和共產黨有備而來相比，國民黨在這次政治協商會議上居然沒有提出自己的施政綱領，而民盟提出了和中共施政綱領相類似的提案，其他黨派代表和無黨派代表則大都持有批評政府施政的立場。這就是說，中共團結了第三方勢力，占據了憲政理念的道德製高點，基本控製了會議的話語權。蔣介石直到會議閉幕日，才對施政綱領提出了兩點意見：其一，綱領中規定的人民自由權利國統區要做，解放區也要做；其二，軍隊國家化是國家和平完成統一的最大要素。
事實上，政治協商會議雖然涉及眾多議題，但核心議題還是軍隊問題，蔣介石提出的兩點意見是國民黨的主要訴求。國民黨的態度，除了強調軍隊國家化之外，還格外強調“軍令政令必須統一”，認為隻要軍令政令統一，一切問題都可以商量解決。這就涉及國共之間的核心分歧：國民黨的立場是，先軍隊國家化，再政治民主化；而共產黨的立場是，先政治民主化，再軍隊國家化。
為解決軍隊國家化問題，政治協商會議期間共提出了四個方案，即青年黨的“停止軍事衝突實行軍隊國家化案”，民主同盟的“實現軍隊國家化並大量裁兵案”，國民黨的“全國軍隊國家化確保軍政軍令之統一案”，以及繆嘉銘所提“請迅速大量裁兵案”。這四個方案對於國民黨提出的軍隊整編方案基本上是傾向一致的，即將全國軍隊采取混編方式；但中共仍然希望保持比例整編，而非混合整編，意圖保留中共軍隊的獨立性。最後形成的協議還是滿足了中共要求，以統一整編取代國民黨原先堅持的混合整編。這不能不說是中共在政治協商會議上所取得的一個重大勝利。
中共在政治協商會議上所取得的成果還不僅僅是在軍事領域，會議最後通過的正式的《和平建國綱領》，其實滿足了中共草案所提出的基本要求。國民黨原先堅持的“五五憲草”、國民大會舊代表繼續有效、國民代表人數構成等主張，在與各黨派的協商中，或被放棄，或作重大調整。可以這麼說，中共提出的綱領草案實際構成了《和平建國綱領》的基本框架。中共在草案中提出的政治民主化，地方自治化，軍隊國家化，實現人民各項權力，改組中央政府，召開自由的普選的國民大會，以及徹底實行三民主義等政治主張，均在正式綱領中得以體現。
1946年1月31日，國民黨、共產黨和其他民主黨派及無黨派人士，經過20天的充分討論和協商之後，終於就所有議題達成一致意見，當天下午6時半在國府禮堂舉行第十次會議，蔣介石親臨主持，討論各分組委員會報告，全部獲得一致通過，最後由各黨派和無黨派代表共同簽署《和平建國綱領》。至此，滿載著全體中國人民共同願望的共同綱領正式達成，中國民主政治的憲政架構被建立起來，這是國民黨、共產黨和其他所有政治力量共同努力的結果。
三、“共同綱領”的終結
政治協商會議召開並達成《和平建國綱領》，對於中共來說是一個重要的政治成果，邁出了七大提出的建立聯合政府的第一步，爭取到了國民黨對其合法性的正式承認和其他民主黨派的同情與支持，在國民中也獲得了良好的評價。因此，中共領導層高度重視這個綱領的實施，在綱領簽署之後是有誠意具體落實綱領中的各項條款，履行其應該承擔的責任和義務的。
中共中央在政治協商會議閉幕後第二天，向各中央局、各大區黨委、各縱隊負責人發出《關於目前形勢和任務》的內部指示說：“從此，中國即走上和平民主建設的新階段。”“雖然一切決議尚待實行，即使實行，離開全國徹底民主化還是很遠；但是，隻要各黨派在全國合法化，人民有了初步的民主自由，民主運動即可能逐步發展，成為不可抗禦的力量，破壞封建專製主義，推動國家繼續走上民主化。”基於上述分析，中共中央還特別強調：“中國革命的主要鬥爭形式，目前已由武裝鬥爭轉變到非武裝的群眾的與議會的鬥爭，國內問題由政治方式來解決，黨的全部工作，必須適應這一形勢。”
在同一天的會議上，劉少奇對上述指示做了進一步的解釋。他認為，這次政協會議所開創的和平局麵，是蘇美英三國、國共民盟三黨、工農小資產階級中等資產階級三個階級合作，使中國走上民主化道路，條件和環境比過去都好，因此中國的民主化是有希望的。他為此要求黨的全部工作要實行轉變，要適應新的形勢，從武裝鬥爭為主轉變到非武裝的政治鬥爭，以後主要依靠群眾鬥爭、議會鬥爭、合法鬥爭。他提醒全黨，不願與國民黨合作，不重視合法鬥爭，這種傾向是危險的，對今天新的形勢新的任務是不適合的。
根據中共中央指示，中共開始落實和平參政議政的各項措施。首先，迅速製定了中共參加國民政府委員會和經過改組後的行政院的成員名單，有毛澤東、林伯渠、董必武、周恩來、劉少奇、範明樞、張聞天等，並提議由周恩來、林伯渠、董必武、王若飛分別擔任行政院副院長、兩部長及不管部。中共的方針是，和國民黨君子協定，長期合作，不搞兩黨交替執政，保持政府以外的兩黨協商，否決權備而不用。其次，準備著手將中共中央的指揮中心從延安搬到蘇北淮陰（淮安），以便靠近南京開展各項工作。第三，開始啟動解放區的複員整軍工作，預定第一期精簡三分之一的軍隊，在三個月內完成；第二期再精簡三分之一。在實行中，晉察冀部隊複員人數最多，進行得最快，原有野戰軍9個縱隊、26個旅，加上地方部隊共32萬多人，在精簡中率先複員了10萬多人。
中共在政治協商會議結束之後所采取的行動，應該說是符合《和平建國綱領》的，它的確有誠意和國民黨進行合作，從武裝鬥爭轉向議會鬥爭。當然，鑒於國共長達20多年武裝對抗的曆史，中共不可能一下子放棄武裝奪取政權的理念，它作了兩手準備，和國民黨邊打邊談，以保證自己的核心利益不受到損害。但是，就1946年上半年來說，中共依據共同綱領轉向和平鬥爭的態勢已經形成，它為踐行和平民主建設已經開始履行自己的職責，這個必須給予客觀評價。後來共同綱領無法得到執行，國共合作破裂，政治協商會議所奠定的憲政框架被全部推翻，共產黨有責任，但國民黨應該負有更大的責任。
國民黨對於政治協商會議並沒有在全黨形成統一的思想，其強硬派和右派認為這次會議讓共產黨占了大便宜，而國民黨則沒有取得什麼重要成果。政治協商會議閉幕那天，國民黨舉行中央常委會議，穀正綱、張道藩等要員強烈反對政協協議，說“國民黨完蛋了，什麼也沒了，投降共產黨了，憲草12條原則把‘五五憲草’破壞無遺了”。這種情緒在國民黨內並非少數，陳果夫致函蔣介石指出：“政治協商會議，共產黨已得到好處，本黨受害，中國如行多黨政治，照現在黨政、軍政未健全之際，頗有蹈覆轍之可能。請懸崖勒馬，另行途徑。”蔣介石顯然也沒有完全做好實行憲政的準備，他的先軍隊國家化、再政治民主化的思想已經根深蒂固，隻要共產黨不交出軍隊，他從內心裏是不相信共產黨的。
1946年3月1日至17日，國民黨在重慶召開六屆二中全會，這次會議形成的決議強調：五權憲法絕不容有所違背，所有對“五五憲草”的修改都應由國民大會討論決定，並就憲法草案問題通過了五點修正意見，主旨是擴大非常設的國民大會的權限，相應削弱立法院、行政院和監督院的權力，並以恢複中央政治委員會的方式來限製國民政府委員會的權力。在軍事問題上，決議宣稱：“軍隊國家化是政治民主化的主要條件。”這些決議內容，基本否定了政治協商會議所達成的原則，當然不能為中共所接受，也遭致一部分民主黨派的反對。周恩來指出：“政協的一切決議不能動搖或修改，這是由五個方麵代表起草通過的，應成為中國的民主契約，誰要破壞，誰就是破壞今天中國的民主和平團結統一。”
國民黨不願意履行政治協商會議協議，除了在政治理念上存在著和共產黨的原則分歧之外，和它當時握有遠比共產黨更為強大的武裝力量有關。在四比一的絕對優勢之下，蔣介石和他的軍事將領迷信“軍事解決”這種方式，低估了中共軍隊的戰鬥力，錯誤地以為隻需三到六個月，即可從軍事上徹底解除中共武裝。從客觀上看，國共兩黨的軍事衝突的確也難以避免，圍繞東北主權的收回，共產黨占得先機豈能願意交出到手的勝利成果，而國民黨依照雅爾塔協定有占取東北的合法性，兩黨互不相讓，必然大打出手，決一死戰。四平之戰，國民黨勝而不追，錯失最大的曆史勝機，後來在持續三年的戰場角逐中又一敗再敗，最後不得不退出大陸。