審計人員在完成對證券公司經營證券業務內部控製審查評價的基礎上，確定了審計的重點以及抽取審計樣本的數量後，應運用觀察、盤點、複核、查詢、函證、計算、分析等各種具體審計方法，對各項證券業務進行實質性測試，以確定各項證券業務的合法性、真實性和安全性。下麵就各項證券業務實質性測試的內容作以介紹。
一、證券經紀業務的審計
證券經紀業務又稱代理買賣證券業務，它是證券公司最基本的一項業務。證券公司作為中介人，不僅要根據委托人對證券品種、價格和交易數量的委托辦理證券交易，而且在代理買賣業務中，也應遵循代理原則、效率原則和三公原則。代理原則是指證券公司不能受理按有關法規規定不能參與證券交易的人的委托，也不能受理全權選擇證券種類，全權決定買賣數量、買賣價格、買賣方向等的委托。在整個代理過程中，證券公司隻能承擔代理責任，對於證券買賣後所形成的贏利與損失，無權參與分享，也無需承擔責任。效率原則是指證券公司在進行經紀業務時要注重效率。即證券公司接到客戶委托後，應盡快按規定程序將委托事項以一定方式向交易所進行申報。三公原則是指證券公司在開展證券經紀業務時要做到資料、委托價格、成交的情況公開，操作程序、交易的結果公平、公正。具體來講，客戶委托證券公司代理買賣證券業務，從開始到結束，大致要經過辦理股東賬戶開戶、委托、申報、清算交割四個步驟。因此，在對證券公司代理買賣證券業務實施審計時，主要審查每個步驟的合法性、代理買賣證券核算的真實性、審查客戶結算資金賬戶的管理情況以及信息係統管理的審查。
（一）審查代理買賣證券的合法性
（1）調閱部分代理客戶買賣證券的交割單和有關“代買賣證券款”等科目賬簿，審查交割單交易額是否與“代買賣證券款”科目發生額一致。
（2）審查證券公司有無為客戶買賣股票違規提供貸款的問題。一種方法是集中抽查部分大戶的資金賬戶流水賬單，同時核對原始憑證，逐筆審查客戶資金賬戶中的資金來源渠道，有無從證券公司存款賬戶劃入資金的問題，這是一種證券公司與客戶簽訂貸款協議，直接融資給客戶進行股票買賣的違規行為；另一種方法是通過審查計算機管理的客戶資金明細賬係統，審查每一客戶的全部資金賬戶每天的資金交易餘額加總數是否為負數，這是當客戶保證金賬戶資金不足時，證券公司違規為客戶提供透支便利的表現。
（3）審查證券公司是否存在證券交易欺詐行為。調閱部分客戶保證金賬戶流水賬、買賣委托單、核對代理客戶買賣股票是否符合現貨交易的原則，即客戶買進股票應預先存入相應足額的保證金，客戶賣出股票應保證其股票賬戶中有相應足夠的股票；審查證券公司有無將客戶的股票借與他人或者自作擔保物的問題；有無向客戶保證交易收益或許諾賠償客戶的投資損失問題；有無借客戶資金賬號做自營證券的問題或者用自營證券賬戶替客戶買賣股票的問題。
（二）審查代理買賣證券核算真實性
（1）調閱有關“代買賣證券款”“代購證券”等代理買賣證券會計賬簿。
（2）審查有關會計科目設置是否符合《金融企業會計製度》的有關規定，有無亂用會計科目的問題。
（3）審查代理買賣證券業務是否全部、及時反映，代理買入和賣出是否分別進行核算，有無發生業務不及時記賬的問題。
（4）審查證券公司是否存在違反國家有關財經法規，為吸引客戶下單，惡性競爭，私自給付客戶傭金的問題。
（三）審查客戶結算資金賬戶管理情況
（1）調閱證券公司有關代理業務賬戶備查簿等財務資料。
（2）審查證券公司及其證券營業部是否按規定將客戶交易結算資金全額存放於客戶交易結算資金專用賬戶和清算備付金賬戶。
（3）審查證券公司是否將客戶交易結算資金全額存入具有從事證券交易結算資金存管業務資格的商業銀行，並且單獨立戶管理，有無違反《證券法》的規定，挪用客戶交易結算資金的問題。
（四）信息係統管理的審查
審查證券公司是否嚴格執行《證券經營機構營業部信息係統技術管理規範（試行）》（證監會1998年3月5日頒發）要求，是否做到係統運行安全、可靠和穩定。
（1）審查業務與技術是否分離。
（2）審查前後與後台是否切實分離。
（3）審查網絡與數據是否分離。
（4）審查是否定期、不定期地進行業務技術核查。
（5）是否建立係統數據管理製度，對係統數據實施嚴格的安全與保密管理，防止數據的非法生成、變更、泄露、丟失與破壞。
（五）代理兌付債券業務的審計
代理兌付債券業務的審計，主要審查其合法性和賬務核算真實性。
1.審查代理兌付債券業務的合法性
（1）調閱核對“代理兌付債券”和“代理兌付債券款”等科目，審查證券公司有無為委托企業墊付資金兌付債券的問題；如有特殊情況發生墊付的，是否及時向有關企業催款，及時收回資金。
（2）審查證券公司代理兌付券所付出的利息是否按照規定的債券利率支付，有無多付利息。
2.審查代理兌付債券財務核算的真實性
（1）調閱有關會計賬簿，審查證券公司代理兌付債券是否通過“代兌付債券”科目核算，明細賬簿是否按照委托單位和債券種類分別設置核算。
（2）審查證券公司代兌付債券的賬務處理是否正確。核實證券公司發生墊付資金時，是否按規定借記“代兌付債券”科目，貸記“銀行存款”或者“現金”科目，不得使用“代兌付債券款”科目核算。
二、證券自營業務的審計
目前，按現行法規規定，綜合類證券公司可以辦理證券自營業務。證券公司在自營業務中，一方麵是證券買入者，以自有資金和自身賬戶買進證券；另一方麵又充當證券賣出者，賣出歸自己所有的證券，並獲取價差收益。由於證券市場的高收益性和高風險性，證券公司的自營業務具有一定的投機性，業務風險較大。證券自營活動有利於活躍證券市場、維護交易的連續性。但是，由於證券公司在交易成本、資金實力、信息以及交易中便利條件等方麵都比投資大眾占有優勢，因此，在自營活動中容易存在操作市場、內幕交易等不正當行為。為此，許多國家都對證券經營機構的自營業務製定法律法規，進行嚴格管理，並加強審計監督。自營證券業務審計主要包括自營證券業務合法性審查和會計核算真實性審查。