都在東晉做過高官，他也算是正兒八經的士族，這幾年姐夫孫恩幾次敗於劉裕之手，還有先前徐道覆的戰敗，他是大為不服的，總認為自己就是不同的，劉裕遇到了自己就不會那麼順利。
八月份，他整軍攻向永嘉。上次劉裕大勝後沒有揍他，這次劉裕沒有再給他機會。一戰就把盧循軍打得大敗而逃，盧循不僅自己是一敗塗地，連自己手下的大將張士道也陣亡了。
從399年起到現在403年，五鬥米教的長生人與劉裕交戰不知不知道有多少次，可是一次都沒贏過，恐劉症越來越嚴重。加上盧循的軍隊十分迷信，他們認為劉裕就是他們的克星，這次又被打敗，軍心不振，士氣低迷，盧循也沒有辦法，隻好南下向晉安（注：今福建福州市）撤退。
可是劉裕沒打算放過他啊。跟在盧循的身後就像趕當年的孫恩一樣，一下子就把盧循趕下了海。盧循尋思著隻要劉裕在浙東這一帶，自己就沒有好果子吃，他避開劉裕的鋒芒，乘船南下廣州。