28歲那一年，徐霞客來到浙江溫州攀登雁蕩山。他想起古書上記載雁蕩山山頂有個大湖，就決定爬到山頂去看看。
當他艱難地爬到山頂時，隻見山脊筆直，簡直無處下腳，怎麼會有湖呢？但他仍不肯罷休，繼續前行到一個大懸崖，路沒有了。
他發現懸崖下麵有個小小的平台，就用一條長長的布帶子係在懸崖頂上的一塊岩石上，抓住布帶子懸空而下，到了小平台上才發現下麵是百丈深淵，無法下去。他隻好吃力地往上爬，準備
爬回崖頂。
爬著爬著，帶子斷了，幸好他機敏地抓住了一塊突出的岩石，不然就會掉下深淵，粉身碎骨。徐霞客把斷了的帶子接起來，又費力地向上攀援，終於爬上了崖頂。
還有一次，徐霞客去黃山考察，途中遇到大雪。當地人告訴他有些地方積雪有齊腰深，看不到登山的路，無法上去。但徐霞客不聽勸阻，拄了一根鐵杖探路。
上到半山腰，山勢越來越陡。山坡背陰的地方最難攀登，路上結成堅冰，又陡又滑，腳踩上去，就滑下來。他就用鐵杖在冰上鑿坑。腳踩著坑一步一步地緩慢攀登，終於爬了上去。
山上的僧人看到他都十分驚奇，因為他們被大雪困在山上已經好幾個月了。
徐霞客還走過福建武夷山的3條險徑，這就是大王峰的百丈危梯、白雲岩的千仞絕壁和接筍峰的“雞胸”“龍脊”，可謂處處險象橫生，步步驚心！
1636年，徐霞客年屆50歲。他立誌考察西南地貌，跋涉“蠻荒”。便於這一年的農曆九月十九深夜，辭別親友，放足萬裏。同行的有靜聞和尚和顧姓仆人。
靜聞是江陰迎福寺僧人，曾刺血寫成《法華經》一部，願供於雲南的雞足山。他們取道浙江，越江西、湖南、廣西、貴州去雲南。於1637年農曆二月二十夜泊湘江新塘，同船還有其他幾個客人。這天夜裏，靜夜中有一女子的哭聲從岸邊傳來，僧人靜聞心不能忍，就下船去勸說那女子。等他回到船上不久，一群盜賊尾隨殺了過來。徐霞客由於長年履足山川大河，早已鍛煉得身手敏捷。他見勢不好，躍身跳入水中逃生。盜賊不僅搶劫，還用刀槍亂搠客人。他隻身逃到遠處的一條小舟上，被一個姓戴的客人搭救。第二天，徐霞客找到靜聞與仆人，仆人受了槍傷。後來他們才得知，同船的一位客人在這次劫難中死去，幾天後屍體在河的下遊找到。徐霞客此時身無分文，便進城找到同鄉金祥甫求助，就寄住在他家。遭此一劫，徐霞客並未氣餒，不曾放棄繼續遊曆的誌向。通
過一些朋友的幫助，並以家鄉20畝田租為代價，換來了重新上路的川資。
不久，靜聞病死於廣西南寧崇善寺。徐霞客背負靜聞遺骨，與顧姓仆人分擔行李，曆時一年餘，經貴州到達雲南的雞足山悉檀寺，供上了靜聞刺血寫成的《法華經》，替他完成了遺願。
後來，徐霞客在僧人們的幫助下繼續考察，主要活動於崇山峻嶺。山中無糧，就吃野菜野果為生；無處投宿，就以山洞樹林為家。
攀絕壁，涉洪流，探曆100多個石灰岩溶洞，認真記載。由此，他成為世界上對這一帶石灰岩地貌進行大規模考察，並做詳細記錄和深入研究的第一人。接著，徐霞客又橫穿雲南，對金沙江、瀾滄江、麗江等諸水流實地調查勘測，寫成《溯江紀源考》和《盤江考》，詳細論證長江和盤江的水源，肯定金沙江為長江上源，糾正了儒家經典《禹貢》以岷江為江源之謬。